Nøkkelforskjellen mellom kandidatgenet og GWAS er at kandidatgentilnærmingen undersøker den genetiske variasjonen innenfor et lite antall forhåndsspesifiserte gener av interesse, mens GWAS undersøker hele genomet for en felles genetisk variasjon bak en bestemt sykdomstilstand.
Kandidatgentilnærming og genom-wide assosiasjonsstudier (GWAS) er to metoder som er viktige for å oppdage genetisk mottakelighet for sykdommer. Kandidatgentilnærming er basert på et forhåndsspesifisert lite antall gener mens GWAS er basert på testing av hele genomet. Derfor krever kandidatgentilnærming forkunnskaper om gener med relevans for sykdommen, i motsetning til GWAS.
Hva er kandidatgenet?
Kandidatgentilnærming er en av teknikkene som undersøker sammenhengen mellom genetisk variasjon innenfor forhåndsspesifiserte gener av interesse og fenotyper eller sykdomstilstander. I denne tilnærmingen er det nødvendig å ha forkunnskap om genets biologiske funksjonelle innvirkning på den aktuelle egenskapen eller sykdommen. Basert på denne kunnskapen blir et lite antall gener selektert og analysert for genetisk variasjon.
Figur 01: Candidate Gene Approach
Utvalg av genene gjøres basert på biologisk, fysiologisk og funksjonell relevans for den aktuelle sykdommen i denne tilnærmingen. Denne tilnærmingen er ofte utformet som en case-kontrollstudie.
Hva er GWAS?
GWAS står for Genome-Wide Association Study. Det refererer også til assosiasjonsstudier av hele genom. Disse studiene fokuserer hovedsakelig på observasjonsstudier. De analyserer de genetiske variantene til forskjellige individer som vanligvis er assosiert med en bestemt egenskap. Hele genomet er viktig for GWAS-analyse.
GWAS er et viktig verktøy i analysen av enkeltnukleotidpolymorfismer assosiert med ulike sykdomstilstander. Det er en sammenlignende studie av de forskjellige enkeltnukleotidpolymorfismer over en bred populasjon. Studieutvalget av GWAS er svært høyt; derfor har den også formatet til en tverrsnitts kohortstudie.
Figur 02: GWAS
Den første GWAS-studien fant sted med hensyn til hjerteinfarkt og analyse av genene knyttet til hjerteinfarkt. For tiden spiller GWAS en viktig rolle i å bestemme den genetiske bakgrunnen til komplekse sykdommer med ukjent etiologi.
Hva er likhetene mellom kandidatgenet og GWAS?
- Både kandidatgentilnærmingen og GWAS er teknikker som analyserer den genetiske assosiasjonen mellom genotype og fenotype av sykdommen.
- Begge tilnærminger bidrar til å forstå det genetiske grunnlaget for mottakelighet for sykdom.
Hva er forskjellen mellom kandidatgenet og GWAS?
Kandidatgentilnærming er basert på kandidatgenene eller forhåndsspesifiserte gener, mens GWAS er basert på hele genomet. Så dette er nøkkelforskjellen mellom kandidatgenet og GWAS. I kandidatgentilnærmingen er også valg av gener nødvendig mens det ikke er nødvendig i GWAS.
Kandidatgentilnærming krever dessuten forkunnskaper om genene som er relevante for sykdommen, mens det ikke er nødvendig for GWAS.
Infografikken nedenfor gir en mer detaljert sammenligning relatert til forskjellen mellom kandidatgenet og GWAS.
Sammendrag – kandidatgen vs GWAS
Kandidatgen og GWAS er to genassosiasjonsstudier. Kandidatgentilnærming fokuserer på den genetiske variasjonen assosiert med sykdommen innenfor et lite antall forhåndsspesifiserte gener. I kontrast undersøker GWAS den genetiske variasjonen assosiert med sykdommen innenfor hele genomet. Så dette er nøkkelforskjellen mellom kandidatgenet og GWAS. Begge metodene er viktige for å forstå det genetiske grunnlaget for mottakelighet for sykdom.
