Nøkkelforskjellen mellom contig og stillas er at en contig ikke har hull mens et stillas består av contigs og hull.
Genomsekvensering av flercellede organismer er svært vanskelig sammenlignet med sekvensering av encellede organismer. Helgenom haglesekvensering er en enkel og rask genomsekvenseringsteknikk for flercellede genomer. Det er en metode som sekvenserer mange overlappende DNA-fragmenter parallelt. I denne metoden settes små fragmenter sammen til større fragmenter og deretter til større contigs ved hjelp av en datamaskin. Deretter settes contigene sammen til stillaser og til slutt til et kromosom. Derfor er contig en kontinuerlig strekning av nukleotidsekvenser mens stillaset er en del av genomet som består av contigs og hull. Både contig og stillas er rekonstruerte genomiske sekvenser.
Hva er Contig?
Contig er en genomisk sekvens. Det er en kontinuerlig strekning av sekvenser sammensatt av A-, C-, G- og T-baser. Det dannes ved å sette sammen flere små overlappende biter av DNA til en lengre sekvens. Med enkle ord er contig en samling av et sett med sekvensfragmenter. Contig-oppretting involverer identifisering av overlappende sekvensfragmenter basert på lokal strengmatching og justeringsmetoder som identifiserer overlappende ender av sekvensene.
Contigs har ikke hull. Det er en del av et stillas. Contigs er lenket sammen når du lager et stillas. Det krever ytterligere informasjon om den relative posisjonen og orienteringen til contigs i genomet. Mellomrommene skiller kontiger i et stillas. I utgangspunktet er contig-montering et viktig skritt i helgenom haglesekvensering. Contigs settes til slutt sammen til en komplett genomisk sekvens. Contig-montering krever vanligvis forståelse av algoritmer i strengmatching og sekvensjustering.
Hva er et stillas?
Et stillas er en rekonstruert genomisk sekvens fra endesekvenserte helgenom haglekloner. Strukturelt består et stillas av contigs og gaps. Derfor skapes stillaser ved å lenke sammen og separere dem med hull. Oppretting av stillaser trenger informasjon om den relative posisjonen og orienteringen til contigs i genomet. Helgenom haglesamling tar sikte på å representere hver genomisk sekvens i ett stillas. Men, det er ikke helt mulig. Derfor kan ett kromosom representeres av flere stillaser. Noen ganger kan stillasene overlappe hverandre. Dessuten kan enkelte stillaser filtreres ut under monteringen.
Figur 02: Oversikt over hele-genom haglemontering
Lengden på et stillasgap viser ikke dens sanne lengde. Vanligvis er gap vilkårlig satt til visse faste lengder. Derfor skaper disse hullene og usikkerhetene i lengden problemer med å forstå de sanne romlige relasjonene til funksjonelle elementer i genomene og den faktiske omfanget av manglende informasjon. Noen ganger representerer hull manglende genomisk informasjon.
Hva er likhetene mellom Contig og stillas?
- Contig og stillas er genomiske sekvenser sammensatt av nukleotidsekvenser.
- Scaffolds er sammensatt av contigs og gaps.
Hva er forskjellen mellom Contig og stillas?
A contig er en kontinuerlig sekvens satt sammen fra et sett med sekvensfragmenter. I kontrast er et stillas en del av den genomiske sekvensen som er rekonstruert ved å lenke contigs sammen. Så dette er nøkkelforskjellen mellom contig og stillas. Dessuten har ikke contigs hull mens contigs i et stillas er atskilt med hull.
Infografikk nedenfor viser flere forskjeller mellom contig og stillas.
Sammendrag – Contig vs Scaffold
Både contig og stillas er rekonstruerte nukleotidsekvenser i helgenomsekvenseringsprosjekter. Contig er en kontinuerlig strekning av genomisk sekvens som inneholder A-, C-, G- og T-baser uten hull. Stillaset er en genomisk sekvens som består av contigs og gaps. Derfor er korteste monteringskomponenter contigs mens stillasene er sammenstillinger av contigs. Til slutt settes stillasene sammen til kromosomer i helgenomsekvensering. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom contig og stillas.
