Nøkkelforskjell – VNTR vs STR
DNA-studier har enorm nytteverdi for å forstå og bestemme fylogenetiske forhold, diagnostisere genetiske sykdommer og kartlegge organismers genomer. Flere teknikker assosiert med DNA-analyse brukes for identifisering av et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pool av ukjent DNA. De er kjent som genetiske markører. Genetiske markører brukes i molekylærbiologi for å identifisere genetisk variasjon mellom individer og arter. Variable number tandem repeat (VNTR) og short tandem repeat (STR) er to typer genetiske markører som viser polymorfisme blant individer. Begge typene er ikke-kodende repeterende DNA som er tandem-repetisjoner. De er ordnet i en hode-til-hale-mote i kromosomer. VNTR er en del av genomet hvor kort nukleotidsekvens gjentas flere ganger. STR er en annen del av DNA i genomet som er organisert som repeterende enheter bestående av to til tretten nukleotider på hundre ganger. Hovedforskjellen mellom VNTR og STR er antall nukleotider i en repeterende sekvens. Repeterende enheter av VNTR består av 10 til 100 nukleotider, mens repeterende enheter av STR består av 2 til 13 nukleotider. VNTR og STR brukes mye i rettsmedisinske studier.
Hva er VNTR?
En tandem-repetisjon er en kort DNA-sekvens som gjentas fra hode til hale ved et spesifikt kromosom alt sted. Det er ingen annen sekvens eller nukleotid i tandem-repetisjonen. Det finnes flere typer tandem-repetisjoner i genomet. VNTR er en type tandem-repetisjon blant dem som har repeterende enheter bestående av 10 til 100 nukleotider. VNTR er en type minisatellitt. Disse tandem-repetisjonene kan finnes i mange kromosomer. De er ispedd det menneskelige genomet og befinner seg hovedsakelig i de subtelomere områdene av kromosomer.
VNTR-er viser tandem gjentatt polymorfisme blant individer. Lengden på VNTR på en bestemt plassering av kromosomet er svært variabel blant individer på grunn av variasjonen i antall repeterende enheter organisert i den DNA-seksjonen. Derfor kan VNTR brukes som et kraftig verktøy for identifisering av individer, og VNTR-analyse brukes på mange felt, inkludert genetikk, biologiforskning, rettsmedisin og DNA-fingeravtrykk. VNTR-er var de første genetiske markørene som ble brukt til å kvantifisere beinmargstransplantasjon. VNTR-er var også de første polymorfe markørene som ble brukt i DNA-profilering i rettsmedisin.
Figur 01: Variasjon av VNTR-er i seks individer
VNTR-analyse utføres via restriksjonsfragmentlengdepolymorfisme etterfulgt av sørlig hybridisering. Derfor trenger den en relativt stor DNA-prøve. Tolkning av VNTR-profil er også problematisk. På grunn av disse begrensningene har bruken av VNTR i rettsgenetikk blitt begrenset, og den er erstattet av STR-analyse.
Hva er STR?
STR er en svært repeterende DNA-seksjon som består av to til tretten repeterende nukleotidenheter organisert på en tandem måte. STR ligner på VNTR. Men det varierer fra VNTR fra antall nukleotider i en repeterende sekvens og antall repetisjoner. STR er en type mikrosatellitt.
STR-analyse involvert i måling av nøyaktig antall repeterende enheter. STR-er er svært varierende blant individer, lik VNT-er. STR-profiler varierer fra person til person. Derfor brukes STR-analyse i molekylærbiologi for å sammenligne spesifikke loki på DNA fra to eller flere prøver. Derfor anses STR-er som kraftige genetiske markører i molekylærbiologi. Det gir et utmerket verktøy for identifikasjon av individer på grunn av deres høye grad av polymorfisme og relativt korte lengde.
For tiden er STR-er det mest brukte verktøyet for analysert genetisk polymorfisme i rettsgenetikk. De fleste rettsmedisinske saksbehandlinger involverer STR polymorf analyse. STR loci er spredt over hele genomet. Det er tusenvis av STR-er lokalisert i kromosomer som kan brukes i rettsmedisinske analyser. STR-analyse involverer ikke restriksjonslengdepolymorfisme som VNTR-analyse. STR-analyse kutter ikke DNA med restriksjonsenzymer. Spesifikke prober brukes til å feste ønskede regioner på DNA og ved bruk av PCR-teknikk bestemmes lengdene av STR.
Figur 02: STR-variasjon mellom samples
Hva er likhetene mellom VNTR og STR?
- VNTR og STR er ikke-kodende DNA.
- Begge er tandem-repetisjoner.
- Begge viser polymorfi blant individer på grunn av forskjellen i lengden på DNA-seksjonen.
- Begge brukes som kraftige genetiske markører i DNA-fingeravtrykk og i rettsmedisinske studier.
Hva er forskjellen mellom VNTR og STR?
VNTR vs STR |
|
| VNTR er et ikke-kodende repeterende DNA som har en kort nukleotidsekvens som gjentas på en tandem måte. | STR er en svært repeterende DNA-seksjon som består av to til tretten repeterende nukleotidenheter organisert på en tandem måte. |
| Size | |
| VNTR-er er større enn STR-er. | STR er mindre enn VNTR. |
| Antall nukleotider i repeterende sekvens | |
| Den repeterende enheten til VNTR består av 10 til 100 nukleotider. | Den repeterende enheten til STR består av 2 til 13 nukleotider. |
Sammendrag – VNTR vs STR
VNTR og STR er to kraftige genetiske markører som brukes i molekylærbiologi, spesielt innen rettsgenetikk. VNTR er en type minisatellitt og STR er en mikrosatellitt. VNTR og STR er ikke-kodende, svært repeterende DNA. De er tandem-repetisjoner. Den generelle strukturen til VNTR og STR er den samme. Imidlertid er antall nukleotider i den repeterende sekvensen og lengden forskjellig. VNTR har repeterende sekvenser bestående av 10 til 100 nukleotider. STR har repeterende sekvenser bestående av 2 til 13 nukleotider. Dette er forskjellen mellom VNTR og STR.
Last ned PDF-versjon av VNTR vs STR
Du kan laste ned PDF-versjon av denne artikkelen og bruke den til offline-formål i henhold til sitatnotater. Last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom VNTR og STR.
