Nøkkelforskjellen mellom FISH og CGH er at FISH er en molekylær teknikk som oppdager spesifikk DNA-sekvens på et kromosom ved å bruke fluorescensmerkede prober, mens CGH er en annen molekylær cytogenetisk teknikk som oppdager endringer i det genomiske DNA.
Cytogenetisk analyse spiller en viktig rolle i medisin når man oppdager kromosomavvik som aneuploidier, slettinger, duplikasjoner og omorganiseringer osv. Kromosomavvik fører til slutt til genetiske sykdommer som kreft, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelters syndrom, Turner syndrom, leukemi osv. Det finnes ulike molekylære cytogenetiske metoder for å oppdage de nevnte defekter og sykdommer. Blant dem er FISH (fluorescerende in situ hybridisering) og CGH (komparativ genomisk hybridisering) to kraftige hybridiseringsteknikker. Begge metodene har imidlertid fordeler og ulemper.
Hva er FISH?
FISH er en nukleinsyrehybridiseringsteknikk utført på en del eller seksjon av vev, i hele vevet eller cellene. Det er en sondebasert metode. Teknikken avhenger av teorien om Watson Crick komplementær baseparing, noe som resulterer i enten DNA – DNA-hybrider eller DNA – RNA-hybrider, som dermed kan oppdage muterte gener eller kan identifisere genet av interesse. Videre bruker denne teknikken enkelttrådede DNA-sekvenser, dobbelttrådete DNA-sekvenser, enkelttrådede RNA-sekvenser eller syntetisk oligonukleotid fremstilt ved bruk av nick-translasjon som prober som er komplementære til gensekvenser av interesse. Dessuten er den viktigste funksjonen ved denne teknikken merking av prober med fluorescensfargestoffer. Dermed binder probene seg til de komplementære delene av kromosomet og gjør det enkelt å oppdage.
Dessuten er FISH en svært sensitiv og spesifikk metode. Derfor er det en vanlig teknikk i både forskning og diagnose av hematologiske maligniteter og solide svulster. Men FISH viser lav oppløsning. Det krever også forkunnskaper om målavviket for å designe probesekvenser.
Figur 01: FISH
Det er mange anvendelser av FISH, hovedsakelig innen molekylær diagnostikk av infeksjonssykdommer for å identifisere tilstedeværelsen av patogener og bekrefte patogenet via molekylær diagnostikk. Dessuten er FISH en ofte brukt teknikk innen utviklingsbiologi, karyotyping og fylogenetisk analyse og fysisk kartlegging av kromosomer.
Hva er CGH?
Komparativ genomisk hybridisering (CGH) er en annen DNA-basert molekylær cytogenetisk teknikk som kan oppdage endringer i genomiske DNA-sekvenser. Metoden er en avansert metode som kan analysere kromosom- og genmodifikasjoner for å oppdage endringene eller endringene i de genomiske DNA-sekvensene. Videre krever CGH isolering og fragmentering av DNA fra den eksperimentelle prøven og referanseprøven. Deretter bør prøvene merkes med to forskjellige fluorescerende fargestoffer (vanligvis rødt og grønt). Senere blandes begge prøvene og tillates konkurrerende hybridisering. Det siste trinnet er analysen av prøvene for endringer i DNA som genduplikasjon, gentap osv. Spesielt måler det forskjellene i DNA-kopinummeret mellom testprøven og kontrollprøven.
Figur 02: CGH
En annen versjon av CGH er tilgjengelig nå; det er en mer avansert metode enn vanlig CGH. Det er en teknikk som kalles array-basert CGH eller aCGH. aCGH tillater nøyaktig identifikasjon av gen- eller sekvensslettinger i mange tusen sekvenser i ett enkelt eksperiment.
Hva er likhetene mellom FISH og CGH?
- FISH og CGH er to molekylære teknikker.
- Både FISH og CGH er avhengige av nukleinsyrehybridisering.
- I tillegg trenger begge teknikkene utformede prober for å oppdage spesifikke DNA-mål.
- Vi bruker dem for pre-natal og postnatal diagnose av genetiske sykdommer.
- I tillegg er både FISH og CGH veldig kraftige verktøy for å studere genomiske endringer.
- De bruker fluorescerende fargestoffer for å merke prober.
Hva er forskjellen mellom FISH og CGH?
FISH er en in situ hybridiseringsprosedyre som bruker fluorescerende prober for å detektere spesifikke DNA-sekvenser, mens CGH er en molekylær hybridiseringsteknikk som oppdager endringene av genomiske DNA-sekvenser. Så dette er hovedforskjellen mellom FISH og CGH.
I tillegg krever FISH forkunnskaper om målavviket for å designe probesekvenser, mens CGH ikke krever forkunnskaper. En ytterligere forskjell mellom FISH og CGH er at FISH viser begrenset oppløsning mens aCGH viser høy oppløsning.
Infografikken nedenfor oppsummerer forskjellen mellom FISH og CGH.
Sammendrag – FISH vs CGH
FISH og CGH er to molekylære cytogenetiske teknikker som letter påvisningen av gensekvenser av interesse. FISH letter påvisningen av spesifikk DNA-sekvens på et kromosom ved bruk av fluorescensmerkede prober mens CGH letter påvisningen av endringer i det genomiske DNA. Så dette er hovedforskjellen mellom FISH og CGH.
