Nøkkelforskjellen mellom QTL og GWAS er avhengig av typen sekvenser som brukes i analysen. QTL bruker koblingsgenloki for å analysere fenotypiske egenskaper assosiert med polygen arv mens GWAS bruker hele genomsekvenser for å analysere enkeltnukleotidpolymorfismer av en bestemt tilstand.
QTL-kart og GWAS spiller en viktig rolle i de genetiske analysene for ulike egenskaper. Videre er de viktige for å analysere ulike sykdomstilstander med ukjent etiologi. I tillegg spiller sekvensering en nøkkelrolle i begge teknikkene. Disse teknikkene kan videre kombineres med andre høykapasitetsteknikker for økt nøyaktighet og presisjon.
Hva er QTL?
QTL står for Quantitative Trait Locus. Det er en region av DNA assosiert med en fenotypisk egenskap. Generelt gir en QTL opphav til polygene effekter. Fordelingen av QTL-er varierer, og antall QTL-er antyder graden av variasjon av en bestemt fenotypisk egenskap. Videre koder de vanligvis for underliggende kontinuerlige egenskaper og ikke diskrete egenskaper.
Ved identifisering av QTL-regionene er det viktig å sekvensere et bestemt QTL-område. Dessuten, for å gjøre undersøkelser og forskning enkelt, skjer sekvensering og lagring av sekvensdataene til de vanlige QTL-regionene med involvering av bioinformatikk. Vi kaller denne teknikken QTL mapping. Deretter bygges det opp en database med QTL-regionsekvensene.
Figur 01: QTL-skanning
Videre er bruken av QTL-sekvenser hovedsakelig avhengig av BLAST-verktøyet, der sekvenslikheten kan bestemmes. Det er viktig for å utlede forhold mellom organismer. Videre er det viktig for å bestemme kompleksiteten til en bestemt polygen fenotype. Det bestemmer også utviklingen av en bestemt egenskap.
For tiden er QTL-analyse kombinert med andre høykapasitetsteknikker som DNA-mikromatriser. Dette er viktig i uttrykksanalysen av fenotypen. For tiden er forskere mye interessert i å utvikle QTL-databasen siden QTL-regioner er ansvarlige for mange viktige egenskaper hos forskjellige arter.
Hva er GWAS?
GWAS står for Genome Wide Association Study. Det refererer også til hele genom-assosiasjonsstudier. Disse studiene fokuserer hovedsakelig på observasjonsstudier. Den analyserer de genetiske variantene til forskjellige individer som vanligvis er assosiert med en bestemt egenskap. Dessuten er hele genomet viktig for GWAS-analyse.
Figur 02: GWAS
GWAS er et viktig verktøy i analysen av enkeltnukleotidpolymorfismer assosiert med ulike sykdomstilstander. Dette er også en sammenlignende studie av de forskjellige enkeltnukleotidpolymorfismer over en bred populasjon. I tillegg er studieutvalget av GWAS svært høyt; derfor har den også formatet til en tverrsnitts kohortstudie.
I tillegg fant den første GWAS-studien sted med hensyn til hjerteinfarkt og analyse av genene knyttet til hjerteinfarkt. For tiden spiller GWAS en viktig rolle i å bestemme den genetiske bakgrunnen til komplekse sykdommer med ukjent etiologi.
Hva er likhetene mellom QTL og GWAS?
- De er avhengige av DNA-sekvensdata for analysen.
- Begge er assosiert med den genetiske bakgrunnen til ulike karakterer.
- I tillegg krever de bioinformatikkverktøy for å utlede og tolke resultater.
- De er gjort på store populasjoner.
Hva er forskjellen mellom QTL og GWAS?
QTL analyserer de fenotypiske egenskapene assosiert med polygen arv ved å bruke koblede genloci mens GWAS analyserer enkeltnukleotidpolymorfismer av en bestemt tilstand ved å bruke hele genomsekvenser. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom QTL og GWAS. QTL-kartlegging er relativt sett en mindre kompleks teknikk enn GWAS siden den krever sekvensering av hele genomet.
Infografikken nedenfor oppsummerer forskjellen mellom QTL og GWAS i tabellform.
Sammendrag – QTL vs GWAS
QTL-kartlegging og GWAS spiller en stor rolle i å bestemme den genetiske bakgrunnen til ulike fenotypiske egenskaper. De hjelper også med å analysere den genetiske bakgrunnen til forskjellige sykdommer. QTL-kartlegging kartlegger koblingsgenene som er ansvarlige for kontinuerlige egenskaper, og involverer også kartlegging av de polygene arvegenene. GWAS, på den annen side, foregår med helgenomanalyse for enkeltnukleotidpolymorfismer. I tillegg skjer dette på tvers av en større befolkning. Dermed er dette sammendraget av forskjellen mellom QTL og GWAS.
