Nøkkelforskjellen mellom polysomprofilering og ribosomprofilering er at polysomprofilering analyserer ribosomatferd ved bruk av både ribosom og mRNA (polysom) under translasjon, mens ribosomprofilering analyserer ribosomoppførsel kun ved å bruke mRNA-sekvensen under translasjon.
Translasjon er den andre fasen av proteinsyntesen som konverterer informasjonen i mRNA til en aminosyresekvens. Translatomics er en studie av ORF-er (åpne leserammer) som er aktivt oversatt i en celle i en organisme. Polysom- og ribosomprofileringsteknikker er to typer teknikker innen molekylærbiologi for å vurdere og utlede forskjellige parametere i sammenheng med å analysere translatomet.
Hva er polysomprofilering?
Polysomprofilering er en teknikk som utleder status for translasjon av et spesifikt mRNA ved å analysere oppførselen til både ribosom og mRNA (polysom). Med andre ord gir denne teknikken data og konklusjoner om assosiasjonen av mRNA med ribosomer. Polysomet refererer til gruppen av ribosomer bundet til et mRNA som er tilstede under forlengelsesfasen av translasjonen.
Figur 01: Polysomprofilering
Polysomprofilering krever cellelysat, som deretter sentrifugeres. Den sentrifugerte prøven separeres deretter basert på deres tettheter for å karakterisere de små og store underenhetene til ribosomene og det tilsvarende mRNA som er involvert i dannelsen av polysomet. Videre involverer prosessen også måling av optisk tetthet. Det kreves eksperter for å utføre polysomprofilering.
Polysom profileringsteknikk er et viktig verktøy for mange bruksområder. Forskere bruker denne teknikken for å studere graden av translasjon i celler. Mer spesifikt er det et verktøy for å gi nøyaktig informasjon om studiet av individuelle proteiner og deres spesifikke mRNA. I sammenheng med å studere graden av translasjon av et bestemt mRNA, er polysomprofileringsteknikken avgjørende. Her kan 3'- og 5'-sekvensene til et mRNA undersøkes med referanse til deres effekter på mengden mRNA produsert og translasjonsnivået.
Hva er Ribosome Profiling?
Ribosomprofilering er en teknikk som analyserer oppførselen til ribosomet med hensyn til dets mRNA under translasjon. Denne teknikken ble funnet og utviklet av Joan Steitz og Marilyn Kozak. Senere ble denne teknologien videreutviklet av to forskere, Nicholas og Jonathan, i kombinasjon med neste generasjons sekvensering, noe som førte til utviklingen av forskjellige relaterte teknikker som Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodikk.
Figur 02: Ribosomsekvensering
Prosedyren for ribosomprofilering innebærer å isolere mRNA, fjerne RNA som ikke er bundet til ribosomer, og separere mRNA bundet til ribosomer. Etter denne prosedyren blir mRNA-isolatet reverstranskribert, og cDNA-syntese finner sted. Til slutt kan sekvensdata justeres med translasjonsprofilen for å utlede egenskapene til ribosomets oppførsel med hensyn til mRNA.
Ribosomprofilering hjelper mange forskere med å identifisere og utlede plasseringen av startsteder for translasjon, komplementet til oversatte åpne leserammer (ORF) i en celle eller et vev, fordelingen av ribosomer på mRNA, og hastigheten på oversette ribosomer. Ribosomprofilering er også kjent som ribosomfotavtrykk eller Ribo Seq.
Hva er likhetene mellom polysomprofilering og ribosomprofilering?
- Polysom- og ribosomprofilering er molekylærbiologiske teknikker som er viktige i forskning.
- De gir informasjon om oversettelsesprosessen.
- Begge profileringsprosessene gir data gjennom analyse av oversettelsen.
- Profesjonelle eksperter trengs for å utføre begge teknikkene for nøyaktige resultater.
- Bioinformatikkverktøy spiller en viktig rolle i begge teknikkene.
Hva er forskjellen mellom polysomprofilering og ribosomprofilering?
Polysomprofilering analyserer ribosomoppførselen ved å bruke både ribosom og mRNA (polysom) under translasjon, mens ribosomprofilering analyserer ribosomoppførselen kun ved å bruke mRNA-sekvensen under translasjon. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom polysomprofilering og ribosomprofilering. Dessuten involverer polysomprofilering teknikker som tetthetsgradientsentrifugering og optiske tetthetsmålinger, mens ribosomprofilering involverer mRNA-ekstraksjon og sekvenseringsteknikker. Ribosomprofilering er også mer nøyaktig enn polysomprofilering.
Infografien nedenfor presenterer forskjellene mellom polysom- og ribosomprofilering i tabellform for side ved side-sammenligning.
Sammendrag – Polysome Profiling vs Ribosome Profiling
Translasjon er den andre fasen av proteinsyntesen som innebærer å konvertere informasjonen om mRNA-sekvensen til en aminosyresekvens. Denne prosessen krever en mRNA-mal, ribosomer, aminosyrer, tRNA og andre faktorer. Polysom- og ribosomprofilering er to molekylære teknikker. Polysomprofilering analyserer ribosomoppførselen ved å bruke både ribosom og mRNA (polysom) under translasjon, mens ribosomprofilering analyserer ribosomoppførselen kun ved å bruke mRNA-sekvensen under translasjon. Polysomprofilering involverer teknikker som tetthetsgradientsentrifugering og optiske tetthetsmålinger. Ribosomprofilering involverer teknikker som mRNA-ekstraksjon, cDNA-syntese og sekvensering. Så dette oppsummerer forskjellen mellom polysomprofilering og ribosomprofilering.
