Nøkkelforskjellen mellom ITS1 og ITS2 er at ITS1 er et spacer-DNA lokalisert mellom 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA lokalisert mellom 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter.
Internt transkribert spacer (ITS) er spacer-DNA som vanligvis ligger mellom små ribosomale RNA-underenheter og store ribosomale RNA-gener i kromosomet eller i den tilsvarende transkriberte regionen i det polycistroniske rRNA-forløpertranskripsjonsmolekylet. I bakterier og archaea er det bare et enkelt ITS mellom 16S og 23S rRNA-gener. Men i eukaryoter er det to ITS spacer-DNA: ITS1 (mellom 18S og 5.8S rRNA gener) og ITS2 (mellom 5.8S og 28S rRNA). Derfor er ITS1 og ITS2 to spacer-DNA funnet mellom rRNA-gener i eukaryoter.
Hva er ITS1?
ITS1 er et spacer-DNA lokalisert mellom 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter. ITS refererer til et stykke ikke-funksjonelt spacer-DNA plassert mellom rRNA-gener. ITS1 har større lengdevariasjon enn ITS2. Lengdevariasjonen til ITS1 er omtrentlig (200-300bp). ITS-markører som ITS1 har bevist sin effektivitet i å belyse fylogenetiske forhold mellom forskjellige taxa. Dessuten er ITS1 spacer DNA mindre bevart enn ITS2 spacer DNA. ITS1-strukturer er bare bevart i mye mindre taksonomiske enheter. Hver eukaryot ribosomal klynge inneholder også regioner k alt eksterne transkriberte spacere (5' og 3' ETS).
Figur 01: ITS1-region
ITS1 spacer-DNA er veldig nær den 5'eksterne transkriberte spaceren (5' ETS). Videre, hvis noen ønsker å forsterke ITS1-regionen for fylogenetiske forholdsstudier, må de bruke et spesifikt primerpar (revers og fremover primere) for dette formålet. For å forsterke ITS1-regionen, brukes norm alt to primersett i PCR-protokollene til laboratorier. De er ITS1 fremover og ITS2 bakover eller ITS1 fremover og ITS4 bakover.
Hva er ITS2?
ITS2 er et spacer-DNA lokalisert mellom 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. ITS2-regionen har en kortere lengdevariasjon enn ITS1-regionen. Lengdevariasjonen til ITS2 er omtrentlig (180-240bp). Imidlertid er ITS2-regionen mer bevart enn ITS1-regionen i mange taksonomiske enheter. Den identifiserer at alle ITS2-sekvenser deler en felles kjerne av den sekundære strukturen. Dessuten er 40% ITS2-region bevart blant alle angiospermer, mens det er mulig å justere 50% av ITS2-regionen på tvers av familie og høyere nivå.
Figur 02: ITS2-region
Uavhengig av omfanget av bevaring, er bruk av ITS2-regionen også veldig populær, slik som ITS1-regionen i fylogenetiske forholdsstudier, spesielt i sopp-DNA-strekkoding. For å forsterke ITS2-regionen brukes vanligvis et spesifikt primersett i PCR-protokollene til laboratorier. Det vil si ITS1 fremover og ITS4 revers. Men når PCR-protokollen bruker dette primersettet, forsterker den også ITS1-regionen sammen med ITS2-regionen. Videre er ITS2 spacer-DNA svært nær den 3'eksterne transkriberte spaceren (3' ETS).
likheter mellom ITS1 og ITS2
- ITS1 og ITS2 er to spacer-DNA plassert mellom rRNA-gener.
- De finnes bare i eukaryoter.
- Begge kan forsterkes ved å bruke spesifikke primerpar.
- De blir begge skåret ut i rRNA-modning som ikke-funksjonelle biprodukter.
- Begge er svært viktige for fylogenetiske forholdsstudier, spesielt ved sopp-DNA-strekkoding.
Forskjellen mellom ITS1 og ITS2
ITS1 er et spacer-DNA som finnes mellom 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA lokalisert mellom 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. Så dette er nøkkelforskjellen mellom ITS1 og ITS2. Videre har ITS1 større lengdevariasjon sammenlignet med ITS2. På den annen side har ITS2 en kortere lengdevariasjon sammenlignet med ITS1. Dette er nok en forskjell mellom ITS1 og ITS2.
Infografikken nedenfor viser forskjellene mellom ITS1 og ITS2 i tabellform for side ved side-sammenligning.
Sammendrag – ITS1 vs ITS2
Internt transkribert region (ITS) er et ikke-funksjonelt stykke spacer-DNA som ligger mellom rRNA-gener. I bakterier og archaea er det bare en enkelt ITS-region. Men i eukaryoter er det to ITS-regioner: ITS1 og ITS2. ITS1 er et spacer-DNA som er lokalisert mellom 18S og 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, mens ITS2 er et spacer-DNA som ligger mellom 5.8S og 28S rRNA-gener i eukaryoter. Dermed er dette sammendraget av forskjellen mellom ITS1 og ITS2.
