Nøkkelforskjellen mellom CGH og array CGH er at CGH er en tradisjonell molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantallvariasjon i DNA fra en testprøve som har en lavere oppløsning, mens array CGH er en helautomatisert molekylær cytogenetisk metode for analyserer kopinummervariasjon i DNA til en testprøve som har høyere oppløsning.
CGH og array CGH er to teknikker for å oppdage kopinummervariasjoner hos enkeltpersoner. Variasjon av kopinummer refererer til delene av genomet som gjentas. Antall eksemplarer varierer fra person til person. Variasjon av kopinummer er generelt kategorisert i to grupper: korte repetisjoner og lange repetisjoner. Et av de mest kjente eksemplene på en kort kopiantallvariasjon er gjentakelsen av CAG-trinukleotidet i huntingtin-genet. Dette forårsaker en nevrologisk lidelse k alt huntingtin. Det beste eksemplet for variasjon i lange repetisjoner av kopiantall er alfa-amylasegenet, som forårsaker insulinresistens. Variasjon av kopinummer kan oppdages ved hjelp av teknikker som FISH, CGH og array CGH.
Hva er CGH?
CGH er en tradisjonell molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantallvariasjon i DNA fra en testprøve sammenlignet med en referanseprøve. Den har en lavere oppløsning sammenlignet med automatiserte teknikker. Målet med denne teknikken er å raskt og effektivt sammenligne to genomiske DNA-prøver som kommer fra forskjellige kilder.
Figur 01: CGH
Prosedyren innebærer isolering av DNA fra to kilder: test og referanse. Deretter er neste trinn uavhengig merking av test- og referanse-DNA-prøver med fluoroforer i forskjellige farger. Senere ble de to DNA-prøvene denaturert for å få de enkelttrådede DNA-prøvene. Til slutt ble hybridiseringen av de to resulterende DNA-prøvene i et 1:1-forhold til en normal metafasespredning av kromosomer utført. Kromosomforskjellene kan identifiseres mellom de to kildene ved hjelp av et fluorescensmikroskop og dataprogramvare. Videre er CGH-teknikken bare i stand til å oppdage ubalanserte kromosomavvik.
Hva er Array CGH?
Array CGH er en helautomatisert molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantallvariasjon i DNA til en testprøve sammenlignet med en referanseprøve. Den har en høyere oppløsning, og den ble utviklet for å minimere begrensningene til tradisjonell CGH. Array CGH kombinerer prinsippene til CGH med bruk av mikromatriser. I stedet for å bruke metafase-kromosomspredning, bruker denne metoden lysbilder med små DNA-segmenter som mål. Disse mikroarrayene ble laget ved å deponere og immobilisere en liten mengde DNA (prober) på en solid glassbærer. Størrelsen på prober kan variere fra oligonukleotid til et bakterielt kunstig kromosom.
Figur 02: Array CGH
Uavhengig av prober, er den grunnleggende metoden for array CGH lik CGH. Når prober som inneholder mikroarray er klargjort, blandes de to DNA-prøvene (test og referanse) merket med fluoroforer av forskjellige farger sammen og legges til mikroarrayen. Siden DNA i prøvene er enkelttrådet på grunn av denaturering, hybridiserer dette DNA med arrayerte enkelttrådete prober. Ved hjelp av et digit alt bildesystem er det mulig å identifisere kromosomforskjellene mellom de to kildene.
Hva er likhetene mellom CGH og Array CGH?
- CGH og array CGH er to teknikker for å oppdage kopinummervariasjoner.
- De er molekylære cytogenetiske metoder.
- Begge metodene diagnostiserer ubalanserte kromosomavvik.
- Fluoroforer er involvert i begge metodene.
- Begge metodene kan brukes til å oppdage genetiske lidelser på grunn av variasjoner i kopiantall.
- De er mye brukt i komparativ genomisk analyse.
Hva er forskjellen mellom CGH og Array CGH?
CGH er en tradisjonell molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantall variasjon i DNA fra en testprøve som har en lavere oppløsning, mens array CGH er en helautomatisert molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantall variasjon i DNA av en testprøve som har høyere oppløsning. Så dette er nøkkelforskjellen mellom CGH og array CGH. Videre, i CGH, hybridiserer test- og referanse-DNA-prøver med en normal metafasespredning av kromosomer, men i array-CGH hybridiserer test- og referanse-DNA-prøver med de immobiliserte DNA-probene som inneholder mikroarray.
Infografien nedenfor viser forskjellene mellom CGH og array CGH i tabellform for side ved side-sammenligning.
Sammendrag – CGH vs Array CGH
CGH og array CGH er to molekylære cytogenetiske teknikker for å oppdage ubalanserte kromosomavvik. De er mye brukt i komparativ genomisk analyse. CGH er en tradisjonell molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantallvariasjon i DNA fra en testprøve som har lavere oppløsning. I kontrast er array CGH en helautomatisert molekylær cytogenetisk metode for å analysere kopiantallvariasjon i DNA fra en testprøve som har høyere oppløsning. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom CGH og array CGH.
