Nøkkelforskjellen mellom primer og promoter er at primer er en kommersielt syntetisert kort DNA-sekvens som brukes i PCR for amplifikasjon av en mål-DNA-sekvens, mens promoter er en spesifikk DNA-sekvens som gir et sikkert initi alt bindingssted for RNA polymerase og transkripsjonsfaktorer for å starte transkripsjon.
Primer og promoter er to typer DNA-sekvenser. Primer er et lite fragment av DNA som trengs for polymerasekjedereaksjon (PCR). Den har korte nukleotidsekvenser komplementære til den flankerende enden av DNA-tråden. Det finnes to typer primere, og de fungerer som utgangspunkt for syntese av nye DNA-tråder. I motsetning til dette er en promoter en spesifikk DNA-sekvens lokalisert oppstrøms for transkripsjonsinitieringsstedet til et gen. Den interagerer direkte med transkripsjonsmekanismens komponenter som RNA-polymerase og transkripsjonsfaktorer for å kontrollere DNA-transkripsjon. Derfor binder RNA-polymerase og andre transkripsjonsfaktorer seg til promotersekvensen og initierer transkripsjon.
Hva er en Primer?
Primere er korte DNA-sekvenser designet for amplifisering av mål-DNA-sekvenser. Strukturelt har de korte nukleotidsekvenser som er komplementære til de flankerende endene av DNA-dobbeltstrengene. De er vanligvis rundt 20 nukleotider lange. Under PCR katalyserer Taq-polymerase tilsetningen av nukleotider til den eksisterende nukleotidsekvensen. Derfor tjener primere som utgangspunkt for syntesen av nye tråder. Taq polymerase virker bare i 5' til 3' retning. Derfor foregår DNA-syntese også i samme 5' til 3' retning. Siden DNA er dobbelttrådet, trengs to typer primere i PCR. De er kjent som forover-primeren og revers-primeren, basert på retningen for forlengelsen av primeren under DNA-syntesen.
Figur 01: Primere
Forover primer annealer med antisense DNA-tråd og initierer syntesen av +-tråd av genet i 5' til 3'-retning. Den har en kort nukleotidsekvens som er komplementær til den 3' flankerende enden av antisense-tråden. Revers primer annealerer med sense-strengen og initierer syntesen av en komplementær tråd av den kodende tråden, som er - en tråd av genet i 5'til 3'-retning. Dermed er omvendt primer designet komplementær til 3'-enden av kodingsstrengen. Både revers og fremover primere er viktige for produksjon av millioner til milliarder av kopier av bestemte regioner av DNA som er målrettet eller interessert.
Hva er en promotør?
Promotoren er en DNA-sekvens lokalisert oppstrøms eller i 5′-enden av transkripsjonsinitieringssetet til et gen. Det gir et bindingssted for RNA-polymerase og visse regulatoriske elementer for å starte transkripsjonen av genet. Det er en regulatorisk sekvens som trengs for å slå på eller av et gen. Det er en spesifikk nukleotidsekvens i promoteren. Den kan ha 100–1000 basepar. Promoter viser retningen for transkripsjon. Dessuten indikerer det sansestrengen som skal transkriberes.
Figur 02: Promoter av et gen
Det er tre typer promoterelementer som kjernepromoter, proksimal promoter og distal promoter. Kjernepromotoren er den minimale delen av promotoren som kreves for å starte transkripsjon. Det er plassert mest proksim alt til startkodonet. TATA-boks er en bevart region som finnes i mange eukaryote kjernepromotere. Det er funnet 25 til 35 basepar oppstrøms for transkripsjonsstartstedet. Den proksimale promoteren finnes mer oppstrøms for kjernepromotoren. Generelt er det lokalisert 250 basepar oppstrøms for startkodonet og inneholder primære regulatoriske elementer. Den distale promoteren finnes oppstrøms for den proksimale promoteren, og den inneholder ytterligere regulatoriske elementer. Bakterielle promotorer har to korte sekvenselementer i sine promotorer. TATAAT er konsensussekvensen lokalisert ved -10 av bakteriell promoter mens TTGACA er konsensussekvensen ved -35. De er kjent som -10 element og -35 element.
Hva er likhetene mellom Primer og Promoter?
- Primer og promoter er to typer DNA-sekvenser.
- De består av nukleotidsekvenser.
- Både primer og promoter er viktige for genuttrykk.
Hva er forskjellen mellom Primer og Promoter?
Primer er en kort nukleotidsekvens designet for amplifikasjon av mål-DNA. I motsetning til dette er promoteren en spesifikk regulatorisk DNA-sekvens funnet oppstrøms for transkripsjonsinitieringsstedet til et gen. Så dette er nøkkelforskjellen mellom primer og promoter. Primere er omtrent 20 basepar lange mens promoter kan ha 100 -1000 basepar. Funksjonelt blir primere tjent som startsekvenser for den nye trådsyntesen, mens promotorer kontrollerer gentranskripsjon ved å tilveiebringe bindingsseter for RNA-polymerase og andre transkripsjonsfaktorer.
Dessuten er en promoter definert som retningen for transkripsjonen og indikerer sansestrengen til et gen. Strukturelt sett er primer en kort, enkelttrådet DNA-sekvens mens promoter er en lang dobbelttrådet DNA-sekvens.
Infografikken nedenfor viser flere sammenligninger relatert til forskjellen mellom primer og promoter.
Sammendrag – Primer vs Promoter
Primere er korte nukleotidsekvenser komplementære til de flankerende endene av mål-DNA-dobbeltstrengen. To typer primere brukes i PCR. De tjener som startsekvenser for syntesen av nye tråder. Primere er kommersielt utformet, og de er temperaturstabile sekvenser. På den annen side er promoteren en regulatorisk sekvens av et gen lokalisert oppstrøms for transkripsjonsinitieringsstedet. Promotorer kontrollerer transkripsjonen av gener. De gir bindingssteder for RNA-polymerase og transkripsjonsfaktorer for å starte transkripsjon. Dermed er dette sammendraget av forskjellen mellom primer og promoter.
