Nøkkelforskjell – Exome vs RNA-sekvensering
Nukleinsyresekvensering er teknikken som bestemmer rekkefølgen av nukleotider i et bestemt fragment av DNA eller RNA til en organisme. Sekvensering er viktig for å identifisere DNA- og RNA-sammensetningen til cellen og skille visse gener som koder for funksjonelle proteiner; dermed kan sekvensering brukes til å forstå mutasjonene til disse genene og genuttrykkene. Sanger Sequencing-metoden eller de mer avanserte neste generasjons sekvenseringsmetodene er sekvenseringsmetodene som ofte brukes. Eksomsekvensering er sekvenseringen av det komplette settet med eksoner eller kodende DNA-regioner som er tilstede i en organisme, mens RNA-sekvensering er sekvenseringsprosedyren til ribonukleinsyrer (RNA). Dette er hovedforskjellen mellom eksom- og RNA-sekvensering.
Hva er Exome-sekvensering?
Exome er en undergruppe av genomet som består av de kodende genene til en bestemt organisme. Kodende gener er navngitt som eksoner og blir transkribert til mRNA og deretter oversatt til aminosyresekvenser. Under post-transkripsjonelle modifikasjoner fjerner RNA-spleisingsmekanismen i eukaryoter intronene (ikke-kodende regioner), og eksonene forblir. Det er to hovedteknikker for eksomsekvensering: løsningsbasert og arraybasert.
I løsningsbasert eksomsekvensering blir DNA-prøver fragmentert ved bruk av enten restriksjonsenzymer eller mekanisk metode og denaturert av varme. I denne teknikken brukes biotinylerte oligonukleotidprober (agn) for selektivt å hybridisere med målregioner i genomet. Magnetiske streptavidinkuler brukes til bindingstrinnet. Binding etterfølges av et vasketrinn hvor de ubundne og ikke-målrettede sekvensene vaskes bort. De bundne målene blir deretter amplifisert ved bruk av polymerasekjedereaksjon (PCR) og deretter sekvensert ved bruk av Sanger-sekvensering eller neste generasjons sekvenseringsteknikker.
Figur 01: Exome Sequencing
Arraybasert metode ligner også på den løsningsbaserte metoden, bortsett fra at DNA-fragmenter fanges opp i en mikroarray, og deretter følger bindingen og vasketrinnene før de sekvenseres.
Exome-sekvensering brukes i mange applikasjoner som genetisk diagnostisering av sykdommer, i genterapi, i identifisering av nye genetiske markører, i landbruket for å identifisere ulike fordelaktige agronomiske egenskaper og i planteforedlingsprosedyrer.
Hva er RNA-sekvensering?
RNA-sekvensering er basert på transkriptomet, som er de komplette transkripsjonene av cellen. Nøkkelmålene med RNA-sekvensering er å katalogisere alle arter av transkripsjonen, inkludert mRNA, ikke-kodende RNA og lite RNA, for å bestemme transkripsjonsstrukturen til gener og for å kvantifisere ekspresjonsnivåene til hvert transkript under utvikling. Under RNA-sekvensering ble hybridiseringsteknologier (som var komplementært DNA avledet fra modne mRNA-sekvenser) opprinnelig brukt for sekvensering. For tiden brukes en mer nøyaktig og avansert gjennomgangsteknikk for RNA-sekvensering.
Figur 02: RNA-sekvensering
I RNA-sekvensering blir en prøve av RNA som kan være total-RNA eller fraksjonert RNA omdannet til dets komplementære DNA (cDNA) ved hjelp av revers transkripsjon, og et cDNA-bibliotek utarbeides. Hvert cDNA-fragment er festet til adaptere på begge sider (parende sekvensering) eller på den ene siden (enkeltende sekvensering). Disse merkede sekvensene er sekvensert ved hjelp av Sanger-sekvensering eller neste generasjon, som exome-sekvensering.
Hva er likhetene mellom Exome- og RNA-sekvensering?
- Korte utvalgte fragmenter eller hele settet med DNA/RNA kan brukes til Exome- eller RNA-sekvensering.
- Sekvenserte fragmenter er bevart i biblioteker.
- Sanger-sekvensering eller neste generasjons sekvensering kan brukes.
- Begge er in vitro-sekvenseringsmetoder.
- Sekvenserte fragmenter kan bestemmes av fluorescerende tagger.
Hva er forskjellen mellom eksom- og RNA-sekvensering?
Exome vs RNA-sekvensering |
|
| Exome-sekvensering er sekvensering av det komplette settet med eksoner eller kodende DNA-regioner som finnes i en organisme. | RNA-sekvensering refererer til sekvenseringsprosedyren for ribonukleinsyrer (RNA); transkriptomet. |
| Starteksempel | |
| Genomisk DNA er startprøven for eksomsekvensering. | RNA er startprøven for RNA-sekvensering. |
| Komposisjon | |
| Dette inneholder bare kodende regioner av det totale DNA kjent som Exons | Dette inneholder RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sequencing | |
| Det er to hovedmetoder for eksomsekvensering; løsningsbaserte og arraybaserte teknologier. | RNA-sekvensering gjøres via klargjøring av et cDNA-bibliotek ved å ekstrahere det totale RNA eller fragmentert RNA. |
Sammendrag – Exome vs RNA-sekvensering
Exome er det komplette settet med kodende regioner i en organisme, og teknikkene som er involvert i bestemmelsen av eksakt nukleotidrekkefølge for Exome er kjent som eksomsekvensering. RNA-sekvensering er teknikken involvert i bestemmelsen av nukleotidrekkefølgen til RNA til en organisme. Dette er forskjellen mellom eksom- og RNA-sekvensering.
Last ned PDF-versjon av Exome vs RNA Sequencing
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til offline-formål i henhold til sitat. Last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom Exome og RNA-sekvensering
