Forskjellen mellom benzonase og DNase

2024 Forfatter: Alex Aldridge | [email protected]. Sist endret: 2023-12-17 13:46

Nøkkelforskjell – Benzonase vs DNase

Nedbrytning av nukleinsyrer er viktig for mange molekylærbiologiske teknikker. Det er mye brukt i rekombinant DNA-teknologi for å kvitte seg med uønskede fragmenter av DNA og RNA. Nukleinsyrenedbrytende enzymer omtales som nukleaser, og de kan være av forskjellige typer basert på den nødvendige funksjonen. Nukleaser som bryter ned DNA er kjent som DNaser, mens de som bryter ned RNA er kjente RNaser. Disse enzymene brukes mest i in vitro-eksperimenter hvor det utføres in vitro molekylære tester for å isolere rent DNA, RNA eller proteiner. Benzonaser er en type nukleaser som bryter ned både DNA og RNA, mens DNaser bare bryter ned DNA. Dette er hovedforskjellen mellom Benzonase og DNase.

Hva er Benzonase?

Benzonase er en genmanipulert endonuklease fra Serratia marcescens. Dette enzymet produseres i E. coli-verter i industriell skala. Benzonase er i stand til å sp alte dobbelttrådet DNA, lineært DNA, sirkulært DNA og enkelttrådet RNA. Benzonase er derfor kommersielt viktig. Benzonase-enzym er en proteindimer som har 245 identiske aminosyrer, ~30 kDa underenheter med to essensielle disulfidbindinger. Benzonase sp alter nukleinsyrer i 5'-enden og resulterer i fragmenter med frie 5'-ender. Benzonase kan sp alte nukleinsyrer i alle sekvenser, men foretrekker GC-rike regioner.

Benzonase er lagret ved -20 ^{0C. Den optimale pH for enzymaktivitet er funnet å være 8,0 – 9,2. Anvendelsene av Benzonase inkluderer prøvepreparering for protein 2D gelelektroforese der Benzonase fjerner bundne nukleinsyrer og fjerning av nukleinsyreforurensninger fra rekombinante proteinpreparater. Det brukes også til å redusere viskositeten til proteinekstrakter og forhindre at celler klumper seg i en celleblanding.}

Hva er DNase?

DNase er et nuklease, hydrolytisk enzym som bare er i stand til å sp alte dobbelttrådet DNA. Det er to hovedtyper av DNaser: DNase I og DNase II. DNase I deltar i å sp alte dobbelttrådet DNA for å produsere polynukleotider med 5' frie ender. DNase II er involvert i å sp alte dobbelttrådet DNA for å produsere polynukleotidtråder med 3' frie ender eller overheng.

DNase I

DNase I fungerer ved en optimal pH mellom 7,0 – 8,0. Enzymaktiviteten avhenger av mange ioniske kofaktorer som inkluderer Ca²⁺, Mg²⁺ eller Mn^{2+Aktiviteten til Mg}2+ ^{og Mn}2+ ^{bestemmer funksjonen til DNase I. I nærvær av Mg} 2+^{, DNase I sp alter hver tråd av dsDNA uavhengig. Dette skjer på en tilfeldig måte. I motsetning til dette, i nærvær av Mn}2+, ^{, sp alter enzymet begge DNA-trådene på omtrent samme sted. Denne sp altningen vil resultere i produksjon av to typer DNA-fragmenter; en type med stumpe ender og en annen type med ett eller to nukleotidoverheng.}

Figur 02: DNase

DNase II

DNase II fungerer ved en optimal pH på 4,5-5,0 og toverdige metallioner kreves for dens aktivitet, lik DNase I. Mekanismen til DNase II er kjent for å bestå av tre hovedtrinn.

1. Flere enkelttrådsbrudd induseres i DNA-ryggraden.
2. Syreløselige nukleotider og oligonukleotider produseres.
3. Ikke-lineært hyperkromatisk skift skjer i siste fase.

De viktigste hemmere av DNase-enzymet inkluderer metallkelatorer, overgangsmetaller og kjemikalier som natriumdodecylsulfat og β – merkaptoetanol.

De viktigste bruksområdene for DNase inkluderer fremstilling av DNA-frie RNA-ekstrakter og proteinekstrakter, og fjerning av mal-DNA under in vitro-transkripsjonsforsøk.

Hva er likhetene mellom benzonase og DNase?

• Begge er hydrolytiske enzymer.
• Begge er nukleaser.
• Begge deltar ved å sp alte fosfodiesterbindingene til nukleinsyrer.
• Begge krever en optimal pH og lagringstemperaturer for å opprettholde aktiviteten til enzymet.
• Hemmere av enzymer inkluderer chelateringsmidler, overgangsmetaller og vaskemiddelkjemikalier.
• Applikasjoner er hovedsakelig fokusert på å oppnå ekstrakter med høy renhet av DNA, RNA og proteiner.
• Begge enzymer kan produseres via genteknologi.

Hva er forskjellen mellom benzonase og DNase?

Benzonase vs DNase
Benzonase er et enzym som er i stand til å sp alte dobbelttrådet DNA, lineært DNA, sirkulært DNA og RNA.	DNase er et enzym som er i stand til å sp alte dobbelttrådet DNA.
Substrate for the Enzyme
Både DNA og RNA er substrater for benzonase.	DNA er substratet for DNase.
Structure
Optim alt pH-område for benzonase er 7,0 -8,0	Optimale pH-områder for DNase I er 7,0 – 8,0 og DNase II er 4,5 – 5,0.

Sammendrag – Benzonase vs DNase

Nukleaseenzymer er mye brukt i forskjellige eksperimentelle prosedyrer med hensyn til molekylærbiologi og genteknologi. Benzonase og DNase er to typer nukleaser. Benzonase er involvert i å bryte ned både DNA og RNA, mens DNase er involvert i å sp alte dobbelttrådet DNA. Dette er den grunnleggende forskjellen mellom benzonase og DNase. For tiden produseres begge disse nukleasetypene gjennom rekombinant DNA-teknologi som gir enzymer av høyere kvalitet som er optimalisert for maksimal produksjon.

Last ned PDF-versjon av Benzonase vs DNase

Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til offline-formål i henhold til sitat. Last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom Benzonase og DNase