Nøkkelforskjell – oppstrøms vs nedstrøms DNA
Det er viktig å ha generell kunnskap om DNAs sammensetning og struktur for å forstå forskjellen mellom oppstrøms og nedstrøms DNA. DNA er sammensatt av polynukleotidkjeder. Nukleotider er byggesteinene som lager polynukleotidkjeder og hvert nukleotid er laget av tre komponenter: et femkarbonsukker, en nitrogenholdig base og en fosfatgruppe. En fosfatgruppe og en OH-gruppe er festet til henholdsvis karbon i 5'-posisjon og karbon i 3'-posisjon i sukkermolekylet i et nukleotid. Nukleotider er bundet sammen av fosfodiesterbindinger dannet mellom 5' fosfatgruppe av ett nukleotid og 3' OH-gruppe av tilstøtende nukleotid. Hvis en polynukleotidkjede har en fri 5'-fosfatgruppe, blir den tilordnet som 5'-enden; hvis den har en ledig 3' OH-gruppe, tilordnes den som en 3'-ende. Derfor har DNA-tråder vanligvis 5'- og 3'-ender i henhold til endeposisjonene til polynukleotidkjedene. DNA eksisterer også som dobbelttrådet form. To tråder er antiparallelle til hverandre. Derfor har DNA to tråder som går mot 5' til 3' retning og 3' til 5' retning. Oppstrøms og nedstrøms DNA refereres til med referanse til transkripsjon og syntese av 5' til 3' mRNA-streng. Hvis DNA vurderes mot 5-enden av den kodende tråden fra transkripsjonsinitieringsstedet, er det kjent som oppstrøms DNA. Hvis DNA vurderes mot 3'-enden fra den kodende tråden fra transkripsjonsinitieringsstedet er kjent som nedstrøms DNA. Dette er nøkkelforskjellen mellom oppstrøms og nedstrøms DNA.
Hva er oppstrøms DNA?
Et gen er en strukturell og funksjonell enhetsarvelighet som er lokalisert på DNA til en organisme. Det er lagret med instruksjoner for å konstruere et protein. Genet har en spesifikk region av et DNA-molekyl. Når det er nødvendig, transkriberes og oversettes det til et protein via syntese av en mRNA-streng. Norm alt går en kodende tråd av genet fra 5' til 3' retning. Når den blir transkribert, produserer den en mRNA-streng i samme retning 5' til 3'. Under transkripsjonen blir 3' til 5' antisense-tråd tjent som malstrengen og initierer mRNA-syntesen. Det er et transkripsjonsinitieringssted i genet. Med referanse til transkripsjonsinitieringsstedet, er DNA-regionen mot 5'-enden av den kodende tråden kjent som oppstrøms DNA. En promoter av genet er norm alt lokalisert i oppstrømsregionen av DNA. I eukaryote gener er det TATA-bokser, promoterproksimale elementer og forsterkere i området oppstrøms for genet. Oppstrømsregionen av genet er referert med negative tall. Oppstrøms DNA av et gen er av største betydning for transkripsjonen.
Hva er nedstrøms-DNA?
Transkripsjonsinitieringssted er kjent som +1 poeng av et gen. DNA-regionen fra +1-punktet mot 3'-enden av den kodende tråden er kjent som nedstrøms DNA. Med andre ord, nedstrøms for genet er fra transkripsjonsinitieringsstedet mot 5'-enden av malstrengen. Derfor inkluderer nedstrøms DNA i en genregion transkripsjonsenhet og andre sekvenser som terminatorsekvens. Promotoren kan påvirke nedstrømssekvensen til et gen. Nedstrøms del av et gen refereres med positive tall. Nedstrøms DNA av et gen er den faktiske regionen som gir proteinproduktet.
Figur 01: Oppstrøms og nedstrøms DNA
Hva er forskjellen mellom Upstream og Downstream DNA?
Upstream vs Downstream DNA |
|
| DNA-regionen mot 5'-enden av kodingssekvensen fra transkripsjonsinitieringsstedet er kjent som oppstrøms DNA. | DNA-regionen mot 3'-enden av den kodende tråden fra transkripsjonsinitieringsstedet er kjent som nedstrøms DNA. |
| Elements | |
| Promotorer og forsterkere er plassert på oppstrøms DNA | Transkripsjonsenhet og terminatorsekvensene er plassert i nedstrøms-DNA. |
| Nummerering | |
| Nukleotider i oppstrømsregionen refereres med negative tall | Nukleotider refereres med positive tall. |
| Function | |
| Denne regionen inneholder elementer som er nødvendige for å regulere og starte transkripsjon | Denne regionen inneholder instruksjoner for å produsere et protein og avslutte transkripsjonen |
Sammendrag – oppstrøms vs nedstrøms DNA
Det er enkelt å identifisere oppstrøms og nedstrøms for en RNA-streng. Når det gjelder referansestedet, er regionen mot 5'-enden av RNA-tråden kjent som oppstrøms RNA, mens regionen mot 3'-enden er kjent som nedstrøms RNA. Imidlertid er det i DNA to tråder som går i begge retninger 5' til 3' og 3' til 5'. Derfor er forskjellen mellom oppstrøms og nedstrøms DNA komplisert. Derfor er det differensiert med referanse til transkripsjonen av et gen. Fra transkripsjonsinitieringsstedet mot 5-enden av sense-tråden er DNA-regionen kjent som oppstrøms DNA, mens fra transkripsjonsinitieringsstedet mot 3'-enden av sense-tråden er kjent som nedstrøms DNA. Dette er forskjellen mellom oppstrøms og nedstrøms DNA.
