Nøkkelforskjellen mellom Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen er at Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og arke alt messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteintranslasjonsinitieringssted i de fleste eukaryote messenger-RNA-er.
Shine Dalgarno og Kozak-sekvensen er to konsensussekvenser som er svært viktige for oversettelsesinitiering. I molekylærbiologi er translasjon prosessen der ribosomer i cytoplasmaet syntetiserer proteiner etter transkripsjonsprosessen. I oversettelse blir et mRNA (budbringer-RNA) dekodet i et ribosom for å produsere en spesifikk aminosyrekjede utenfor kjernen. Vanligvis induserer et ribosom dekodingsprosessen ved å lette bindingen av komplementære tRNA-antikodonsekvenser til mRNA-kodoner. Oversettelsen foregår i tre stadier: initiering, forlengelse og avslutning.
Hva er Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og arke alt messenger-RNA. Det er generelt lokalisert rundt 8 baser oppstrøms for startkodonet AUG. Denne RNA-sekvensen hjelper til med å rekruttere ribosomer til messenger-RNA ved å justere ribosomet med et mRNA-startkodon. Dermed starter det proteinsyntese. En gang etter rekruttering kan tRNA legge til aminosyrer i rekkefølge som diktert av mRNA-kodonene. Denne spesielle sekvensen er vanlig hos bakterier, men sjeldnere hos arkea. Dessuten er det også til stede i kloroplast- og mitokondrielle transkripsjoner. Shine Dalgarno-sekvensen ble først foreslått av australske forskere John Shine og Lynn Dalgarno. Konsensussekvensen med seks baser er AGGAGG. For eksempel, i Escherichia coli er sekvensen AGGAGGU.
Figur 01: Shine Dalgarno-sekvens
Valget av initieringssted (AUG) avhenger av interaksjonen mellom 30S-underenheten til ribosom og mRNA-mal. Den pyrimidinrike regionen på 16srRNA-komponenten til 30S-underenheten binder seg til den purinrike regionen kjent som Shine Dalgarno-sekvensen oppstrøms for AUG-initieringskodonet i mRNA. Videre, under dannelsen av initieringskomplekset, pares disse komplementære nukleotidsekvensene for å danne en dobbelttrådet RNA-struktur. Dette letter bindingen av mRNA til et ribosom på en slik måte at initieringskodonet plasseres på P-stedet til ribosomet.
Hva er Kozak-sekvens?
Kozak-sekvensen er et initieringssted for proteinoversettelse i de fleste eukaryote mRNA. Denne sekvensen kalles også Kozak-konsensussekvensen. Kozak-sekvens er den optimale sekvensen for å starte translasjon i eukaryoter. Denne sekvensen er et integrert aspekt av proteinregulering. Det er også veldig viktig for den generelle cellulære helsen. Den hjelper til med å korrigere proteinoversettelse fra genetiske meldinger ved å formidle ribosomsamling og initiering av oversettelse.
Figur 02: Kozak-sekvens
Denne sekvensen ble oppk alt etter forskeren som oppdaget den, Marilyn Kozak. Hun oppdaget det gjennom en detaljert analyse av DNA-genomiske sekvenser. Kozak-sekvensen er 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. De store bokstavene indikerer bevarte baser, mens små bokstaver indikerer vanlige variable baser. R indikerer en purin (adenin eller guanin) som alltid er plassert på dette stedet.
Hva er likhetene mellom Shine Dalgarno og Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno og Kozak-sekvenser er to konsensussekvenser som er svært viktige i initiering av oversettelse.
- Begge er RNA-sekvenser.
- Den mindre underenheten av ribosomet binder seg til begge sekvensene.
- Begge sekvenser formidler riktig ribosomsammenstilling og oversettelsesinitiering.
- De er integrerte aspekter av proteinregulering og generell cellulær helse.
Hva er forskjellen mellom Shine Dalgarno og Kozak Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted som finnes i bakterielt og arke alt messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteintranslasjonsinitieringssted som finnes i de fleste eukaryote messenger-RNA. Så dette er nøkkelforskjellen mellom Shine Dalgarno og Kozak-sekvensen. Videre er Shine Dalgarno-sekvensen 5'AGGAGGU3' mens Kozak-sekvensen er 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Følgende infografikk viser forskjellene mellom Shine Dalgarno- og Kozak-sekvensen i tabellform for sammenligning side ved side.
Summary – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno- og Kozak-sekvenser er to konsensus-RNA-sekvenser som er svært viktige for ribosomsamling og translasjonsinitiering. Shine Dalgarno-sekvensen er et ribosom alt bindingssted i bakterielt og archaeal messenger-RNA, mens Kozak-sekvensen er et proteintranslasjonsinitieringssted i de fleste eukaryote messenger-RNA. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom Shine Dalgarno og Kozak-sekvensen.
