Nøkkelforskjellen mellom agarose- og polyakrylamidgelelektroforese er at agarosegelelektroforese bruker horisont alt hellede agarosegeler for å skille relativt større fragmenter av DNA, mens polyakrylamidgelelektroforese bruker vertik alt hellede polyakrylamidgeler for å skille kortere nukleinsyrefragmenter.
Elektroforese er en type teknikk som bruker et elektrisk felt påført over en gelmatrise for å skille biomolekyler som DNA, RNA og proteiner. Denne separasjonen av biomolekyler som DNA, RNA og proteiner gjennom elektroforese er basert på ladning og størrelse. Prøver settes inn i brønnene til gelen. Senere påføres det elektriske feltet over gelen. Feltet får negativt ladede molekyler til å bevege seg mot den positive elektroden. Gelmatrisen fungerer som en molekylsikt der de minste molekylene passerer eller beveger seg raskt mens større molekyler beveger seg sakte. Dette muliggjør separasjon av molekyler basert på ladning og størrelse. Derfor er agarose- og polyakrylamidgelelektroforese to typer gelelektroforeseteknikker som hovedsakelig bidrar til å skille molekyler basert på størrelse og ladning.
Hva er agarosegelelektroforese?
Agarosegelelektroforese er en teknikk som bruker agarosegeler for å skille ut biomolekyler som DNA og RNA. Det er en teknikk som brukes til å skille nukleinsyrer primært etter størrelse. Hovedforbindelsen k alt agarose som brukes i denne teknikken er et polysakkarid. Det kommer fra tang. Agarose kan løses i kokende buffer og deretter helles i et brett som holdes horisont alt. I brettet blir det størknet når det avkjøles til en plate. Agarosegeler helles med en kam på plass for å lage brønner der nukleinsyrer som DNA eller RNA lastes inn når gelen har stivnet.
Figur 01: Agarose Gel Elektroforese
Gelen senkes senere i en passende buffer, og en strøm påføres over gelen. DNA har en jevn negativ ladning som er uavhengig av sekvenssammensetningen til molekylet. Derfor vil DNA-molekyler migrere fra katoden (-) mot anoden (+). Migrasjonshastigheten er direkte avhengig av størrelsen på molekylet. De største makromolekylene har vanskeligst med å navigere gjennom gelen. På den annen side slipper de mindre makromolekylene raskt og ganske enkelt gjennom gelen.
Hva er polyakrylamidgelelektroforese?
Polyakrylamidgelelektroforese (PAGE) er en teknikk som bruker polyakrylamidgeler for å skille ut biomolekyler. Det er en teknikk som er mye brukt for å skille biologiske makromolekyler, vanligvis proteiner og nukleinsyrer, i henhold til deres elektroforetiske mobilitet. Hydratiseringen av akrylnitril resulterer i dannelsen av akrylamidmolekyler av nitrilhydratase. Akrylamid er løselig i vann, og ved tilsetning av frie radikalinitiatorer polymeriserer akrylamid, noe som resulterer i dannelsen av polyakrylamidgel. Norm alt resulterer økte konsentrasjoner av akrylamid i redusert porestørrelse i gelen. Polyakrylamidgeler helles vertik alt, i motsetning til agarosegeler.
Figur 02: Polyakrylamidgelelektroforese
I polyakrylamidgelelektroforese kan molekylene løpe i sin opprinnelige tilstand, og bevare den høyere ordens strukturen til molekyler. Denne metoden kalles native PAGE. Alternativt kan et kjemisk denatureringsmiddel også tilsettes for å fjerne strukturen av høyere orden og gjøre molekylet til et ustrukturert molekyl hvis mobilitet bare avhenger av lengden. Denne typen kalles SDS-PAGE.
Hva er likhetene mellom agarose og polyakrylamidgelelektroforese?
- Agarose- og polyakrylamidgelelektroforese er to typer gelelektroforeseteknikker.
- Faktisk er de molekylærbiologiske teknikker.
- Begge teknikkene brukes til å oppdage biologiske makromolekyler som DNA og proteiner.
- Disse teknikkene er utført av dyktige teknikere eller forskere.
- I begge teknikkene er separasjonen av makromolekyler basert på ladningen og størrelsen.
- Begge teknikkene tillater separasjon av nukleinsyrer som DNA og RNA.
Hva er forskjellen mellom agarose og polyakrylamidgelelektroforese?
Agarosegelelektroforese er en teknikk som bruker horisont alt hellede agarosegeler for å skille ut biomolekyler, mens polyakrylamidgelelektroforese er en teknikk som bruker vertik alt hellede polyakrylamidgeler for å skille ut biomolekyler. Dette er nøkkelforskjellen mellom agarose- og polyakrylamidgelelektroforese. Videre brukes agarosegelelektroforese for separering av DNA og RNA, mens polyakrylamidgelelektroforese brukes til separering av nukleinsyrer som DNA, RNA eller proteiner.
Den følgende tabellen oppsummerer forskjellen mellom agarose- og polyakrylamidgelelektroforese.
Sammendrag – agarose vs polyakrylamidgelelektroforese
Agarose- og polyakrylamidgelelektroforese er to typer gelelektroforeseteknikker som brukes i molekylærbiologiske laboratorier. Agarosegelelektroforese bruker en agarosegel for å skille ut biomolekyler. Agarose er generelt ikke giftig for mennesker, mens polyakrylamid er giftig for mennesker. Dessuten viser agarosegelelektroforese en lav oppløsning mens polyakrylamidgelelektroforese viser en mer oppløsning. Polyakrylamidgelelektroforese bruker en polyakrylamidgel for å skille ut biomolekyler. Dette oppsummerer forskjellen mellom agarose og polyakrylamidgelelektroforese
