Nøkkelforskjellen mellom DNA- og RNA-prober er at DNA-prober er fragmenter av DNA som er komplementære til målnukleotidsekvenser, mens RNA-prober er strekninger av enkelttrådet RNA som er komplementære nukleinsyresekvenser av målsekvenser.
En sonde er en kunstig syntetisert kort sekvens av DNA eller RNA som kan merkes radioaktivt eller med ikke-radioaktive molekyler. Den kan ha en lengde på 100 til 1000 baser. Prober er nyttige for å detektere målnukleotidsekvenser som er komplementære til sekvensen til proben. Når de er lagt til, blir prober hybridisert med de komplementære sekvensene eller målsekvensene og gjør det synlig for å identifisere målsekvensene siden det bærer radioaktivitet. Prober er viktige molekylære verktøy for i mange mikrobielle og molekylære områder som påvisning av genetiske sykdommer, i virologi, i rettsmedisinsk patologi, i farskapstesting, i DNA-fingeravtrykk, RFLP, molekylær cytogenetikk, in situ hybridisering, etc.
Hva er DNA-prober?
DNA-prober er enkelttrådede strekninger av DNA. De kan brukes til å påvise tilstedeværelsen av komplementære nukleinsyresekvenser (målsekvenser) ved hybridisering. Når en DNA-probe hybridiserte med dens komplementære sekvens, danner den en dobbelttrådet hybrid. For å oppdage dem merkes DNA-prober generelt med radioisotoper, biotin, epitoper eller fluoroforer. DNA-probene merket med biotin kan påvises med streptavidin-merket alkalisk fosfatase ved en rekke enzymatiske og kjemiske metoder.
Figur 01: DNA-probe
Nukleotidsekvensen til DNA-proben er kjent. De er korte sekvenser med en lengde på 100 til 1000 basepar. Lange DNA-prober kan genereres ved hjelp av rekombinant DNA-teknologi. De kan også genereres ved PCR og kloning. I kliniske mikrobiologiske laboratorier er DNA-prober lett tilgjengelige for rask diagnostisering av infeksjonssykdommer.
Hva er RNA-prober?
RNA-prober er enkelttrådede strekninger av RNA. De er komplementære sekvenser til målsekvenser i prøven. De syntetiseres vanligvis med RNA-polymerasene fra bakteriofagene SP6, T7 eller T3 ved in vitro-transkripsjon av DNA. Lange RNA-prober kan genereres ved in vitro-transkripsjon fra linearisert plasmid-DNA. Generelt binder RNA-prober seg sterkt og tettere til deres komplementære sekvenser enn DNA-prober. I likhet med DNA-prober, kan RNA-prober også merkes mens de blir transkribert.
Hva er likhetene mellom DNA- og RNA-prober?
- Både DNA- og RNA-prober er enkelttrådede nukleotidsekvenser.
- Begge er kunstig utformet og syntetisert.
- Dessuten kan de merkes med radioisotoper, epitoper, biotin eller fluoroforer.
- De har en sterk affinitet til en spesifikk DNA- eller RNA-målsekvens.
- De brukes i ulike blotting og in situ hybridiseringsteknikker for påvisning av målnukleinsyresekvenser.
- Begge typer prober kan hybridiseres med deres komplementære sekvenser.
- De brukes også til identifisering av mikroorganismer og diagnostisering av smittsomme, arvelige og andre sykdommer.
Hva er forskjellen mellom DNA- og RNA-prober?
DNA-probe er en kort strekning av DNA som er komplementær til målsekvensen. På den annen side er RNA-proben en kort enkeltstrenget strekning av RNA som er komplementær til målsekvensen. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom DNA- og RNA-prober. Videre inneholder DNA-prober A, T, C og G mens RNA-prober inneholder A, U, C og G.
I tillegg er en ytterligere forskjell mellom DNA- og RNA-prober deres termodynamiske stabilitet. RNA-prober viser større termodynamisk stabilitet sammenlignet med DNA-prober.
Infografikk nedenfor viser viktige forskjeller mellom DNA- og RNA-prober.
Sammendrag – DNA vs RNA-prober
En probe er et lite fragment av DNA eller RNA som brukes til å påvise tilstedeværelsen av en spesifikk sekvens i prøven av DNA eller RNA ved molekylær hybridisering. DNA-prober er korte enkelttrådede DNA-fragmenter mens RNA-prober er korte enkelttrådede RNA-sekvenser. De er kjente sekvenser. Termodynamisk stabilitet er større i RNA-prober enn DNA-prober. RNA-prober binder seg tett til deres komplementære sekvenser enn DNA-prober binder. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom DNA- og RNA-prober.
