Nøkkelforskjellen mellom metagenomikk og metatranskriptomikk er avhengig av typen biomolekyler som er studert i hvert område. Metagenomics studerer DNA, dets sekvenser og dets oppførsel i organismer, mens metatranskriptomikk studerer det transkriberte DNA, hovedsakelig mRNA-sekvenser og dets oppførsel i organismer.
Metagenomics og metatranscriptomics er to felt som har vunnet mye popularitet gjennom årene i forhold til det mikrobielle samfunnet. De er viktige innen helsevesenet, industri og landbruksbioteknologi. Både metagenomikk og metatranskriptomikk tillater studiet av individuelle organismer i et samfunn og deres funksjonelle roller som enten er gunstige eller skadelige.
Hva er Metagenomics?
Metagenomics er studieretningen som utforsker deoksyribonukleinsyre (DNA). Det er mest relevant for det mikrobielle samfunnet. Det er også et mer avansert felt sammenlignet med genomikk. I genomikk foregår analyse av en bestemt organismes DNA. Imidlertid involverer metagenomikk analyse av genetisk materiale på tvers av et samfunn av organismer. Dette gjør det mulig å studere atferden til et samfunn av organismer knyttet til én tilstand eller ett miljø.
Figur 01: Metagenomics
Hovedteknikken involvert i metagenomikkstudier er Next Generation Sequencing (NGS) som bruker mikroarray-teknologien. NGS-metodene kan analysere flere organismer i en enkelt reaksjon for tilstedeværelse eller fravær av spesifikke DNA-sekvenser. Disse DNA-sekvensene kan være ansvarlige for en enkelt sykdomstilstand eller en miljøtilstand. Derfor, ved å bruke metagenomisk kunnskap, kan screening av organismer gjøres enkelt og nøyaktig. Sekvenseringen under NGS foregår i korte lesninger og profileringen av organismenes DNA finner sted. 16s DNA-sekvensen er en populær sekvens studert i metagenomikk angående mikroorganismer.
Etter sekvenseringen av fellesskapet av organismer, bør justeringen av sekvensene gjøres. Verktøy som Basic Local Alignment Sequence-verktøyet (BLAST) er i bruk for å oppfylle oppgaven med justering. Etter justeringen gir et fylogenetisk tre forholdet til hver organisme i samfunnet og detaljer om dens oppførsel.
Hva er Metatranscriptomics?
Metatranskriptomikk er studieretningen som omhandler transkriptomet til en organisme. Transkriptomet utgjør hele RNA-sekvensene som er transkribert under DNA-transkripsjon.mRNA-sekvensene som er tilstede i transkriptomet gir informasjon om det genetiske uttrykket. Metatranscriptomics er analysen av flere transkriptomer på tvers av populasjoner eller samfunn.
Figur 02: Transkriptomanalyse
Metatranscriptomics-studier bruker også mikroarray-teknologier for å finne sekvensene til de korte lesesekvensene. Dessuten innebærer metatranskriptomikk også en grundig bioinformatikkanalyse ved bruk av justeringsverktøy og tredesignmetoder. Imidlertid er feltet metatranskriptomikk mye vanskeligere sammenlignet med metagenomikk. Utvinningen av mRNA eller RNA som helhet er ikke så lett som det ser ut til å være. Siden RNA er svært utsatt for ødeleggelse og har svært kort levetid, kan vedlikehold og lagring av disse være et mulig spørsmål.
Hva er likhetene mellom metagenomikk og metatranskriptomikk?
- Metagenomics og metatranscriptomics er høykapasitetsteknikker for å analysere samfunn av organismer, hovedsakelig mikrobielle samfunn.
- Begge teknikkene bruker mikroarray-teknologi for å utlede funnene.
- De oppnådde resultatene blir ofte analysert ved hjelp av BLAST-justering og fylogenetiske trær.
- Dessuten fokuserer begge teknikkene ikke på én organisme, men en gruppe eller fellesskapsorganismer.
- Dessuten studeres begge konseptene også hovedsakelig i forhold til mikrober – hovedårsaken er deres forskjellige roller.
Hva er forskjellen mellom metagenomikk og metatranskriptomikk?
Metagenomics and Metatranscriptomics involverer analyse av genetisk materiale i et samfunn av organismer. Dermed angår metagenomikk mønstrene og sekvensene til DNA, mens metatranskriptomikk refererer til analysen av mRNA eller det transkriberte DNA. Så dette er nøkkelforskjellen mellom metagenomikk og metatranskriptomikk.
I tillegg er ekstraksjonsprosedyren forskjellig i begge teknikkene; metagenomikk involverer DNA-ekstraksjonsprosedyrer og metatranskriptomikk involverer RNA-ekstraksjonsprosedyrer. Derfor er dette også en betydelig forskjell mellom metagenomikk og metatranskriptomikk.
Infografien nedenfor oppsummerer forskjellen mellom metagenomics og metatranscriptomics:
Summary – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomikk og metatranskriptomikk er nye studieretninger som analyserer et samfunn av organismer for en bestemt tilstand. Dermed refererer metagenomikk til analyse av DNA-sekvenser. I motsetning refererer metatranskriptomikk til analyse av RNA-sekvenser eller transkriberte DNA-produkter. I denne forbindelse muliggjør metatranskriptomikk identifisering av genuttrykk for et bestemt tilfelle. Begge er viktige for å analysere mutasjoner og deres effekter. Dette er raske og mer pålitelige teknikker som brukes ved forhåndsdiagnose. Dermed er dette sammendraget av forskjellen mellom metagenomikk og metatranskriptomikk.
