Nøkkelforskjellen mellom BLAST og FastA er at BLAST er et grunnleggende innrettingsverktøy som er tilgjengelig på nettstedet National Center for Biotechnology Information, mens FastA er et likhetssøkeverktøy tilgjengelig på European Bioinformatics Institutes nettsted.
BLAST og FastA er to programvare som er mye i bruk for å sammenligne biologiske sekvenser av DNA, aminosyrer, proteiner og nukleotider fra forskjellige arter og se etter likhetene deres. Disse algoritmene ble skrevet med tanke på hastighet. For da forskere var i stand til å isolere DNA i laboratoriet på midten av 1980-tallet, vakte det et behov for å sammenligne og finne identiske gener for videre forskning i høy hastighet. Derfor ble disse to programvarene utviklet på en måte som gjør at brukeren kan gjøre et raskt søk av lignende sekvenser med søkesekvensene deres.
BLAST er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruker den lokaliserte tilnærmingen til å sammenligne de to sekvensene. FastA er en programvare som refererer til Fast A hvor A står for Alle. Her fungerer programvaren med alfabeter som Fast A for DNA-sekvensering og Fast P for protein. Både BLAST og FastA er veldig raske i å sammenligne enhver genomdatabase og er derfor svært levedyktige både økonomisk og tidsbesparende.
Hva er BLAST?
BLAST er en av de mest brukte bioinformatikkprogramvarene som ble utviklet i 1990. Siden den gang er den tilgjengelig for alle på NCBI-nettstedet. Videre kan enhver person få tilgang til denne programvaren og bruke den. Dessuten er BLAST en programvare som trenger inndata eller sekvenser i FastA-format. Men det gir utdata i ren tekst, HTML eller XML-format. BLAST jobber etter et prinsipp om å søke etter lokaliserte likheter mellom to sekvenser og kortliste de lignende sekvensene, og etter det søker den etter nabolagslikheter.
Figur 01: BLAST-resultater
Denne programvaren søker derfor etter et stort antall lignende lokale regioner og gir resultatet når en terskelverdi nås. Denne prosessen skiller seg imidlertid fra den tidligere programvaren, som søker i hele sekvensen først og deretter sammenligner, og tok derfor mye tid.
Bortsett fra likhetskontrollen ovenfor, har BLAST mange andre bruksområder, for eksempel DNA-kartlegging, sammenligning av to identiske gener i forskjellige arter, opprettelse av et fylogenetisk tre osv.
Hva er FastA?
FastA er en programvare for justering av proteinsekvenser. David J. Lipman og William R. Pearson beskrev denne programvaren i 1985. Selv om den første bruken av denne programvaren kun var å sammenligne proteinsekvensene, var den modifiserte versjonen av den i stand til å sammenligne DNA-sekvenser også. Her bruker denne programvaren prinsippet om å finne likheten mellom to sekvenser statistisk. Den matcher en sekvens av DNA eller protein med en annen sekvens ved hjelp av lokal sekvensjusteringsmetode.
Figur 02: FastA
Den søker imidlertid etter lokale regioner for likhet, men ikke det beste samsvaret mellom to sekvenser. Siden denne programvaren til tider sammenligner lokaliserte likheter, kan den også komme opp med uoverensstemmelser. I en sekvens tar FastA en liten del kjent som k-tupler, der tuplene kan være fra 1 til 6 og samsvarer med k-tuplene i den andre sekvensen. På slutten av matchingsprosessen, når den når en terskelverdi, produserer den resultatet.
Hva er likhetene mellom BLAST og FastA?
- BLAST og FastA er bioinformatikkverktøy som brukes til å sammenligne protein- og DNA-sekvenser for å finne likheter.
- I tillegg bruker begge programmene en scoringsstrategi for å gjøre sammenligninger mellom sekvensene.
- I tillegg gir begge verktøyene svært nøyaktige resultater.
Hva er forskjellen mellom BLAST og FastA?
BLAST er et verktøy for å sjekke likheten mellom biologiske sekvenser. På den annen side er FastA et annet program som letter likhetskontrollen av protein- og DNA-sekvenser. Sammenlignet med FastA er imidlertid BLAST-programvaren veldig populær siden den gir mer nøyaktige og raske resultater. Derfor er dette forskjellen mellom BLAST og FastA. Videre, i motsetning til FastA, kan BLAST-programmet modifiseres i henhold til brukerens behov. Derfor er dette enda en forskjell mellom BLAST og FastA.
Infografikken nedenfor om forskjellen mellom BLAST og FastA gir flere detaljer.
Sammendrag – BLAST vs FastA
BLAST og FastA er to programmer som lar brukeren sammenligne sin spørringssekvens med sekvensene i de eksisterende databasene og sjekke likhetene. Det opprinnelige formålet med FastA var å sammenligne bare proteinsekvenser. Men den modifiserte versjonen av denne programvaren letter både protein- og DNA-sekvenssammenlikninger. Selv om FastA er god programvare, bruker de fleste BLAST-justeringsverktøyet siden det er mer populært og gir mer nøyaktige og raske resultater enn FastA. Dessuten kan BLAST-verktøyet endres i henhold til brukerkravene. Kort fort alt oppsummerer dette forskjellen mellom BLAST og FastA.
