Nøkkelforskjellen mellom molekylær dokking og scoring er at dokking er en teknikk som brukes til å bestemme bindingsaffiniteten mellom to molekyler, mens scoring er en prosess for å evaluere en bestemt positur ved å telle antall gunstige intermolekylære interaksjoner.
Begrepene molekylær dokking og scoring brukes innen molekylær modellering. Molekylær modellering er en teknikk som brukes til å bestemme mulige arrangementer av forskjellige molekyler i et gitt stoff. Denne teknikken er viktig for å lage nye stabile forbindelser.
Hva er molekylær dokking?
Molecular docking er en beregningssimulering av en kandidatligand som binder seg til en reseptor. Denne metoden forutsier den foretrukne orienteringen av ett molekyl til et annet molekyl når de er bundet til hverandre for å danne et stabilt kompleks. Resultatene oppnådd fra denne teknikken kan brukes til å forutsi styrken til assosiasjon eller bindingsaffinitet mellom to molekyler. Her er også den molekylære scoringsfunksjonen viktig.
Figur 01: Et enkelt diagram som viser prosessen med molekylære interaksjoner i biologiske systemer
Generelt tar denne teknikken i betraktning de biologisk relevante molekylene som proteiner, peptider, nukleinsyrer, karbohydrater og lipider. Disse molekylene er svært viktige, og de spiller en viktig rolle i signaloverføringsmekanismer i kroppen vår. Derfor påvirker orienteringen til de to molekylene som skal binde seg for denne sign altransduksjonsprosessen typen signal som produseres her. Det betyr; molekylær dokking er viktig for å bestemme både styrken og typen signal som produseres under sign altransduksjon i biologiske systemer.
Dessuten er molekylære dokkingteknikker viktige for å designe strukturbaserte legemidler. Det er på grunn av dets forutsigbarhet for bindingskonformasjon av små molekyler som ligander til et passende bindingssted.
Hva er molekylær poengsum?
Molekylær skåring er en type matematisk funksjon som er nyttig for å evaluere fremdriften av molekylær dokking. Innen beregningskjemi brukes skåringsfunksjoner for å forutsi bindingsaffiniteten mellom to molekyler etter dokkingsprosessen. For eksempel, hvis vi har et lite molekyl av et partikkelstoff og det er et biologisk mål som et protein, kan vi evaluere affiniteten til stoffet mot bindingsstedet. Dessuten kan den molekylære scoringen brukes til å forutsi de intermolekylære interaksjonene mellom to proteiner eller mellom et protein og DNA-molekyler.
Figur 02: Kort om poengfunksjon
Den viktigste anvendelsen av molekylær scoring er i legemiddeldesignprosessene – for eksempel virtuell screening, de novo-design, leadoptimalisering osv.
Hva er forskjellen mellom molekylær dokking og poengsum?
Molekylær dokking og scoring er viktig i molekylær modellering. Den viktigste forskjellen mellom molekylær dokking og scoring er at dokking er en teknikk som brukes til å bestemme bindingsaffiniteten mellom to molekyler, mens scoring er en prosess for å evaluere en bestemt positur ved å telle antall gunstige intermolekylære interaksjoner.
Følgende infografikk oppsummerer forskjellen mellom molekylær dokking og scoring.
Sammendrag – Molekylær dokking vs poengsum
Molekylær dokking og scoring er viktig i molekylær modellering. Den viktigste forskjellen mellom molekylær dokking og scoring er at dokking er en teknikk som brukes til å bestemme bindingsaffiniteten mellom to molekyler, mens scoring er en prosess for å evaluere en bestemt positur ved å telle antall gunstige intermolekylære interaksjoner.
