Nøkkelforskjellen mellom FASTA og FASTQ er at FASTA er et tekstbasert format som bare lagrer nukleotid- eller proteinsekvenser, mens FASTQ er et tekstbasert format som lagrer både sekvens- og tilhørende sekvenskvalitetsverdier.
Bioinformatikk er et felt som bruker ulik programvare for å analysere og forstå biologiske data, spesielt når datasettet er komplekst og stort. Dette feltet kombinerer biologi, kjemi, fysikk, informatikk, informasjonsteknikk, matematikk og statistikk for å analysere og tolke biologiske data. FASTA og FASTQ er to sekvensrepresentasjonsformater innen bioinformatikk for å justere og analysere sekvenser. Faktisk er FASTQ et sekvensfilformat som utvider FASTA-formatet med muligheten til å lagre sekvenskvaliteten.
Hva er FASTA?
FASTA er en justeringsprogramvare for DNA og proteinsekvens. FASTA-programvaren bruker FASTA-format. Det er et tekstbasert format som representerer enten nukleotidsekvenser eller aminosyresekvenser (protein). Her representerer enkeltbokstavskoder begge disse sekvensene. FASTA er et viktig verktøy innen bioinformatikk og biokjemi. Dette formatet lar sekvensnavn og kommentarer komme foran sekvensene.
Figur 01: FASTA-sekvens
Dette formatet stammer fra FASTA-programvaren og ble introdusert av David J. Lipmann og William R. Pearson i 1985. FASTA-verktøyet hadde mange modifikasjoner over tid, og den siste versjonen består av programmer for protein:protein, DNA:DNA, protein:oversatt DNA (med rammeskift) og ordnede eller uordnede peptidsøk. FASTA leser en gitt nukleotid- eller aminosyresekvens og ser etter den tilsvarende sekvensdatabasen ved å bruke lokal sekvensjustering for å finne samsvar med lignende databasesekvenser.
Hva er FASTQ?
FASTQ er en justeringsprogramvare som brukes innen bioinformatikk, som lagrer både en biologisk sekvens (vanligvis nukleotidsekvens) og dens tilsvarende kvalitetspoeng. FASTQ ble opprinnelig utviklet for å samle en FASTA-formatert sekvens og tilhørende kvalitetsdata av Wellcome Trust Sanger Institute. Med utviklingen innen bioinformatikk ble FASTQ de facto standarden for lagring av utdata fra mange høykapasitets sekvenseringsinstrumenter.
FASTQ-formatet bruker fire forskjellige linjer per sekvens. Linje 1 begynner med @-tegn og etterfølges av en sekvensidentifikator (ligner på en FASTA-tittellinje). Linje 2 består av rå sekvensbokstaver. På linje 3 begynner sekvensen med et '+'-tegn og etterfølges eventuelt av samme sekvensidentifikator. Linje 4 koder kvalitetsverdiene for sekvensen i linje 2 og skal bestå av samme antall symboler som bokstaver i sekvensen.
Hva er likhetene mellom FASTA og FASTQ?
- FASTA og FASTQ er justeringsverktøy.
- De er to sekvensrepresentasjonsformater.
- Begge er relatert til feltet bioinformatikk.
- Både FAST og FASTQ er viktige verktøy for lagrings- og sekvenseringsformål.
- FASTQ er en utvidelse av FASTA-formatet med muligheten til å lagre sekvenskvaliteten.
Hva er forskjellen mellom FASTA og FASTQ?
FASTA er et tekstbasert format som kun lagrer nukleotid- eller proteinsekvenser, mens FASTQ er et tekstbasert format som lagrer både sekvens- og tilhørende sekvenskvalitetsverdier. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom FASTA og FASTQ. Dessuten lagrer FASTA sekvensfragmenter etter å ha blitt kartlagt, mens FASTQ lagrer sekvensfragmenter før kartlegging. Dessuten er en annen forskjell mellom FASTA og FASTQ at FASTA består av én beskrivelseslinje, og FASTAQ består av fire linjer.
Infografien nedenfor presenterer forskjellene mellom FASTA og FASTQ i tabellform for side-ved-side-sammenligning.
Sammendrag – FASTA vs FASTQ
Bioinformatikk bruker forskjellige formater av sekvenser som FASTA og FASTQ osv. FASTA lagrer sekvensfragmenter etter å ha blitt kartlagt mens FASTQ lagrer sekvensfragmentene før kartlegging. FASTA er en justeringsprogramvare for DNA og proteinsekvens. Den består av programmer for protein:protein, DNA:DNA, protein:oversatt DNA (med rammeskift), og ordnede eller uordnede peptidsøk. FASTQ er en justeringsprogramvare som brukes innen bioinformatikk og lagrer både en biologisk sekvens (vanligvis nukleotidsekvens) og dens tilsvarende kvalitetspoeng. FASTA består av én beskrivelseslinje, og FASTQ består av fire linjer. Så dette oppsummerer forskjellen mellom FASTA og FASTQ.
