Nøkkelforskjellen mellom Coomassie- og sølvfarging er at coomassie-farging er en proteinfargingsteknikk som bruker en coomassie briljant blåfarge, mens flisfarging er en proteinfargingsteknikk som bruker en sølvbeis.
Proteinseparasjon og identifikasjon er kritiske trinn i proteomanalyse. De trenger høyoppløselig proteinkarakterisering etter gelelektroforese. Det er mange fargeteknikker som inkluderer forskjellige flekker som anioniske fargestoffer (coomassie brilliant blue), metallkationer (imidazol-sink), sølvfarge og fluorescerende fargestoffer, etc. Noen ganger kan radioaktive prober også brukes. Valget av fargeteknikk avhenger av enkelheten, tilgjengeligheten av bildeutstyr i laboratoriet osv.
Hva er Coomassie Staining?
Coomassie-farging er en proteinfargingsteknikk som bruker en coomassie briljant blåfarge. Det kalles generelt coomassie blue-teknikken. Coomassie brilliant blue er det mest populære anioniske proteinfargestoffet. Denne flekken farger norm alt nesten alle proteiner med god kvantitativ linearitet ved middels følsomhet. Coomassie brilliant blue stain binder seg uspesifikt til nesten alle proteiner. Det er to forskjellige coomassie brilliant blue beisvarianter: R-250 og G-250. R-250 gir kortere fargetider, mens G-250 er tilgjengelig i mer sensitive og miljøvennlige formuleringer.
Figur 01: Coomassie Staining
Coomassie-fargestoffer er veldig populære i massespektrometristudier og proteinidentifikasjonsstudier. Bio-safe coomassie stain er dessuten en ikke-farlig formulering av coomassie blue G-250 som for tiden er tilgjengelig på markedet. Fordelen med denne formuleringen er at den bare krever vann for skylling og avfarging. Biosikker coomassie-beis gir følsomhet tilsvarende konvensjonell coomassie-blå G-250, men bedre enn coomassie-beis R-250. I tillegg har den en enklere og raskere fargingsprotokoll enn den konvensjonelle Coomassie blue G-250. Ulempen med coomassie-blåfarging er at den er mindre følsom sammenlignet med sølvfarging. Coomassie blåfarging er omtrent 50 ganger mindre følsom enn sølvfarging. På grunn av sin enkelhet i binding, er den imidlertid foretrukket i mange studier.
Hva er sølvfarging?
Sølvfarging er en proteinfargingsteknikk som bruker en sølvbeis. Sølvfarging brukes til å farge både agarose- og polyakrylamidgeler. Sølvfargingen av protein i agarosegeler ble først utviklet i 1973 av Kerenyi og Gallyas. Senere ble det tilpasset proteiner i polyakrylamidgeler som brukes i SDS-PAGE. For tiden brukes sølvfarging også til farging av DNA eller RNA. For å farge gelene, inkuberes gelene med sølvnitratløsning i denne metoden. Sølvfarging flekker stedene der proteiner er tilstede fra brunt til svart.
Figur 02: Sølvfarging
Intensiteten til sølvfargingen avhenger av proteinets primære struktur. Dessuten kan renheten til karene som brukes og renheten til reagensene også påvirke kvaliteten på sølvfarging. Ulempen med sølvfarging er imidlertid at den ikke er i stand til å oppdage alle proteiner, spesielt glykoproteiner og proteiner med store modifiserte grupper knyttet til sidekjedene.
Hva er likhetene mellom Coomassie og Silver Staining?
- Coomassie- og sølvfarging er to teknikker som brukes i proteinfarging.
- De kan farge både proteiner og DNA.
- Begge fargingsteknikker har ulemper.
- Disse teknikkene har lignende trinn, for eksempel fiksing, farging og avfarging.
Hva er forskjellen mellom Coomassie og Silver Staining?
Coomassie-farging er en proteinfargingsteknikk som bruker coomassie brilliant blue-beis, mens sliver-farging er en proteinfargingsteknikk som bruker sølvbeis. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom Coomassie og sølvfarging. Videre er Coomassie-farging mindre følsom enn sølvfarging.
Infografien nedenfor viser forskjellene mellom Coomassie- og sølvfarging i tabellform for sammenligning side ved side.
Sammendrag – Coomassie vs Silver Staining
For å visualisere proteiner, kan en proteinspesifikk fargebindings- eller fargeproduserende kjemisk reaksjon utføres. Dette kalles proteinfarging. Coomassie og sølvfarging er to teknikker som brukes i proteinfarging. Coomassie-fargingsteknikk bruker coomassie briljant blå beis mens sliverfarging bruker sølvbeis. Så dette er hovedforskjellen mellom Coomassie og sølvfarging.
