Nøkkelforskjellen mellom LINE-er og SINE-er er at LINE-er (lange interspersed nukleære elementer) er en type lengre ikke-LTR-retrotransposoner, mens SINE-er (short interspersed nuclear-elementer) er en type mye kortere ikke-LTR-retrotransposoner.
Ikke-LTR-retrotransposoner inneholder ikke lange terminale repetisjoner (LTR). Imidlertid inneholder de gener for revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og ribonuklease H-domene. Ikke-LTR-retrotransposoner har korte repetisjoner. Disse repetisjonene har en omvendt rekkefølge av baser ved siden av hverandre. Bortsett fra det har ikke-LTR-retrotransposoner også direkte repetisjoner funnet i LRT-transposoner. Ikke-LTR-retrotransposoner faller inn i to kategorier som LINEs og SINEs.
Hva er LINJER?
LINEs (lange interspersed nukleære elementer) er lengre ikke-LTR-retrotransposoner. De er utbredt i genomene til eukaryoter. De utgjør vanligvis 21,1% av det menneskelige genomet. Hver LINJE er rundt 7000 basepar lang. LINJER kan transkribere til mRNA og oversettes til et protein som kan fungere som et revers transkriptase-enzym. Denne revers transkriptasen produserer DNA-kopier av LINEs RNA. Disse DNA-kopiene kan integreres i genomet på et nytt sted.
Figur 01: LINJER og SINE
Det menneskelige genomet har bare én rikelig LINJE k alt LINE-1. LINE-1 element er rundt 6000 basepar langt. Det er rundt 100 000 avkortede LINE-1-elementer i det menneskelige genomet. Tilfeldig mutasjon kan forekomme i LINJER. På grunn av tilfeldige mutasjoner kan LINE-ene degenerere. De blir ikke lenger transkribert eller oversatt. Videre er LINE-er gruppert i fem hovedgrupper som L1, RTE, R2, I og jockey. Disse fem gruppene deler seg videre inn i ytterligere 28 klader.
LINE-er forplantes norm alt gjennom en mekanisme som kalles target-primed reverse transcription mechanism (TPRT). Innsetting av LINE-er forårsaker menneskelige sykdommer som hemofili A, kreft, mendeliske lidelser osv. Hypometylering av LINE-er utløser også visse typer kreft.
Hva er SINEs?
SINEs (short interspersed nuclear elements) er en type mye kortere ikke-LTR-retrotransposoner. De er omtrent 100 til 700 basepar lange. SINE er også DNA-elementer som forsterker seg gjennom eukaryote genomer gjennom RNA-mellomprodukter. SINE utgjør omtrent 13 % av pattedyrgenomet. De indre regionene til SINEs stammer fra tRNA. Det er fortsatt svært bevart. De er ofte til stede i mange arter av virveldyr og virvelløse dyr. Kopinummervariasjonen og mutasjonene i SINE-ene kan inkorporeres for å konstruere den fylogenibaserte klassifiseringen av arter.
SINEs kan grupperes i tre hovedtyper: CORE-SINEs, V-SINEs og AmnSINEs. Alu-elementet er den vanligste SINE hos primater. Dessuten er det mer enn 50 menneskelige sykdommer forbundet med innsetting av SINE. Når de settes inn i eller i nærheten av eksoner, kan de forårsake feil skjøting eller endre leserammen. Dette fører til sykdomsfenotyper som brystkreft, tykktarmskreft, leukemi, hemofili, cystisk fibrose, tykktarmskreft, Dents sykdom, nevrofibromatose, etc.
Hva er likhetene mellom LINEs og SINEs?
- LINEs og SINEser to typer ikke-LTR-retrotransposoner.
- Begge har ikke lange terminalregioner (LTR).
- Begge finnes hovedsakelig bare i eukaryoter.
- De er begge ikke-autonome.
Hva er forskjellen mellom LINEs og SINEs?
LINE-er er lengre ikke-LTR-retrotransposoner, mens SINE-er er mye kortere ikke-LTR-retrotransposoner. Så dette er nøkkelforskjellen mellom LINEs og SINEs. Videre koder LINES for revers transkriptase-enzym, mens SINE ikke koder for revers transkriptase-enzym. Dermed er dette enda en forskjell mellom LINEs og SINEs.
Flere forskjeller mellom LINJER og SINE er oppført nedenfor i tabellform for sammenligning side ved side.
Summary – LINEs vs SINEs
Retrotransposoner finnes hovedsakelig i alle eukaryoter, men fraværende i prokaryoter. Omtrent 37% av det menneskelige genomet inneholder retrotransposoner. Retrotransposoner er hovedsakelig to typer: LTR og ikke-LTR retrotransposoner. Ikke-LTR-retrotransposoner inneholder ikke lange terminale repetisjoner (LTR), som er tilstede i LTR-retrotransposoner. Ikke-LTR retrotransposoner er videre delt inn i to kategorier: LINJER og SINE. LINJER er lengre ikke-LTR-retrotransposoner, mens SINE-er er mye kortere ikke-LTR-retrotransposoner. Dermed er dette sammendraget av forskjellen mellom LINJER og SINE.
