Nøkkelforskjellen mellom målrettet og umålrettet proteomikk er at målrettet proteomikk tar sikte på å måle mengden av et spesifikt protein mens umålrettet proteomikk ikke målretter mot et spesifikt protein.
Proteomics er en storstilt studie av proteiner, deres strukturer og funksjoner. Den studerer hele proteinkomplementet i en celle, vev eller en organisme under spesifikke forhold. Det finnes to typer proteomikk som målrettet proteomikk og ikke-målrettet proteomikk.
Hva er målrettet proteomikk?
Som navnet indikerer, retter målrettet proteomikk seg mot et spesifikt protein eller et peptid i en kompleks blanding av proteiner for analyse. Deretter analyserer den tilstedeværelsen og mengden av det forhåndsvalgte spesifikke proteinet. Denne metoden er mulig for bare én prøve eller på tvers av flere prøver. Denne metoden er egnet selv for en bestemt gruppe proteiner. Det resulterer i mer presise, kvantitative og sensitive data. Dessuten gir massespektrometri kombinert med målrettet proteomikk mer nøyaktige pålitelige målinger. Denne metoden bruker trippelt kvadrupol massespektrometer (QQQ) for sin analyse.
Figur 01: Proteomics
Targeted proteomics er en egnet metode hvis du vil verifisere om et knockdown-mål faktisk er slått ned eller når du ønsker å kvantifisere et bestemt protein/peptid i blodserum, hjernevæske eller i cellelysat etc. Du kan også bruk den hvis du vil sjekke om et bestemt protein er differensielt uttrykt på tvers av prøver eller under et tidsforløpseksperiment.
Hva er ikke-målrettet proteomikk?
Umålrettet proteomikk, som navnet nevner, retter seg ikke mot et spesifikt protein eller peptid for analysen. Discovery proteomics er et annet navn for Untargeted proteomics. Faktisk er det en mer "global" analyse. Vanligvis er å utføre ikke-målrettet proteomikk å svare på spørsmålet "hvilket protein eller proteiner er i denne prøven eller flere prøver?". Denne metoden er ikke sensitiv som målrettet proteomikk. Men den kan identifisere og måle mange proteiner, inkludert nye proteiner. Umålrettet proteomikk kan produsere både kvantitative og kvalitative målinger.
Hva er likhetene mellom målrettet og ikke-målrettet proteomikk?
- Både målrettet og ikke-målrettet proteomikk måler proteiner i prøver.
- De er viktige i proteomanalyse.
- Disse metodene bruker massespektrometri.
Hva er forskjellen mellom målrettet og ikke-målrettet proteomikk?
For det første er målrettet proteomikk bestemmelse av tilstedeværelse og mengde av et bestemt protein eller peptid i en kompleks blanding av proteiner. I kontrast er ikke-målrettet proteomikk den kvantitative og kvalitative studien av proteiner som er tilstede i en prøve eller prøver uten å målrette mot et bestemt protein. Målrettet proteomikk utføres med forhåndsvalgte eller målrettede proteiner mens umålrettet proteomikk utføres for å finne ut hvilke typer proteiner i denne prøven. Dessuten er målrettet proteomikk mer følsom enn ikke-målrettet proteomikk.
Sammendrag – Målrettet vs Umålrettet Proteomics
For å oppsummere er målrettet og ikke-målrettet proteomikk to typer proteinstudier. Som navnene deres antyder, er målrettet proteomikk rettet mot et spesifikt protein mens umålrettet proteomikk ikke retter seg mot et spesifikt protein. Dette er forskjellen mellom målrettet og ikke-målrettet proteomikk.
