Nøkkelforskjell – Probe vs Primer
Den molekylære proben er et lite DNA- eller RNA-fragment som gjenkjenner de komplementære sekvensene i DNA eller RNA og tillater identifikasjon av målsekvensen. Primer er en liten strekning av DNA eller RNA som fungerer som et utgangspunkt for DNA-syntese. Primere og prober hybridiserer med de komplementære nukleotidene til templat-DNA eller mål-DNA. Den viktigste forskjellen mellom probe og primer er imidlertid at primere er nødvendige for DNA-replikasjon, mens prober er nødvendige for påvisning av spesifikke sekvenser i prøve-DNA.
Hva er en sonde?
Probe er et lite fragment av DNA eller RNA som brukes til å påvise mål-DNA eller RNA i prøven ved molekylær hybridisering. De er også kjent som molekylære markører. Lengden på proben kan variere (100 til 1000 baser), og probenukleotider er komplementære til delen av målsekvensen. For enkel påvisning er prober merket med radioaktive isotoper eller med fluorescerende fargestoffer eller antistoffer. Prober binder seg til de komplementære basene til målsekvensen og avslører tilstedeværelsen av mål-DNA eller RNA i prøven. Det er to hovedmetoder for merking av prober: sluttmerking og nick-oversettelse. Prober er kategorisert i forskjellige typer, inkludert DNA-prober, RNA-prober, cDNa-prober og syntetiske oligonukleotidprober, og de fremstilles ved hjelp av forskjellige teknikker.
Prober er viktige verktøy innen mange mikrobielle og molekylære områder som virologi, rettsmedisinsk patologi, farskapstesting, DNA-fingeravtrykk, påvisning av genetiske sykdommer, RFLP, molekylær cytogenetikk, in situ hybridisering, etc.
Figur 01: Fluorescensmerket sonde brukt i FISH for patogendeteksjon
Hva er en Primer?
Primer er et kort DNA- eller RNA-fragment som fungerer som en initiator for DNA-syntese. DNA-polymeraseenzym legger til nukleotider til 3' OH-gruppen av primersekvensen og syntetiserer den nye tråden komplementær til mal-DNA. Primere er veldig korte fragmenter med lengden 18 til 20 nukleotider. De syntetiseres kjemisk i laboratoriet for in vitro DNA-amplifikasjon (PCR). Primere kan ha hvilken som helst sekvens av nukleotider siden de er designet av brukeren. De syntetiseres for å matche med de komplementære basene til templat-DNA. Derfor kan den ha hvilken som helst sekvens av nukleotider. Primere er av største betydning for DNA-replikasjon siden DNA-polymerase ikke kan syntetisere nytt DNA uten et eksisterende stykke DNA. Når du designer primerne for PCR, må følgende ting vurderes:
- Primere bør inneholde de komplementære nukleotidene til den flankerende enden av DNAet som ønsker å amplifisere.
- Primere bør ha smeltetemperatur mellom 55 – 65 0C
- G- og C-innhold skal være mellom 50 og 60%.
To primere brukes i PCR som forover og bakover for å replikere begge strengene av prøve-DNA. Primere brukes ofte til å utføre PCR og DNA-sekvensering.
Figur 02: Primergløding i PCR
Hva er forskjellen mellom Probe og Primer?
Probe vs Primer |
|
| Probe er et lite fragment av DNA/RNA som brukes til å påvise tilstedeværelsen av målsekvensen i en prøve ved molekylær hybridisering. | Primer er en liten strekning av DNA eller RNA som fungerer som et utgangspunkt for DNA-replikasjon. |
| Function | |
| Dette oppdager tilstedeværelsen av en spesifikk sekvens i prøven av DNA eller RNA. | Dette fungerer som et utgangspunkt for DNA-syntese. |
| Length | |
| Lengden kan være i området 100 – 1000 baser | Lengden er vanligvis omtrent 18 – 20 baser |
| Binding med komplementær sekvens | |
| Probe hybridiserer med de komplementære basene til målsekvensen | Primer annealer med de komplementære basene til DNA-trådene. |
| Labeling | |
| Prober er merket for enkel gjenkjenning | Primere er vanligvis ikke merket |
| Bruk i PCR | |
| Prober brukes ikke i PCR | Primere brukes i PCR |
Sammendrag – Probe vs Primer
Probe er et lite fragment av DNA- eller RNA-sekvens som kan hybridiseres med komplementære nukleotider for å påvise en målsekvens i prøven. Prober merkes radioaktivt, immunologisk eller fluorescerende for å se tilstedeværelsen av målsekvens. Primer er et veldig lite DNA- eller RNA-fragment som fungerer som utgangspunkt for in vitro DNA-amplifisering. DNA-polymerase identifiserer 3' OH-gruppeprimer og starter byggingen av ny tråd komplementær til malen. Prober og primere fungerer på samme måte ved å hybridisere med komplementære nukleotider. Derfor er den viktigste forskjellen mellom probe og primer deres hovedfunksjon.
