Nøkkelforskjell – Gelelektroforese vs SDS-side
Gelelektroforese er en teknikk som skiller makromolekyler i et elektrisk felt. Det er en vanlig metode innen molekylærbiologi å skille DNA, RNA og proteiner fra blandinger i henhold til deres molekylstørrelser. SDS-side er en type gelelektroforese som brukes til å skille proteiner fra en proteinblanding basert på deres størrelser. Gelelektroforese er et begrep som brukes for å referere til den normale teknikken som brukes for DNA-, RNA- og proteinseparasjon mens SDS Page er en type gelelektroforese. Dette er nøkkelforskjellen mellom gelelektroforese og SDS Page.
Hva er gelelektroforese?
Gelelektroforese er en vanlig teknikk som brukes i laboratorier for å skille ladede molekyler som DNA, RNA, proteiner osv. fra blandingene deres. En gel brukes i gelelektroforese. Den fungerer som en molekylsikt. Det er to typer geler som brukes i gelelektroforese, nemlig agarose og polyakrylamid. Valg av gel og gelpreparat er viktige faktorer å vurdere i gelelektroforeser siden porestørrelsen til gelen bør manipuleres nøye for en god separasjon av molekyler gjennom gelelektroforese. Gelelektroforese har et elektrisk felt koblet til to ender av gelen. Den ene enden av gelen viser en positiv ladning mens den andre enden er negativt ladet.
DNA og RNA er negativt ladede molekyler. Når de er lastet inn i gelen fra den negative enden av gelen og påført det elektriske feltet, migrerer de gjennom gelporene mot den positivt ladede enden av gelen. Migrasjonshastigheten avhenger av ladningen og størrelsen på molekylet. Mindre molekyler migrerer lett gjennom gelporene enn større molekyler. Derfor reiser mindre molekyler en lang avstand gjennom gelen og de større molekylene reiser en kort avstand. For å observere molekylenes vandring på gelen, brukes spesielle typer fargestoffer. Det elektriske feltet påføres i en viss tidsperiode og stoppes for å forhindre tap av molekyler og for å holde molekylene i deres bevegede posisjoner. Ulike bånd kan observeres i gelen. Disse båndene representerer molekyler av forskjellige størrelser. Derfor er gelelektroforese nyttig for å differensiere molekyler i henhold til deres størrelser.
Gelelektroforese er inkorporert i ulike teknikker som en preparativ teknikk innen molekylærbiologi som PCR, RFLP, kloning, DNA-sekvensering, southern blotting, genomkartlegging, etc.
Figur 01: Agarosegelelektroforese
Hva er SDS-side?
Natriumdodecylsulfat polyakrylamidgelelektroforese (SDS-side) er en type gelelektroforese som brukes til å skille proteiner. Når gelelektroforese brukes til å skille proteiner, er det nødvendig med spesielle behandlinger siden proteiner ikke er negativt ladet som DNA og RNA og ikke migrerer mot den positive enden eller den negative enden. Derfor blir proteiner denaturert og belagt med en negativ ladning før gelelektroforese. Det gjøres ved å bruke et vaskemiddel k alt natriumdodecylsulfat (SDS). Gelelektroforesen som bruker SDS og en polyakrylamidgel for støttemediet er kjent som SDS Page. Denne teknikken brukes ofte innen biokjemi, genetikk, rettsmedisin og molekylærbiologi.
Under SDS-siden blandes proteiner med SDS. SDS utfolder proteiner til en lineær form og belegger dem med en negativ ladning proporsjonal med deres molekylmasse. På grunn av den negative ladningen migrerer proteinmolekyler mot den positive ladningsenden av gelen og separeres i henhold til molekylmassene deres. I SDS Page brukes polyakrylamid som den faste bæreren for gelen. Selve separasjonen av proteinene avhenger hovedsakelig av gelens egenskaper. Derfor bør klargjøring av polyakrylamidgel gjøres nøye og riktige konsentrasjoner av polyakrylamid bør brukes. Polyakrylamidgeler viser høy oppløsning enn agarosegeler. Derfor regnes SDS-side som en høyoppløselig teknikk for proteinseparasjon.
SDS-side er en type denaturerende gelelektroforese. Det har en stor begrensning i proteinanalyse. Siden SDS denaturerer proteiner før separasjon, tillater det ikke påvisning av enzymatisk aktivitet, proteinbindingsinteraksjoner, proteinkofaktorer osv.
Figur 02: SDS-side
Hva er forskjellen mellom gelelektroforese og SDS-side?
Gel Electrophoresis vs SDS-side |
|
| Gelelektroforese er en metode utført for å separere makromolekyler ved hjelp av et elektrisk felt. | SDS-side er en høyoppløselig gelelektroforeseteknikk som brukes til å separere proteiner basert på massen deres. |
| Gel Run | |
| Den kan utføres horisont alt eller vertik alt. | SDS-siden kjører alltid vertik alt. |
| Basis for Separation | |
| Separasjon skjer i henhold til ladning og størrelse. | Proteinseparasjon skjer i henhold til massen og ladningen. |
| Oppløsning | |
| Agarosegelelektroforese har lav oppløsning og polyakrylamidgelelektroforese har høyere oppløsning | SDS-siden har en bedre oppløsning. |
| Denaturering | |
| Gelelektroforese inkluderer både denaturerende og ikke-denaturerende teknikker. | SDS-side denaturerer proteiner før separasjon. |
Sammendrag – Gelelektroforese vs SDS-side
Gelelektroforese er en vanlig teknikk som brukes for separasjon og analyse av DNA, RNA og proteiner basert på størrelse og ladning. Det er to hovedtyper av gelelektroforese, nemlig agarosegelelektroforese og polyakrylamidgelelektroforese. Agarosegeler brukes hovedsakelig for nukleinsyreseparasjon; når høyere oppløsning er nødvendig, brukes polyakrylamidgeler. SDS-side er en type gelelektroforese som vanligvis brukes til å skille komplekse blandinger av proteiner. Det betraktes som en høyoppløselig proteinseparasjonsteknikk. Dette er forskjellen mellom gelelektroforese og SDS-side.
