Nøkkelforskjellen mellom klone for klon sekvensering og hagle sekvensering ligger i deres oppførselsmetode. Klon for klon sekvenseringsmetode involverer kartlegging av kromosomer og kloning før sekvensering, mens klon med hagle sekvensering utelater både kromosomkartlegging og kloningstrinn under sekvenseringen.
Klon etter klon sekvensering og klon ved hagle sekvensering er to metoder for moderne genomsekvensering. Klon for klon sekvensering er en mer pålitelig metode for sekvensering. Metoden for kloning ved haglesekvensering er imidlertid raskere og billigere. Artikkelen fokuserer på den subtile forskjellen mellom klon for klon sekvensering og hagle sekvensering.
Hva er Clone by Clone Sequencing?
Klon for klon-sekvensering er en metode for genomsekvensering. Det krever kartlegging av hvert kromosom før DNA-sp alting. Etter kartlegging skal DNAet brytes ned til fragmenter på 150 kilobaser lange. Disse fragmentene er så klare for sekvensering. Neste trinn er innsetting av DNA-fragmenter i bakterielle kunstige kromosomer (BAC) og deretter inn i bakterieceller. Siden fragmentene nå er inne i bakteriecellene, deler seg også de innsatte DNA-fragmentene hver gang bakteriene deler seg og produserer mange identiske kopier. Deretter blir det individuelle bakterielle klon-DNA fragmentert til 500 basepar lange fragmenter. De er mindre og overlappende fragmenter. Deretter skjer sekvenseringen med innsetting av disse fragmentene i en vektor med en kjent DNA-sekvens. Fra den kjente sekvensen til vektoren fortsetter sekvenseringen opp til ukjent sekvens.
Etter at du har fullført sekvenseringen, er det nødvendig å identifisere områdene med overlappende sekvenser. Deretter skjer sammenføyning av fragmentene for å danne de større fragmentene som opprinnelig ble presentert i BAC-er. Deretter skjer sammenstillingen av større fragmenter til kromosomet i henhold til genomkartet.
Figur 01: Klone etter klonesekvens
Den betydelige fordelen med klon for klon-sekvensering er at det forhåndsforberedte genomkartet hjelper en pålitelig sammenstilling av større fragmenter. Men ulempen med denne sekvenseringsmetoden er at det er tidkrevende å generere genomkart og lage kloner. Dette var imidlertid metoden foretrukket under 'Human Genome Project'.
Hva er Clone by Shotgun Sequencing?
Clone by shotgun-sekvensering er en sekvenseringsmetode som tilfeldig bryter opp DNA-sekvenser i mange små fragmenter og setter sammen sekvensen på nytt ved å observere de overlappende områdene. Større pattedyrgenom er vanskelig å klone sekvens og sette sammen. Det er på grunn av deres strukturelle kompleksitet og størrelse. Selv om klon for klon sekvenseringsmetoden er pålitelig, tar det lang tid å sekvensere genomer til komplekse organismer. Derfor har klone ved hagle-sekvensering blitt en pålitelig billigere sekvenseringsmetode som kan utføres raskere. Derfor stoler moderne forskere på denne sekvenseringsmetoden for å takle komplekse genomer.
Figur 02: Klone etter haglesekvens
Under sekvenseringsmetoden for kloning med hagle finner ingen konvensjonelle genomkartlegging og kloningstrinn sted. Til å begynne med er hele genomet fragmentert i varierende størrelser fra 20 kilobaser til 300 kilobaser. Deretter skjer sekvensering. Deretter, ved å bruke sofistikert dataprogramvare, er det nødvendig å sette sammen fragmentene ved å se på de overlappende områdene.
Klon ved haglesekvensering bidrar til å forbedre nøyaktigheten til eksisterende genomsekvenser. Den største fordelen med denne metoden er at den er mye raskere og rimeligere enn klon for klon sekvenseringsmetode. Denne prosessen involverer imidlertid ikke bruk av et genetisk kart. Derfor er det mer sannsynlig at feil under sammenstillingen oppstår. Dermed er dette en stor ulempe ved sekvenseringsmetode for klone ved hagle.
Hva er likhetene mellom Clone by Clone Sequencing og Shotgun Sequencing?
- Både klon for klon-sekvensering og haglesekvensering er to metoder for genomsekvensering.
- Under begge sekvenseringsteknikkene, skjer sammensetting av nedbrutte fragmenter ved å identifisere overlappende regioner.
- I tillegg er nedbrytning av DNA til mindre fragmenter nødvendig for både klon- og haglesekvensering.
Hva er forskjellen mellom Clone by Clone Sequencing og Shotgun Sequencing?
Klon for klon sekvenseringsteknikk innebærer to hovedtrinn: kartlegging av kromosomer og kloning. I motsetning følger ikke sekvensering av klone ved hagle disse to trinnene; den bryter tilfeldig opp DNA-sekvenser i mange små fragmenter og setter sammen sekvensen ved å observere de overlappende områdene. Derfor er dette nøkkelforskjellen mellom klon for klon sekvensering og hagle sekvensering. På grunn av denne faktoren er sekvensering av klon for klon en kostbar og tidkrevende prosess, mens sekvensering av klon med hagle er raskere og billigere.
Det er imidlertid mindre sannsynlig at feil under montering oppstår under klone-for-klone-sekvensering. Derfor har den høy pålitelighet. Klone ved haglesekvensering er imidlertid en relativt mindre pålitelig teknikk. Så dette er også en betydelig forskjell mellom klon for klon sekvensering og hagle sekvensering.
Infografikken nedenfor viser mer informasjon om forskjellen mellom klone for klon sekvensering og hagle sekvensering.
Summary – Clone by Clone Sequencing vs Shotgun Sequencing
For å oppsummere forskjellen mellom klon for klon sekvensering og hagle sekvensering, er klon for klon sekvensering og hagle sekvensering to metoder for genom sekvensering. Imidlertid involverer klon for klon sekvenseringsteknikk både genomkartlegging og kloningsprosesser, mens klon ved haglesekvensering ikke gjør det. Så dette er nøkkelforskjellen mellom klon for klon sekvensering og hagle sekvensering. Siden genomkartlegging finner sted under klon-for-klon-sekvensering, er det mindre sannsynlig at feil oppstår under sammenstillingen av sekvenser. Men sekvensering av klone ved hagle er en mye raskere og billigere prosess. Likevel er den relativt mindre pålitelig. Klon for klon sekvensering var den foretrukne sekvenseringsmetoden under "Human Genome Project". Men den moderne molekylærbiologen er mer avhengig av sekvensering av klone ved hagle.
