Nøkkelforskjellen mellom dNTP og ddNTP er at dNTP eller deoksyribonukleotider er byggesteinene i DNA og har en 3ʹ-OH-gruppe på pentosesukkerstrukturen, mens ddNTP eller dideoksynukleosidtrifosfater er nukleotider som mangler 3ʹ-OH-gruppe og de brukes i Sanger dideoxy DNA-sekvenseringsteknikk for å produsere forskjellige DNA-sekvenser.
dNTP og ddNTP er nukleotider. dNTP refererer til deoksyribosenukleotider. De er byggesteinene i DNA. dNTP-er brukes til å syntetisere DNA. dNTP, på den annen side, refererer til dideoksynukleosidtrifosfater. De brukes i Sanger-sekvensering for å avslutte DNA-syntese i forskjellige lengder. De mangler OH-gruppe i 3'-posisjon. Et hydrogen er tilstede i posisjon 3' i stedet for OH-gruppen. Derfor er ddNTP-er ikke i stand til å danne en fosfodiesterbinding med neste nukleotid. dNTP er i stand til å utføre syntesen av DNA, mens ddNTP er i stand til å terminere polymerisasjonen av DNA.
Hva er dNTP?
dNTP står for deoksyribosenukleotid eller deoksyribonukleotid. Det er byggesteinen til DNA. Det finnes fire typer dNTP-er. De er dATP, dTTP, dCTP og dGTP. De er navngitt i henhold til purin- eller pyrimidin-nitrogenbasene: Adenin (A), Guanin (G), Thymin (T) og Cytosin (C).
Figur 01: dNTP
Adenin og guanin er purinbaser mens tymin og cytosin er pyrimidinbaser. Pentosesukkeret til dNTP er deoksyribose. Det er også en fosfatgruppe. Derfor er dNTP sammensatt av tre komponenter: en nitrogenholdig base, deoksyribosesukker og en fosfatgruppe. Disse dNTP-ene kombineres med hverandre via fosfodiesterbindinger. I dNTP-er er det en OH-gruppe festet til posisjon 3' av pentosesukker som er nødvendig for å danne en kobling med fosfatgruppen festet til 5'-karbonet i sukkeret til neste nukleotid. Siden alle dNTP-er har denne 3ʹ -OH-gruppen, er de i stand til å syntetisere og forlenge DNA-tråder. Derfor fungerer dNTP som den grunnleggende repeterende enheten av DNA og kjemiske stoffer i gener. Syntesen av DNA fortsetter alltid fra 5ʹ til 3ʹ.
Hva er DdNTP?
Sanger-sekvensering er en førstegenerasjons DNA-sekvenseringsmetode utviklet av Frederick Sanger og hans høyskoler i 1977. Den er også kjent som Chain Termination Sequencing eller Dideoxy-sekvensering siden det grunnleggende prinsippet for denne metoden er kjedeterminering ved bruk av dideoksynukleosidtrifosfater (ddNTP-er). ddNTP-er er nukleotider som brukes i Sanger-sekvensering. Sanger-sekvensering er basert på selektiv inkorporering av ddNTP-er og terminering av DNA-syntese under in vitro DNA-replikasjonen. Spesialiteten til ddNTP-ene er at de mangler 3ʹ-OH-gruppe på pentosesukkeret for å fortsette fosfodiesterbindingsdannelsen mellom fosfatgruppen på 5ʹ i tilstøtende nukleotid. Derfor, når en ddNTP er festet til den forlengende tråden, opphører kjedeforlengelsen og avsluttes fra det punktet. ddNTP-er fungerer som kjedeforlengende inhibitorer av DNA-polymerase under Sanger-sekvenseringsmetoden.
Figur 02: ddNTP
Det er fire ddNTP-er: ddATP, ddCTP, ddGTP og ddTTP brukt i Sanger-sekvensering. Disse nukleotidene stopper DNA-replikasjonsprosessen når de inkorporeres i den voksende DNA-strengen. Som et resultat produserer Sanger-sekvensering varierende lengder av kort DNA. Kapillær gelelektroforese brukes til å organisere disse korte DNA-trådene etter deres størrelser på en gel. ddNTP-er er radioaktivt eller fluorescerende merket med forskjellige farger for enkel analyse av DNA-sekvensen. Ved å analysere gelen kan nukleotidsekvensen til den ukjente DNA-strengen bestemmes.
Hva er likhetene mellom dNTP og DdNTP?
- Både dNTP og ddNTP brukes i Sanger-sekvensering.
- Det finnes fire typer dNTP-er og ddNTP-er.
- De er sammensatt av tre komponenter: en nitrogenholdig base, deoksyribosesukker og fosfatgrupper.
Hva er forskjellen mellom dNTP og DdNTP?
dNTP er en av de fire typene deoksyribonukleotider som er byggesteiner i DNA. ddNTP er en av de fire typene dideoksyribonukleosidtrifosfater som brukes i Sanger-sekvenseringsteknikken. dNTP har en 3ʹ-OH-gruppe på pentosesukkeret mens ddNTP mangler 3ʹ-OH-gruppe på pentosesukkeret. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom dNTP og ddNTP. Dessuten utfører dNTP-er DNA-polymerisering mens ddNTP-er avslutter DNA-polymerisering. Derfor er dette en annen stor forskjell mellom dNTP og ddNTP.
Infografikken nedenfor viser forskjellene mellom dNTP og ddNTP i tabellform.
Sammendrag – dNTP vs DdNTP
Vanlige dNTP-er er byggesteiner av DNA mens ddNTP-er er nukleotider som brukes i Sanger-sekvenseringsteknikk. dNTP har 3ʹ-OH mens ddNTP mangler 3ʹ-OH. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom dNTP og ddNTP. Dessuten kan dNTP syntetisere en DNA-streng mens ddNTP kan avslutte DNA-polymerisasjonen. Derfor brukes ddNTP-er i Sanger-sekvensering for å produsere forskjellige DNA-tråder med varierende lengde. Under Sanger-sekvenseringen er både dNTP og ddNTP inkludert.
