Nøkkelforskjellen mellom konsensus-PCR og pan-PCR er at konsensus-PCR alltid retter seg mot bevarte regioner, mens Pan-PCR retter seg mot variable regioner for å identifisere forskjellige stammer av en gruppe
Polymerase kjedereaksjon (PCR) er en genamplifikasjonsteknikk som består av tre hovedtrinn som denaturering, annealing og forlengelse. Dette er mye brukt i diagnostikk og molekylær identifikasjon. Konsensus PCR- og Pan PCR-teknikker er basert på primer-målene som hver PCR-type bruker.
Hva er Consensus PCR?
Konsensus PCR er en PCR-teknikk som retter seg mot en bevart region for en bestemt art eller slekt. Derfor velges svært konserverte regioner for amplifikasjon. Gjennom denne metoden kan organismer identifiseres og skilles ut basert på deres konsensus. Denne metoden identifiserer en bevart region for en bestemt art. For eksempel forblir 16s rRNA-regionen til bakterier en bevart region blant bakterier. Derfor er det bare nødvendig med ett primersett for amplifikasjon. I de fleste tilfeller kan en spesifikk universalprimer brukes for den konserverte regionen.
Figur 01: PCR-teknikk
Ved å følge en konsensus PCR-metode, kan artskarakterisering og evolusjonære sammenhenger utledes. Basert på amplifikasjonseffektiviteten til den bestemte prøveorganismen, kan organismens konsensus overfor gruppen også utledes. Videre er det viktig å gjennomføre en konsensus-PCR i fylogenetiske studier. Den tillater identifikasjon av en art og tolker avviket den spesielle organismen vist i form av den felles stamfaren.
Hva er Pan PCR?
A Pan PCR er en multipleksingsmodus for PCR. I denne teknikken blir forskjellige stammer amplifisert ved å bruke forskjellige primermål. Målene kan imidlertid være felles mål for stammegruppene. Således, i Pan PCR, kan mer enn to primersett brukes på en gang. Det kan foregå i en enkeltrørsreaksjonsmetode eller som en flerrørsreaksjonsmetode. Pan PCR er mer tidkrevende og mer kompleks sammenlignet med en konsensus PCR. På grunn av denne grunn kan tolkningen av PCR-resultatene også være mer kompleks i Pan PCR.
Pan PCRs hovedanvendelse er innen molekylær diagnostikk. Det gjør det mulig å skille mellom forskjellige stammer av en art ved målamplifikasjon. Pan PCR er en ideell teknikk for å identifisere forskjellige stammer av en enkelt art som forårsaker en sykdom. I de fleste tilfeller er automatisering av Pan PCR-teknikker for ulike helsetilstander svært viktig og er en pålitelig og svært effektiv teknikk.
Hva er likhetene mellom Consensus PCR og Pan PCR?
- Consensus PCR og Pan PCR er to typer PCR-teknikker.
- Begge prosedyrene følger den generelle tre-trinns prosedyren – denaturering, annealing og forlengelse.
- De bruker primere som er målspesifikke.
- Begge reaksjoner finner sted i en termisk syklus.
- Disse reaksjonene kan automatiseres.
- Begge kan brukes i molekylær diagnostikk og identifikasjon; nøyaktigheten varierer imidlertid.
- Disse prosedyrene krever validering.
Hva er forskjellen mellom Consensus PCR og Pan PCR?
Både Consensus og Pan PCR følger samme rutineprosedyre. Imidlertid er nøkkelforskjellen mellom konsensus PCR og Pan PCR basert på primermålene hver prosedyre bruker. Mens konsensus PCR alltid retter seg mot konserverte regioner, retter en Pan PCR seg mot variable regioner for å identifisere forskjellige stammer av en gruppe. På grunn av denne forskjellen varierer primerdesignprotokollene, antall primersett som brukes og de spesifikke bruksområdene.
Infografikken nedenfor oppsummerer forskjellen mellom Consensus PCR og Pan PCR.
Sammendrag – Konsensus PCR vs Pan PCR
PCR, introdusert av Mulli, spiller en viktig revolusjonerende rolle i molekylærbiologiske applikasjoner. Consensus og Pan PCR er to typer PCR basert på deres primermålregioner. Mens konsensus PCR retter seg mot konserverte regioner, retter Pan PCR seg mot variable regioner og spiller en viktig rolle i stammeidentifikasjon. På grunn av denne grunnleggende forskjellen mellom konsensus PCR og Pan PCR, varierer de spesifikke funksjonene til hver type PCR også fra fylogenetisk analyse til molekylær karakterisering til molekylær diagnostikk.
