Nøkkelforskjellen mellom CRISPR og CRISPR Cas9 er at CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) er en naturlig forekommende prokaryot immunforsvarsmekanisme mens CRISPR cas9 er en RNA-veiledet Cas9 nuklease som er en del av CRISPR adaptive immunsystem.
CRISPR er et antivir alt forsvarsimmunsystem som finnes i bakterier og arkea. Det er en familie av DNA-sekvenser som finnes i bakteriegenomet. Den består av spacer-sekvenser som er avledet fra DNA-fragmenter av bakteriofager som tidligere hadde infisert dem. Ved påfølgende virusinfeksjoner bruker bakterier disse sekvensene til å ødelegge vir alt DNA. CRISPR-sekvenser har korte palindromiske repetisjoner og spacer-sekvenser. Dessuten har CRISPR gjentatte spacer-sekvenser ofte assosierte gener som koder for Cas-proteiner. Cas9 er en RNA-styrt endonuklease. Sammen med CRISPR-sekvenser fungerer Cas9-protein som et adaptivt immunsystem i bakterier mot bakteriofager.
Hva er CRISPR?
CRISPR står for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats. Det er en klynge av DNA-sekvenser som finnes i bakteriegenomet. Det fungerer som en naturlig forsvarsmekanisme i bakterier, og det ble først identifisert i E. coli. Hos bakterier fungerer det som adaptiv immunbeskyttelse, spesielt mot bakteriofager. Derfor er det en sekvensspesifikk mekanisme.
Figur 01: CRISPR
CRISPR-systemet inneholder flere kortsegmenterte DNA-repetisjonssekvenser. Disse repetisjonene er palindromiske, og har samme basesekvens ved lesing fra 5' til 3' mens den andre gir samme sekvens ved lesing fra 3' til 5'. Dessuten er gjentakelser identiske. De er plassert mellom korte "spacer" DNA-sekvenser som ikke er identiske. Men disse spacer-DNA-sekvensene er like eller samsvarer med fremmed bakteriofag-DNA. Gener assosiert med CRISPR er kjent som CRISPR-assosierte gener eller Cas-gener. Cas-gener koder for Cas-proteiner som er helikaser eller nukleaser. Helikaser avvikler DNA mens nukleaser kutter DNA. Generelt sett, når man vurderer CRISPR, er det et immunsystem av bakterier som virker mot bakteriofager (bakterier som infiserer virus).
Hva er CRISPR Cas9?
Cas9 eller CRISPR assosiert protein 9 er en bakteriell RNA-veiledet endonuklease. Derfor er det et enzym som gjenkjenner og kutter mål-DNA (spesielt bakteriofag-DNA) komplementært til guide-RNA. Den utfører strengspesifikk sp alting. Cas9-protein er kodet av et CRISPR-assosiert gen. CRISPR cas9 er det RNA-guidede CRISPR-Cas9 nukleasesystemet som kan brukes som en RNA-programmerbar DNA-målrettings- og redigeringsplattform for genomredigering, transkripsjonsforstyrrelser, epigenetisk modulering og genomavbildning. Dette CRISPR cas9-systemet er veldig populært i nåværende genomredigeringssystemer.
Figur 02: CRISPR Cas9
For tiden brukes CRISPR/Cas9-systemet til å endre eller modifisere pattedyrgenomet ved enten transkripsjonsundertrykkelse eller aktivering. Pattedyrcellene kan reagere på CRISPR/Cas9-medierte DNA-brudd ved å ta i bruk en reparasjonsmekanisme. Det kan enten gjøres ved hjelp av ikke-homolog endesammenføyningsmetode (NHEJ) eller homologi-rettet reparasjon (HDR). Begge disse reparasjonsmekanismene finner sted ved å introdusere dobbelttrådede brudd. Dette resulterer i pattedyrgenredigering. NHEJ kan føre til ablasjon av genmutasjoner og kan brukes til å skape tap av funksjonseffekter. HDR kan brukes for å introdusere spesifikke punktmutasjoner eller introdusere DNA-segmenter av varierende lengde. For tiden brukes CRISPR/Cas-systemet innen terapeutiske, biomedisinske, landbruks- og forskningsapplikasjoner.
Hva er likhetene mellom CRISPR og CRISPR Cas9?
- Cas9 er en del av CRISPR Cas-systemet.
- Crisper cas9-systemet er et immunsystem som naturlig finnes i bakterier.
Hva er forskjellen mellom CRISPR og CRISPR Cas9?
CRISPR er en klynge av DNA-sekvenser som finnes i bakteriegenomet som fungerer som et naturlig forsvarssystem mot bakteriofager. Den består av korte palindromiske repetisjoner med jevne mellomrom, spacere og assosierte gener. I kontrast er cas9 et CRISPR-assosiert protein 9, som er et RNA-styrt endonukleaseenzym. Den gjenkjenner og sp alter DNA-dobbeltstrenger av virus. Faktisk er det en del av CRISPR-forsvarssystemet. Så dette er hovedforskjellen mellom CRISPR og CRISPR cas9.
Sammendrag – CRISPR vs CRISPR Cas9
CRISPR Cas-systemet er et mikrobielt forsvarssystem. CRISPR er en klynge av DNA-sekvenser som består av palindromiske korte repetisjoner, spacer-sekvenser og assosierte gener. Cas9 er ett Cas-protein som er en RNA-styrt endonuklease. CRISPR og Cas9 protein lager et immunsystem som jobber mot bakteriofaginfeksjoner hos bakterier. Cas9-protein er i stand til å sp alte fremmed vir alt DNA og forstyrre dem. CrRNA veileder cas9 til å gjenkjenne vir alt DNA. Derfor er CRISPR cas9 system et naturlig immunsystem som finnes i bakterier mot virus. Dermed er dette oppsummeringen av forskjellen mellom CRISPR og CRISPR cas9.
