Nøkkelforskjellen mellom tilfeldige primere og oligo dT er at den tilfeldige primeren er en blanding av alle mulige heksamere oligonukleotidsekvenser, mens oligo dT-primeren består av en enkelttrådet strekning på 12–18 deoksytymidiner.
Revers transkripsjon er en mekanisme der cDNA kan syntetiseres ved å bruke mRNA eller en hvilken som helst art av RNA. For å produsere cDNA, bør revers transkriptase-enzym og andre nødvendige komponenter leveres, spesielt template og primere. Primere er de korte DNA-sekvensene som er spesifikt designet for amplifisering av målsekvensene. Tilfeldige primere og oligo dT-primere er to vanlige typer primere som brukes i revers transkripsjon. Derfor er tilfeldig primer eller oligo dT-primer korte DNA-oligonukleotidsekvenser som kreves for at revers transkriptase skal starte revers transkripsjon. Avhengig av RNA-malen kan den passende primeren velges blant disse to primertypene.
Hva er tilfeldige primere?
Tilfeldig primer er en blanding av oligonukleotider som representerer alle mulige heksamersekvenser. Primersekvens for tilfeldig primer er 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Derfor kan tilfeldige primere brukes til amplifikasjon av enkelttrådet DNA eller RNA ved hjelp av DNA-polymerase eller revers transkriptase, hhv. Dessuten er tilfeldig primerblanding i stand til å amplifisere alle regioner av RNA for å generere cDNA. Dermed produserer den forskjellige lengder av cDNA.
Figur 01: Tilfeldige primere
Det viktigste er at den tilfeldige primerblandingen ikke viser malspesifisitet. Den er ikke i stand til å skille mRNA og andre RNA-arter. Og den annealser med alle arter av RNA i prøven. Tilfeldig primerblanding er imidlertid egnet for revers transkripsjon av RNA uten poly(A)-haler, slik som rRNA, tRNA, ikke-kodende RNA, små RNA, prokaryot mRNA etc., nedbrutt RNA og RNA med kjente sekundære strukturer.
Hva er Oligo dT?
Oligo dT primer er en strekning på 12 – 18 deoxythymin (dT). Primersekvensen kan representeres som 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Det brukes til produksjon av cDNA fra mRNA som inneholder poly(A) hale. I utgangspunktet fungerer det som en primer for reaksjonen katalysert av revers transkriptase. Under omvendt transkripsjon annealer oligo dT-primer med den polyadenylerte halen som finnes på 3´-enden av de fleste eukaryote mRNA-er og starter prosessen.
Figur 02: Omvendt transkripsjon med Oligo dT Primer
I motsetning til tilfeldig primer, er ikke oligo dT-primer egnet for nedbrutt RNA eller RNA som mangler poly(A)-haler, inkludert prokaryotisk RNA og mikroRNA.
Hva er likhetene mellom tilfeldige primere og Oligo dT?
- Tilfeldig primer og oligo dT-primer er to typer primere som brukes i revers transkripsjon og til å lage cDNA.
- Bruk av den tilfeldige primeren og oligo dT-primeren sammen øker følsomheten til cDNA-syntese.
- De er enkelttrådede korte nukleotidsekvenser.
Hva er forskjellen mellom tilfeldige primere og Oligo dT?
Tilfeldig primer er en kort oligonukleotidsekvens sammensatt av en tilfeldig sekvens. I mellomtiden er oligo dT-primer en kort tråd sammensatt av 12 til 18 deoksytymidiner. Så dette er nøkkelforskjellen mellom tilfeldige primere og oligo dT. Sekvensen til tilfeldig primer er 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Mens sekvensen til oligo dT primer er 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Derfor kan vi betrakte dette som en annen forskjell mellom tilfeldige primere og oligo dT.
Dessuten viser ikke tilfeldige primere malspesifisitet, og de annealerer med hvilken som helst art av RNA, mens oligo dT-primere viser spesifisitet for poly(A)-haler av eukaryotisk mRNA.
Infografikken nedenfor oppsummerer forskjellen mellom tilfeldige primere og oligo dT.
Summary – Random Primers vs Oligo dT
Tilfeldig primer og oligo dT-primer er to typer primere som brukes i cDNA-syntese. Tilfeldig primer består av en blanding av oligonukleotider, som representerer alle mulige heksamersekvenser, mens oligo dT-primer er en enkelttrådet sekvens av 12 til 18 deoksytymidiner. Så dette er nøkkelforskjellen mellom tilfeldige primere og oligo dT. Dessuten er oligo dT-primere nyttige for full-lengde revers transkripsjon av RNA med poly(A)-hale, mens tilfeldige primere er nyttige for revers transkripsjon av de fleste RNA-arter, inkludert nedbrutt RNA, RNA som mangler poly(A)-haler og RNA-inneholdende sekundære strukturer. Derfor viser den tilfeldige primeren ikke malspesifisitet mens oligo dT-primeren viser spesifisitet mot eukaryotisk mRNA som inneholder poly(A) hale.
