Nøkkelforskjellen mellom CDS og ORF er at CDS er den faktiske nukleotidsekvensen til et gen som oversettes til et protein, mens ORF er en strekning av DNA-sekvens som begynner med translasjonsinitieringssted (startkodon) og slutter med et nettsted for terminering av oversettelser (stoppkodon).
Et gen har en kodende sekvens (CDS). Den består av totale eksoner av genet og et startkodon og et stoppkodon. Det er den faktiske delen av genet som oversetter og produserer proteinet. Åpen leseramme eller ORF er en nukleotidsekvens plassert mellom et startkodon og et stoppkodon. Det er ingen stoppkodon inne i en ORF som avbryter den genetiske koden som oversettes til et protein. I prokaryoter er CDS og ORF til et gen de samme.
Hva er CDS?
CDS eller kodende sekvens er den delen av genet som faktisk oversettes til et protein. Den består av eksoner og to kodoner kjent som AUG-kodon og stoppkodon. CDS inneholder ikke to uoversatte regioner: 5' UTR og 3' UTR. Dessuten er introner ikke inkludert i CDS.
Figur 01: Kodesekvens
Sammenlignet med hele genomet til et individ, er kodende sekvenser en liten brøkdel. Kodesekvensen består av den nødvendige nukleotidsekvensen for å lage aminosyresekvensen til proteinet. Derfor er CDS konsentrerte eksoner som kan deles inn i nukleotidtripletter eller kodoner. Kodoner gir opphav til aminosyrer.
Hva er en ORF?
Åpen leseramme eller ORF er den kontinuerlige strekningen av en nukleotidsekvens som begynner med et startkodon og slutter med et stoppkodon. Med enkle ord refererer ORF til regionen til nukleotidsekvensen som ligger mellom start- og stoppkodoner. I mellom er det ingen stoppkodon som avbryter ORF. Nukleotidsekvensen mellom start- og stoppkodon koder for aminosyrer. Vanligvis er startkodon ATG mens stoppkodoner er TAG, TAA og TGA. ORF gir et funksjonelt protein når det transkriberes og oversettes. Derfor inkluderer ORF et startkodon, flere kodoner i midtregionen og et stoppkodon. Interessant nok har ORF en lengde som kan deles på tre.
Figur 02: Åpen leseramme
I prokaryoter, siden det ikke er noen introner, er ORF den kodende sekvensen til et gen som transkriberer direkte til mRNA. Derfor er CDS og PRF de samme i prokaryoter. Når man søker etter gener i prokaryoter, er det lett å oppdage en ORF og finne et gen i prokaryoter. I eukaryoter, siden det er introner, er ORF kodonsekvensen som dannes etter prosessering eller RNA-spleising. ORF er et bevis som hjelper genprediksjon så lenge ORF sannsynligvis er en del av et gen.
Hva er likhetene mellom CDS og ORF?
- I prokaryoter er CDS og ORF de samme.
- Begge har startkodon og stoppkodon.
- De har et antall nukleotider som kan deles på tre.
- Når de er oversatt, produserer de aminosyresekvenser.
Hva er forskjellen mellom CDS og ORF?
CDS er den faktiske delen av genet som oversettes til et protein mens ORF er strekningen av DNA mellom et startkodon og et stoppkodon. Så dette er nøkkelforskjellen mellom CDS og ORF. Videre inneholder ikke CDS introner, men ORF kan inneholde introner. CDS transkriberer fullstendig til en komplett mRNA-sekvens mens ORF kan være en del av mRNA-sekvensen. Dermed er dette enda en forskjell mellom CDS og ORF.
Infografikktabellen nedenfor viser forskjellene mellom CDS og ORF side ved side.
Sammendrag – CDS vs ORF
CDS og ORF er to viktige deler av et gen. CDS refererer til den faktiske regionen av DNA som oversettes til et protein. ORF er en sekvens av DNA som starter med startkodonet "ATG" og slutter med hvilket som helst av de tre termineringskodonene (TAA, TAG eller TGA). ORF kan være en del av det komplette mRNA til et gen. Imidlertid transkriberer den kodende sekvensen til et gen til fullstendig mRNA-sekvens. Alle CDS-er er ORF-er. Men ikke alle ORF-er er CDS-er. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom CDS og ORF.
