Nøkkelforskjellen mellom NGS og WGS er at neste generasjons sekvensering (NGS) er en massivt parallell andregenerasjons sekvenseringsteknologi som er høy gjennomstrømming, lav kostnad og rask, mens helgenomsekvensering (WGS) er en omfattende metode for å analysere hele det genomiske DNAet til en celle på én gang ved å bruke sekvenseringsteknikker som Sanger-sekvensering, hagle-tilnærming eller NGS-sekvensering med høy gjennomstrømning.
I de siste tiårene har forståelsen av genomet til mennesker og andre dyr økt enormt på grunn av oppdagelsen av raske sekvenseringsteknikker og bioinformatikkverktøy. Konvensjonelle sekvenseringsteknikker som Sanger-sekvensering hadde sine begrensninger, som krevde utvikling av nye raske sekvenseringsmetoder som neste generasjons sekvensering (NGS) og nanopore-sekvensering. Helgenomsekvenseringsteknikken (WGS) er en nyere tilnærming som allerede er brukt i mange genomiske forskningsprosjekter, for eksempel 100 000 genomiske prosjekter av Genomic England, Storbritannia. Så, NGS og WGS er to sekvenseringsmetoder som for tiden er inkorporert i mange genomiske prosjekter.
Hva er NGS?
NGS (neste generasjons sekvensering) er en massivt parallell andregenerasjons sekvenseringsteknologi som er høy gjennomstrømming, lav kostnad og rask. Det er ingen presis definisjon for neste generasjons sekvensering. Men vi kan tydelig skille det fra konvensjonelle kapillærbaserte sekvenseringsteknikker. Neste generasjons sekvensering tillater sekvensering av et DNA-molekyl med en total størrelse større enn 1 million basepar i et enkelt eksperiment. Den tilbyr enestående hastighet og høye gjennomstrømnings alternativer, for eksempel å tillate sekvensering av DNA fra flere individer samtidig. Dette oppnås ved å miniatyrisere volumet av individuelle sekvenseringsreaksjoner. Dessuten begrenser dette også størrelsen på instrumentene og minimerer kostnadene for reagenser per reaksjon.
Figur 01: NGS-plattformer
NGS er en kortlest sekvenseringsmetode som allerede har revolusjonert det biologiske forskningsfeltet. Videre brukes NGS på forskjellige områder som de novo genomsekvensering, helgenomsekvensering, transkriptomanalyse, liten RNA- og mikro-RNA-sekvensering, målrettet resekvensering og heleksomsekvensering.
Hva er WGS?
WGS (helgenomsekvensering) er en omfattende metode for å analysere hele det genomiske DNA til en celle på en gang ved å bruke sekvenseringsteknikker som Sanger-sekvensering, hagle-tilnærming eller NGS-sekvensering med høy gjennomstrømning. Det er også kjent som full genomsekvensering eller komplett genomsekvensering. Helgenomsekvensering innebærer sekvensering av hele organismens kromosomale DNA så vel som DNA i mitokondrier, og for planter, DNA i kloroplasten på én gang. WGS gjør det mulig for forskere å lese den nøyaktige sekvensen til alle bokstavene som utgjør hele settet med DNA. WGS som bruker NGS-plattformen forventes å revolusjonere klinisk oppsett.
Figur 02: WGS vs Hierarchical Shotgun Sequencing
Hele-genomsekvensering ble introdusert for klinisk omsorg i 2014. Videre involverer anvendelsen av WGS gensekvensering på SNP-nivå for å finne funksjonelle varianter i assosiasjonsstudier, terapeutisk intervensjon i personlig tilpasset medisin, evolusjonsbiologi, komparativ genomisk analyse, mutasjons- og omorganiseringsstudier, assosiasjonsstudier av sjeldne varianter og prediksjon av sykdomsmottakelighet og medikamentrespons.
Hva er likhetene mellom NGS og WGS?
- NGS og WGS er to sekvenseringsteknikker.
- Begge teknikkene sekvenserer enten DNA eller RNA.
- Disse teknikkene er nye og pålitelige.
- De brukes begge til å diagnostisere sykdommer og oppdage narkotika.
Hva er forskjellen mellom NGS og WGS?
NGS er en massivt parallell andregenerasjons sekvenseringsteknologi som er høy gjennomstrømming, lav kostnad og rask, mens WGS er en omfattende metode for å analysere hele det genomiske DNAet til en celle på én gang ved å bruke sekvenseringsteknikker som f.eks. som Sanger-sekvensering, hagle-tilnærming eller NGS-sekvensering med høy gjennomstrømning. Så dette er nøkkelforskjellen mellom NGS og WGS. Videre består NGS kun av andregenerasjons sekvenseringsmetoder, mens WGS består av første, andre og tredje generasjons sekvenseringsmetoder.
Den følgende tabellen presenterer forskjellene mellom og NGS og WGS i tabellform for side ved side-sammenligning.
Sammendrag – NGS vs WGS
I de siste tiårene har forskjellige sekvenseringsteknikker rutinemessig blitt brukt i moderne molekylær forskning. Og selv de er veldig kraftige verktøy for mange kliniske applikasjoner. NGS og WGS er to sekvenseringsmetoder som for tiden inngår i mange genomiske prosjekter. NGS er en andregenerasjons sekvenseringsteknologi som er høy gjennomstrømming, lav kostnad og rask. På den annen side er WGS en metode for å analysere hele genomisk DNA eller full genomisk DNA til en celle på en enkelt gang ved å bruke sekvenseringsteknikker som Sanger-sekvensering, hagle-tilnærming eller NGS-sekvensering med høy gjennomstrømning. Så dette er sammendraget av forskjellen mellom NGS og WGS.
