Nøkkelforskjellen mellom hierarkisk og helgenom haglesekvensering er at i hierarkisk haglesekvensering brytes genomet i større fragmenter før sekvensering, mens hele genomet i haglesekvensering av hele genomet brytes opp i små fragmenter for sekvensering.
Sekvensering er en viktig teknikk i molekylære prosesser, spesielt ved nøyaktig identifikasjon av arter. Faktisk er det teknikken for å identifisere den nøyaktige rekkefølgen av nukleotider i et gen eller et genom. Det er mange teknikker for sekvensering. Noen av disse inkluderer Maxam Gilbert-metoden, Sanger-metoden og den automatiserte Sanger-metoden.
Hva er hierarkisk haglesekvensering?
Hierarkisk haglesekvensering er en metode for sekvensering. Det kalles også 'top-down sekvensering'. Videre består denne metoden av to trinn: det første trinnet er genomamplifisering, og det andre trinnet er genomfragmentering. I denne metoden skjæres genomet i store fragmenter først. Det etterfølges av kloning av disse store fragmentene inn i forskjellige verter ved bruk av vektorer eller kunstige kromosomer. Deretter blir disse rekombinante vektorene ordnet i et bibliotek. Under haglesekvenseringen gjennomgår de rekombinante vektorklonene sekvensering individuelt. Fragmentene i klonene gjennomgår restriksjonsfordøyelse for ytterligere å redusere størrelsen på genomet, og gjennomgår derved sekvensering.
Figur 01: Hierarkisk haglesekvens
Under hierarkisk haglesekvensering må de store bitene av fragmenter ordnes i rekkefølge før haglesekvenseringen. Det skjer ved hjelp av de molekylære markørene som er inkorporert under kloningsprosessen.
Hierarkisk haglesekvensering skaper et genkart med lav oppløsning. Men det skaper et ordnet sekvenskart. Dermed tar det lengre varighet enn direkte sekvensering. Hele prosessen forsinkes på grunn av opprettelsen av et rekombinant vektorbibliotek. Er det også en arbeidskrevende teknikk. Imidlertid er teknikken for øyeblikket automatisert for å lette arbeidet.
Hva er Whole Genome Shotgun Sequencing?
Hele genomet haglesekvensering er en enkelttrinns sekvenseringsprosess. I denne prosessen foregår hele genomskjæringen først. Etter dette gjennomgår hvert av disse små fragmentene sekvensering tilfeldig. Etter fullføring av sekvenseringen finner sekvensanalysen sted. Under sekvensanalyse fjernes de overlappende sekvensene, og analysen er ikke en ordnet prosess. Derfor er sammenstilling av sekvenser en mindre effektiv prosess sammenlignet med hierarkisk haglesekvensering. Imidlertid er prosessen med haglesekvensering av hele genomet raskere, og analysen av hele genomet kan foregå på en enkelt instans.
Hva er likhetene mellom hierarkisk og hele genom-haglgeværsekvensering?
- Hierarkisk og helgenom haglesekvensering er to sekvenseringsmetoder.
- Begge gjennomgår Sanger-sekvensering eller automatiserte Sanger-sekvenseringsmetoder.
- De er involvert i sekvensering av DNA- og RNA-fragmenter.
- I tillegg er begge metodene viktige i molekylær diagnostikk og forskningsformål.
- For tiden er begge teknikkene automatiserte eller datamaskinbaserte.
- Begge teknikkene er avhengige av fragmentering av genomet.
Hva er forskjellen mellom hierarkisk og hele genom-haglgeværsekvensering?
Hierarkisk haglesekvensering genererer fragmenter i større størrelse sammenlignet med haglesekvenser med hele genomet, som fungerer med små fragmenter av sekvenser. Så dette er nøkkelforskjellen mellom hierarkisk og helgenom haglesekvensering. Dessuten består den hierarkiske haglesekvenseringen av to hovedtrinn, mens haglesekvenseringen av hele genomet er avhengig av ett hovedtrinn.
I tillegg er en annen forskjell mellom hierarkisk og helgenom haglesekvensering at oppløsningen er høyere i helgenom haglesekvensering sammenlignet med hierarkisk haglesekvensering.
Infografikken nedenfor oppsummerer forskjellen mellom hierarkisk og helgenom haglesekvensering.
Summary – Hierarkisk vs Whole Genome Shotgun Sequencing
Hierarkisk og helgenom haglesekvensering er to teknikker for å sekvensere store genomer. Den hierarkiske haglesekvensen er en to-trinns prosess med sekvensering der genomet brytes opp i større fragmenter. I motsetning til dette er haglesekvenseringen av hele genomet en enkelttrinnssekvensering der genomet brytes opp i små fragmenter og sekvenseres direkte. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom hierarkisk og helgenom haglesekvensering. Dessuten kan de tekniske aspektene variere mellom de to teknikkene.
