Key Difference – Exome vs Transcriptome
Et gen inneholder kodende og ikke-kodende regioner i det. Kodesekvenser er kjent som eksoner, og ikke-kodende sekvenser er kjent som introner. Nukleotidsekvensen til eksonene til et gen representerer den genetiske koden til genet for å syntetisere det spesifikke proteinet. Derfor forblir eksoner i mRNA-molekylet. Den totale eksonregionen av genomet er kjent som eksom, og det er en viktig del av genomet. Den genetiske koden til genene omdannes til den genetiske koden til mRNA-molekylet, som er nødvendig for produksjon av protein. Hele mRNA-molekylene transkribert i en celle eller en cellepopulasjon om gangen er kjent som et transkriptom. Den viktigste forskjellen mellom eksom og transkriptom er at eksom representerer sekvensene til eksonregionene i genomet mens transkriptom representerer det totale mRNA til en celle eller et vev på et gitt tidspunkt.
Hva er Exome?
Genene er sammensatt av eksoner, introner og regulatoriske sekvenser. Eksoner er genregionene som blir transkribert til mRNA-sekvens under transkripsjonen. Introner og andre ikke-kodende områder fjernes under transkripsjonen. Nukleotidsekvensen til eksoner bestemmer den genetiske koden til genet som syntetiserer det spesifikke proteinet det koder. Bare eksoner forblir innenfor mRNA til et protein. Samlingen av eksoner i genomet er kjent som eksom av en organisme. Det representerer en del av genomet som uttrykkes i gener. Hos mennesker utgjør exome 1% fra genomet. Det er den proteinkodende delen av det menneskelige genomet.
Figur 01: Exome
Hva er Transcriptome?
Transkriptomet er samlingen av alle proteinkodende og ikke-kodende transkripsjoner (RNA) i et gitt vev. Transkriptom representerer samlingen av totale mRNA-molekyler uttrykt av genene i en celle eller et vev. Transkriptomet til en celle kan varieres med transkriptomet til en annen celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det endres med tiden som respons på både indre og ytre stimuli. Selv i samme vev eller innenfor samme celletype, kan transkriptomet endres etter noen minutter.
Transkriptom skiller seg fra eksom av en organisme. Transkriptom inkluderer bare de uttrykte eksomsekvensene. Selv om eksomet til en celle forblir det samme, er transkriptomet forskjellig mellom celler siden genuttrykk ikke er det samme for alle celler eller vev. Bare essensielle gener kommer til uttrykk i forskjellige celler og vev. Genuttrykk er en vevs- eller celletypespesifikk prosess. Det reguleres av ulike faktorer, inkludert miljøfaktorer. Derfor kan transkriptomet variere med ytre miljøforhold.
Transkriptom brukes som en forløper for proteomikkstudier. Alle proteiner er avledet fra mRNA-sekvenser. Translasjonsmodifikasjoner kan resultere i endringene i proteiner. Transkriptom gir imidlertid viktig grunnleggende informasjon for de proteomiske studiene.
Figur 02: Transkriptom av embryonale stamceller
Hva er forskjellen mellom Exome og Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome er samlingen av proteinkodende regionen til genene. | Transcriptome er samlingen av alt transkribert RNA inkludert mRNA. |
| Sample | |
| Exome er studert med DNA-prøve. | Transkriptom er studert ved hjelp av en RNA-prøve. |
| Studiemetode | |
| Hele exome-sekvensering er metoden for å studere exome. | RNA-sekvensering er metoden for å studere transkriptom. |
Sammendrag – Exome vs Transcriptome
Eksoner er de kodende sekvensene til genene og bestemmer mRNA-sekvensene til proteinene. Samlingen av disse kodende sekvensene (eksoner) er kjent som eksom av en organisme. Gener blir transkribert til mRNA-molekyler før de lager proteiner. De totale mRNA-molekylene til en celle eller et vev til enhver tid er kjent som transkriptom. Transkriptom representerer genene som blir aktivt uttrykt i mRNA til enhver tid. Transkriptom er celle- og vevspesifikt og påvirker miljøforholdene. Dette er forskjellen mellom eksom og transkriptom.
