Nøkkelforskjellen mellom crRNA tracrRNA og gRNA er at crRNA er en av de to typene RNA til CRISPR, som er komplementær til mål-DNA-sekvensen, mens tracrRNA er den andre typen RNA til CRISPR, som fungerer som et bindingsstillas for Cas-nukleasen og gRNA er en av de to hovedkomponentene i CRISPR-Cas9-systemet av bakterier og archaea som gjenkjenner mål-DNA og veileder Cas-proteiner til å lage dobbelttrådsbrudd i mål-DNA.
CRISPR står for clustered regular interspersed short palindromic repeats. Det er et av immunsystemene i bakterier og arkea. Bakterier og arkea bruker dette systemet for å beskytte seg mot viruspatogener. Det er en av de mest fantastiske mekanismene som involverer en vellykket genetisk modifikasjon. Denne mekanismen (CRISPR-Cas9) brukes som et nytt genredigeringsverktøy i bioteknologi. Det har brakt nye fremskritt innen bioteknologi, spesielt innen genteknologi.
Det er to hovedkomponenter i CRISPR-Cas9-systemet. De er guide-RNA (gRNA) og CRISPR-assosierte (Cas) nukleaser. Guide-RNA er en spesifikk RNA-sekvens som leder Cas-proteiner til å sp alte mål-DNA. Guide-RNA består av to typer RNA. De er crispr RNA (crRNA) og tracrRNA. CRISPR-assosierte (Cas) nukleaser er ikke-spesifikke endonukleaser som gjør dobbelttrådsbrudd i mål-DNA. Ved å lage dobbelttrådsbrudd i mål-DNA, styrer bakterier og arkea sine endogene reparasjonsmekanismer for å inaktivere vir alt DNA.
Hva er crRNA?
crRNA eller Crispr RNA er en av de to typene guide-RNA. Strukturelt er det en 17-20 nukleotidsekvens. Den mest verdifulle egenskapen til crRNA er at den er komplementær til mål-DNA. Derfor samsvarer crRNA med den virale DNA-sekvensen. Spesifisiteten til CRISPR-Cas 9-systemet avhenger av crRNA. I bakterier eksisterer crRNA smeltet sammen med tracrRNA-sekvensen, som er den andre typen CRISPR-RNA. crRNA-produksjon utløses av gjeneksponering av bakterier for et virus. Når det eksponeres, skjer transkripsjon av genet som koder for crRNA. Deretter starter forsvarsmekanismen mot viruset.
Figur 01: CRISPR-Cas9-system
Hva er tracrRNA?
Transaktiverende crRNA eller tracrRNA er den andre delen av guideRNA eller CRISPR RNA. Det uttales som spor-RNA. tracrRNA fungerer som bindingsstillaset for endonukleasen Cas 9-proteinet. Med andre ord fungerer tracrRNA som håndtaket for å lede Cas9 mot mål-DNA. Strukturelt har tracrRNA 42 nukleotider. Det finnes kombinert med crRNA.
Hva er gRNA?
Guide RNA eller gRNA er en av de to hovedkomponentene i CRISPR-Cas9 immunsystemet. Det er en spesifikk RNA-sekvens som består av to elementer: crRNA og tracrRNA. gRNA gjenkjenner mål-DNA og dirigerer Cas-proteiner til å lage dobbelttrådsbrudd i mål-DNA. For å gjøre det, består crRNA av en komplementær sekvens av mål-DNA, mens tracrRNA styrer Cas-proteiner som fungerer som et håndtak.
Figur 02: gRNA
Å designe riktig gRNA er et kritisk trinn i CRISPR-Cas9-genredigeringsverktøyet. Derfor avhenger suksessen og redigeringseffektiviteten til CRISPR-systemet av riktig sekvens av gRNA. gRNA kan uttrykkes i celler fra et transfektert plasmid. Når klonede plasmider introduseres i celler, genererer vertsceller gRNA. Det mest genererte gRNA består av 100 basepar.
Hva er likhetene mellom crRNA tracrRNA og gRNA?
- crRNA, tracrRNA og gRNA er RNA-sekvenser som finnes i bakterier og archaea.
- De tilhører alle CRISPR-systemet.
- gRNA er laget av crRNA og tracrRNA.
- De er involvert i å gjenkjenne bakteriofag-DNA og lede endonukleaser mot mål-DNA.
- Derfor er alle tre typene RNA involvert i å styre Cas9-nukleasen til å lage dobbelttrådsbrudd i invaderende fremmed genetisk materiale.
- Suksessen til CRISPR-eksperimentet avhenger av alle tre typene RNA.
Hva er forskjellen mellom crRNA tracrRNA og gRNA?
crRNA er en del av gRNA av CRISPR som er komplementær til mål-DNA, mens tracrRNA er den andre delen av gRNA, som fungerer som et bindingsstillas for Cas-nukleasen.gRNA er kombinasjonen av crRNA og tracrRNA, og det er en av de to komponentene i CRISPR-Cas9-systemet, som gjenkjenner mål-DNA og veileder nukleaser til å lage dobbelttrådsbrudd i mål-DNA. Så dette er nøkkelforskjellen mellom crRNA tracrRNA og gRNA.
Den følgende tabellen oppsummerer forskjellen mellom crRNA tracrRNA og gRNA.
Sammendrag – crRNA vs tracrRNA vs gRNA
CRISPR-Cas9-systemet er et immunsystem av bakterier og arkea. Dette systemet brukes som et genredigeringsverktøy i bioteknologi. CRISPR består av to typer RNA, nemlig CRISPR RNA (crRNA) og transaktiverende CRISPR RNA (tracrRNA). De er samlet kjent som guideRNA eller gRNA. Dette RNA gjenkjenner målsekvenser av invaderende patogener og veileder endonukleaser til å lage dobbelttrådsbrudd i mål-DNA. Når dobbelttrådsbrudd er laget i det fremmede genetiske materialet, inaktiverer endogene reparasjonsmekanismer (ikke-homolog endesammenføyning; NHEJ) det fremmede DNA ved å introdusere mutasjoner. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom crRNA tracrRNA og gRNA.
