Key Difference – Genotyping vs Sequencing
Genotyping og sekvensering er to teknikker som utføres for å få informasjon om nukleinsyrene, hovedsakelig DNA til en organisme. Den viktigste forskjellen mellom genotyping og sekvensering er at genotyping er prosessen med å bestemme hvilken genetisk variant individet besitter ved å bruke markører mens sekvensering er bestemmelsen av riktig rekkefølge av nukleotidsekvensen innenfor det gitte fragmentet av DNA.
Hva er genotyping?
Genotyping er bestemmelse av den genetiske sammensetningen til et individ ved å bruke en sekvens av DNA og markører og sammenligning og identifikasjon av arven. Genotyping er viktig i evolusjonsbiologi, populasjonsbiologi, taksonomi, økologi og genetikk til organismene. Det kan utføres ved hjelp av forskjellige teknikker, inkludert DNA-sekvensering, polymerasekjedereaksjon, restriksjonsfragmentlengdepolymorfisme (RFLP), tilfeldig amplifisert polymorf deteksjon, amplifisert fragmentlengdepolymorfisme (AFLP), DNA-mikroarrayer, etc.
Genotyping innebærer sekvensering av spesielle små fragmenter av DNA-sekvenser og funn av slektskap av den genetiske sammensetningen med andre individer ved bruk av genetiske markører. Den bestemmer enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP) blant individene eller de spesifikke allelene. Genotyping er anvendelig for et bredt spekter av organismer inkludert mennesker. Den er også anvendelig for mikroorganismer som virus, sopp etc. og kan brukes til å bestemme deres genetiske varianter med referanseprofilene. I molekylær epidemiologi og rettsmedisinsk mikrobiologi gjøres kontroll av patogener, spesielt mikroorganismer, av informasjonen som er hentet fra genotyping. Genotyping er svært viktig i stamtavleanalyse. Mennesker er genotypet for å bekrefte mors- og farskap. Genotype vil avsløre de dominante og recessive allelene til gener som bestemmer spesifikke egenskaper.
Figure_1: RFLP-genotyping
Hva er sekvensering?
Sekvensering er prosessen med å bestemme riktig rekkefølge av nukleotidet i et gitt fragment av DNA eller RNA. Praktisk t alt all informasjon som kreves for vekst og utvikling av en organisme er kodet i genomet. Tilgjengeligheten av teknikker for å produsere og separere noen hundre nukleotider lange nukleinsyrefragmenter førte til utviklingen av prosedyrer for å bestemme den nøyaktige nukleotidsekvensen til et gitt fragment av DNA eller RNA. Ulike typer sekvenseringsmetoder er tilgjengelige i dag. Disse sekvenseringsmetodene, sammen med teknologiene for konstruksjon av genombiblioteker som representerer hele genomet til en organisme, letter sekvenseringen av hele genomet til den organismen, og gjør en dybdeanalyse av genstrukturer, genfunksjoner, genplasseringer, genuttrykk, genkartlegging, genregulerende regioner osv.
Det totale genomet til mange virus, flere bakterier, arkebakterier, gjær og flere andre organismer er sekvensert og kartlagt. Human genom-prosjektet har gjort det mulig å sekvensere og kartlegge hele det menneskelige genomet og publisere sitt første utkast i 2003. Det er en viktig milepæl i biologiens fremgang. Menneskelige genomsekvenser brukes nå i medisinsk sektor for å identifisere genetiske årsaker til sjeldne sykdommer, screene sykdomsrisiko hos nyfødte, identifisere genetiske detaljer om forskjellige kreftformer, utvikle nye terapeutiske midler og utvikle nye diagnostiske verktøy, etc.
I planteverdenen har risgenomet og Arabidopsis-genomene blitt sekvensert. Kunnskap om disse sekvensene vil utvilsomt revolusjonere vår forståelse av hvordan celler og organismer fungerer.
Figure_2: En autoradiograf av sanger-sekvensering
Hva er forskjellen mellom Genotyping og Sequencing?
Genotyping vs Sequencing |
|
| Genotyping er prosessen med å bestemme den genetiske sammensetningen til et individ og sjekke gruppen eller taksonomien til den organismen. | Sekvensering er prosessen med å bestemme den nøyaktige rekkefølgen av nukleotider til et gitt DNA- eller RNA-fragment. |
| Teknikker | |
| RFLP, gensekvensering, PCR, DNA-mikroarrayer, AFLP osv. | Sanger-sekvensering, Gilbert-sekvensering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekvensering osv. |
| Stor bekymringer | |
| Dette er mer bekymret for om genotypeforskjellene gir de faktiske fenotypeforskjellene. | Dette er mer bekymret for rekkefølgen av nukleotidene og deres forskjeller og endringer med andre organismer. |
Sammendrag – Genotyping vs Sequencing
Genotyping og sekvensering er nyttig for å studere den genetiske informasjonen til organismer. Genotyping er prosessen med å bestemme genotypevariasjoner mellom individer og finne deres kategorier. Sekvensering er prosessen med å bestemme riktig rekkefølge av nukleotidene i det interesserte fragmentet eller regionen av DNA. Begge teknikkene gir viktig informasjon om genene og genomene.
