Nøkkelforskjellen mellom MLVA og MLST er at MLVA bruker polymorfismen til tandem-gjentatte DNA-sekvenser for å karakterisere mikrobielle arter, mens MLST bruker polymorfismen til DNA-sekvenser av interne fragmenter av flere husholdningsgener for å karakterisere mikrobielle arter.
Mikrobiell typing brukes vanligvis for å bestemme kilden og infeksjonsrutene. Det bekrefter eller utelukker utbrudd. Mikrobiell typing sporer også kryssoverføring av helsevesen-assosierte patogener og gjenkjenner virulente stammer. Dessuten evaluerer mikrobiell typing effektiviteten av kontrolltiltak for patogene mikrobielle arter. MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker som brukes i mikrobiell typing.
Hva er MLVA?
Multiple loci VNTR-analyse (MLVA) er en molekylærbiologisk metode som bruker polymorfismen til tandem gjentatte DNA-sekvenser for å karakterisere mikrobielle arter. Det er en metode som brukes for genetisk analyse av bestemte mikrobielle arter.
Under det første trinnet av MLVA, blir hvert målrettet VNTR-lokus amplifisert ved PCR med flankerende regionspesifikke primere. Deretter blir de oppnådde fragmentene størrelseseparert ved elektroforese på en kapillærsekvenser. Genotypingen av hvert locus og resultatene kompilert fra hver prøve gjør det mulig å karakterisere en mikroorganisme hvis art er kjent. Det gjør det også mulig å identifisere underarten gjennom alleltyping og sammenligning med MLVA-databasene.
Figur 01: MLVA
Denne MLVA-metoden er mer selektiv enn MLST-metoden. Videre krever ikke MLVA-metoden et DNA-sekvenseringstrinn. Dermed gjør det det mulig å differensiere nære underarter eller klonale arter.
Hva er MLST?
Multilocus-sekvenstyping (MLST) er en teknikk som bruker polymorfismen til DNA-sekvenser av interne fragmenter av flere husholdningsgener for å karakterisere mikrobielle arter. MLST er en teknikk innen genetisk analyse for typing av flere loci.
Figur 02: MLST
Det er en type sekvensering som brukes som referanseteknikk for å skille forskjellige stammer av mikrobielle arter. Denne metoden er basert på sekvensering av husholdningsgener. Husholdningsgenene koder norm alt for essensielle proteiner fra mikrobielle midler som en bakterie. Disse sekvensene av husholdningsgener har det spesielle ved å presentere en stabil polymorfisme over tid. Derfor er forskjellene i sekvenser av husholdningsgener tilstrekkelige nok til å skille stammer fra hverandre. Videre var den første MLST-ordningen som ble utviklet Neisseria meningitidis, årsaken til meningokokk-meningitt og septikemi. Siden introduksjonen har MLST blitt brukt ikke bare for menneskelige patogener, men også for plantepatogener.
Hva er likhetene mellom MLVA og MLST?
- MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker som brukes i mikrobiell typing.
- Begge teknikkene kan brukes til mikrobiell fylogenetisk analyse.
- Begge teknikkene er basert på genetisk polymorfisme.
- De kan brukes til påvisning av menneskelige sykdommer som forårsaker mikrobielle patogener.
- Begge teknikkene bør utføres av dyktige molekylærbiologer.
Hva er forskjellen mellom MLVA og MLST?
MLVA er en teknikk som bruker polymorfismen til gjentatte DNA-sekvenser for å karakterisere mikrobielle arter. I mellomtiden er MLST en teknikk som bruker polymorfismen til DNA-sekvenser av interne fragmenter av flere husholdningsgener for å karakterisere mikrobielle arter. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom MLVA og MLST. Videre er MLVA-metoden mer selektiv enn MLST-metoden.
Infografikken nedenfor presenterer forskjellene mellom MLVA og MLST i tabellform for side-ved-side-sammenligning.
Sammendrag – MLVA vs MLST
MLVA og MLST er to molekylærbiologiske teknikker som brukes i mikrobiell typing. MLVA bruker polymorfismen til tandem gjentatte DNA-sekvenser for å karakterisere mikrobielle arter, mens MLST bruker polymorfismen til DNA-sekvenser av interne fragmenter av flere husholdningsgener for å karakterisere mikrobielle arter. Så dette er hovedforskjellen mellom MLVA og MLST.
