Nøkkelforskjellen mellom LTR og ikke-LTR retrotransposoner er at LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner som har lange terminale repetisjoner i strukturen, mens ikke-LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner som ikke har lange terminale repetisjoner i strukturen deres.
Retrotransposoner (klasse I transposerbare elementer eller transposoner via RNA-mellomprodukter) er en type genetisk komponent som kan kopiere og lime seg inn på forskjellige genomiske steder. De utfører dette ved å konvertere RNA tilbake til DNA gjennom en prosess som kalles revers transkripsjon ved å bruke et RNA-transposisjonsmellomprodukt. Det er to hovedtyper retrotransposoner som LTR og ikke-LTR retrotransposoner
Hva er LTR-retrotransposoner?
LTR retrotransposoner er en type retrotransposoner som har lange terminale repetisjoner i strukturen. Lange tråder av repeterende DNA kan finnes i hver ende av en LTR-retrotransposon. Disse er kjent som lange terminale repetisjoner (LTR). Hver LTR er noen hundre basepar lang. LTR-retrotransposoner er vanligvis over 5 kilobaser lange. Dessuten, mellom de lange terminale repetisjonene, er det gener som kan transkriberes tilsvarende retrovirusgenene gag og pol. Disse genene overlapper hverandre slik at de koder for en protease som norm alt behandler det resulterende transkripsjonen til funksjonelle genprodukter.
Figur 01: LTR Retrotransposons
Gag-genet til retrotransposoner lager et produkt som assosieres med andre retrotransposontranskripsjoner for å danne viruslignende partikler. Pol-genet lager produkter som inkluderer enzymer som revers transkriptase, integrase og ribonuklease H-domener. Revers transkriptase-enzymet utfører revers transkripsjon av retrotransposon-DNA. Integrase-enzym integrerer retrotransposon-DNA i eukaryotisk genom-DNA. Ribonuklease H-domener er nyttige for å sp alte fosfodiesterbindinger mellom RNA-mellomprodukter. LTR-retrotransposoner koder også for transkripsjoner med tRNA-bindingsseter slik at de kan gjennomgå revers transkripsjon ganske enkelt. Videre, siden retrotransposonet inneholder informasjon om eukaryot genom, kan det sette inn kopier av seg selv på andre genomiske steder i en eukaryot celle.
Hva er ikke-LTR-retrotransposoner?
Ikke-LTR-retrotransposoner er en type retrotransposoner som ikke har lange terminalrepetisjoner i strukturen. I likhet med LTR-retrotransposoner inneholder ikke-LTR-retrotransposoner også gener for revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og noen ganger ribonuklease H-domener. Men de mangler de lange terminalrepetisjonene; i stedet har de korte repetisjoner som kan ha en omvendt rekkefølge av baser ved siden av hverandre. De RNA-bindende proteinene binder seg til RNA-transposisjonsmellomproduktet, og nukleaser bryter fosfodiesterbindinger mellom nukleotider i nukleinsyrer.
Figur 02: LTR og ikke-LTR retrotransposoner
Selv om de er retrotransposoner, kan de ikke utføre revers transkripsjon ved å bruke et RNA-mellomprodukt på samme måte som LTR-retrotransposoner. Dette er fordi ikke-LTR-retrotransposoner ikke inneholder sekvenser som binder tRNA. Derfor fungerer et ikke-LTR-retrotransposon transkribert til mRNA og oversatt til proteiner som revers transkriptase. Revers transkriptase lager en DNA-kopi av ikke-LTR-retrotransposons RNA som kan integreres i genomet på et nytt sted. Videre faller ikke-LTR-retrotransposoner inn i to typer: LINEs (lange interspersed nukleære elementer) og SINEs (kort interspersed nuclear elementer).
Hva er likhetene mellom LTR og ikke-LTR retrotransposoner?
- LTR og ikke-LTR retrotransposoner er de to hovedtypene av retrotransposoner.
- Begge typer inneholder gener for enzymer som revers transkriptase, RNA-bindende protein, nuklease og ribonuklease H-domener.
- De finnes i det menneskelige genomet.
- Begge typer er evolusjonsmessig viktige.
Hva er forskjellen mellom LTR og ikke-LTR retrotransposoner?
LTR retrotransposoner har lange terminale repetisjoner i strukturen, mens ikke-LTR retrotransposoner mangler lange terminale repetisjoner i strukturen. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom LTR og ikke-LTR retrotransposoner. Videre har LTR-retrotransposoner lange direkte repetisjoner som bare er en sekvens av baser som gjentar seg selv. På den annen side har ikke-LTR-retrotransposoner korte repetisjoner som kan ha en invertert rekkefølge av baser ved siden av hverandre.
Infografien nedenfor presenterer forskjellene mellom LTR- og ikke-LTR-retrotransposoner i tabellform for side ved side-sammenligning.
Sammendrag – LTR vs ikke-LTR retrotransposons
LTR- og ikke-LTR-retrotransposoner er de to hovedtypene av retrotransposoner. LTR-retrotransposoner har lange terminale repetisjoner i strukturen, mens ikke-LTR-retrotransposoner ikke har lange terminale repetisjoner i strukturen. Så dette er hovedforskjellen mellom LTR og ikke-LTR retrotransposoner.
