Key Difference – Proteomics vs Transcriptomics
Omic-teknologien er en aktuell trend, der de forskjellige biomolekylene til en organisme blir sett på som en hel samling med hensyn til dens egenskaper og funksjoner. Omic-teknologien har et bredt spekter av bruksområder. De forskjellige omikkene til en biologisk prøve inkluderer genomikk, proteomikk, transkriptomikk og metabolomikk. Proteomics innebærer fullstendig studie av alle proteiner i en levende organisme. Det er definert som settet av alle uttrykte proteiner i en organisme, dens strukturelle og funksjonelle egenskaper. Det komplette settet med proteiner danner derfor proteomet. Transcriptomics er den komplette studien av alle messenger RNA (mRNA) molekylene som finnes i en levende organisme. Dermed omhandler transkriptomikk genene som er aktivt uttrykt i en levende organisme. Det totale settet av mRNA i en levende organisme blir referert til som transkriptomet. Nøkkelforskjellen mellom Proteomics og Transcriptomics er basert på typen biomolekyl. I proteomikk studeres det totale settet av uttrykte proteiner i en levende organisme, mens i transkriptomikk studeres det totale mRNA fra en levende organisme.
Hva er proteomikk?
Begrepet proteomikk ble laget i 1995 og ble opprinnelig definert som det totale proteinkomplementet i en celle, vev eller en organisme. Med fremgangen innen proteomiske studier ble det deretter modifisert for å bli betraktet som et paraplybegrep der mange studiefelt ble inkludert. For tiden, under emnet proteomikk, studeres strukturen, orienteringen, funksjonene, dens interaksjoner, dens modifikasjoner, dens anvendelser og viktigheten av proteiner. Derfor utføres det mye forskning innen proteomikk for tiden.
De første proteomiske studiene ble gjort for å identifisere proteininnholdet i Escherichia coli. Kartleggingen av det totale proteininnholdet ble gjort ved å bruke todimensjonale (2D) geler. Etter suksessen med dette, gikk forskerne videre til å karakterisere det totale proteininnholdet i dyr som marsvin og mus. For tiden gjøres kartlegging av menneskelig protein ved å bruke 2D gelelektroforese.
Applications of Proteomics
Det er mange fordeler med å studere proteomikk, ettersom proteiner er de styrende molekylene for det meste av aktiviteten på grunn av katalysatoregenskapene til proteiner. Dermed kan studiet av hele proteiner gi informasjon om helsetilstanden til en organisme. Noen applikasjoner er;
- Genomanmerkning: Ved å studere proteininnholdet i en organisme kan de nøyaktige genomene som er ansvarlige for den aktive proteinforbindelsen bestemmes. I dette scenariet er resultater fra all genomikk, transkriptomikk og proteomikk viktige.
- Sykdomsidentifikasjon / Diagnostikk: Proteomikk brukes til å identifisere sykdomstilstanden ved å sammenligne de friske og de syke
- For å utføre proteinekspresjon studert under eksperimentering.
- Proteinmodifikasjoner og interaksjonsstudier: For å bruke proteiner in vitro-forhold eller og in vivo-betingelser, for å bestemme lagringsforholdene for disse ekstraherte proteinene og for å studere proteinets oppførsel in vitro, in vivo og in – silico-metoder.
Figur 01: Proteomics
Det er forskjellige teknikker involvert i proteomikk
- Ekstraksjon av det totale proteinet og separering av proteinene ved hjelp av 2D gelelektroforese. Proteiner kan også separeres ved hjelp av High-Performance Liquid Chromatography (HPLC).
- Sekvensering av de ekstraherte proteinene ved hjelp av metoder som Edmunds sekvenseringsmetode eller massespektrometri.
- Når sekvensene er identifisert, analyseres strukturelle og funksjonelle egenskaper til proteininnholdet ved hjelp av datamaskinbasert programvare og bioinformatikkverktøy.
Hva er Transcriptomics?
Transkriptombegrepet er laget en nylig. Transcriptomics er studiet av det totale mRNA-innholdet i en organisme. Det totale mRNA er det uttrykte DNA i en levende organisme eller en celle. Den komplette samlingen av mRNA omtales som et transkriptom.
Trinnene mot å analysere transkriptomet inkluderer
- Ekstraksjon av RNA, separasjon av mRNA ved bruk av kolonnegelkromatografi med poly-DT-kuler.
- Sekvenseringen av mRNA er utført.
Microarray-teknologi er en vanlig måte å identifisere transkriptomet til en organisme på. Mikroarrayteknikken involverer en probeplate med de komplementære trådene til transkriptomet. Ved hybridisering kan mRNA som er tilstede i organismen eller cellene karakteriseres.
Figur 02: Transcriptomic Techniques
Transcriptomics er nå mye brukt i det medisinske feltet. Sykdomsdiagnostikk og sykdomsprofilering er hovedfelt der Transcriptomics brukes. Ved å analysere et transkriptom av en organisme kan fremmed mRNA identifiseres, og hvis det er noen infeksjoner, kan det identifiseres. Det ikke-kodende RNA kan separeres ved hjelp av transkriptomiske teknologier. Og også ekspresjonen av gener under ulike miljøbelastninger kan overvåkes.
Hva er likhetene mellom proteomikk og transkriptomikk?
- Begge er en del av konseptet omisk teknologi.
- Begge brukes i sykdomsdiagnostikk og sykdomskarakterisering av en organisme.
- Begge studieområdene involverte utvinning av biomolekylet, separasjon av biomolekylet og sekvenseringstrinn.
Hva er forskjellen mellom proteomikk og transkriptomikk?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomics innebærer fullstendig studie av alle proteiner i en levende organisme. | Transcriptomics er den komplette studien av alle messenger-RNA (mRNA)-molekylene som finnes i en levende organisme. |
| Studert biomolekyltype | |
| Proteiner studeres i proteomikk. | mRNA studeres i transkriptomikk. |
| Factors Studed | |
| Struktur, funksjon, interaksjoner, modifikasjoner og anvendelser av proteinene studeres i proteomikk. | Sekvensstruktur, interaksjoner med miljø og anvendelser av mRNA studeres i transkriptomikk. |
Summary – Proteomics vs Transcriptomics
Omics spiller en viktig rolle innen livsvitenskap. Proteomikk refererer til studiet av proteomet som danner den komplette samlingen av proteiner i en celle eller en organisme. Transcriptomics refererer til studiet av transkriptomet som er det komplette settet med uttrykt DNA som er i form av mRNA. De to studieområdene, proteomikk og transkriptomikk, ble avledet etter introduksjonen av genomikk og brukes i dag mye i medisinsk diagnostikk og i karakterisering og screening av organismer. Dette er forskjellen mellom proteomikk og transkriptomikk.
Last ned PDF-en av Proteomics vs Transcriptomics
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til offline-formål i henhold til sitat. Last ned PDF-versjonen her: Difference Between Proteomics and Transcriptomics
