Nøkkelforskjell – Stacking Gel vs Separating Gel
Begrepene stable gel og separating gel brukes for å forklare SDS-PAGE-teknikken. SDS-PAGE eller natriumdodecylsulfat-polyakrylamidgelelektroforese er en laboratorieteknikk som brukes til å skille proteinmolekyler basert på deres molekylvekter. Teorien bak teknikken er at proteiner med ulik molekylvekt viser ulike migrasjonshastigheter; lavmolekylære molekyler migrerer raskere mens høymolekylære molekyler migrerer sakte. Mediet for migrering er en gel. Det er to typer geler som kalles stablegel og skillegel. Den viktigste forskjellen mellom stablingsgelen og separeringsgelen er at pH til stablingsgelen er 6,8, mens pH til separeringsgelen er 8,8.
Hva er Stacking Gel?
Stacking gel er en lavkonsentrert polyakrylamidgel som plasseres på toppen av mer konsentrert oppløsningsgel (separerende gel) i SDS-PAGE-teknikk. Stablegelen brukes til å forbedre oppløsningen av elektroforese. Oppløsningen øker på grunn av forskjellen mellom konsentrasjoner av stablegel og oppløsningsgel som påvirker proteinene i prøven. Siden konsentrasjonen av polyakrylamid i stablegel er lav, er porestørrelsen høyere. Dette bidrar også til å øke separasjonen.
Stablegelen er en løs polyakrylamidgel med store porer på ca. 7 % polyakrylamid. Disse porene fungerer ikke som en betydelig barriere for store proteinmolekyler. Derfor påvirker denne gelen litt mobiliteten til disse proteinene. Dette gjør separasjon i henhold til mobiliteten og størrelsen til protein ved å konsentrere dem mellom to geler.
Figur 01: SDS-PAGE Akrylamid Gel
PH til stablegelen er 6,8. Dens pH er sur enn den for å løse opp gel med 2 pH-enheter. Denne pH innebærer en lavere ionestyrke og dermed en høyere elektrisk motstand. Dette provoserer mobiliteten til proteiner enn andre ladede partikler som finnes i gelen.
Hva er Separating Gel?
Separerende gel eller resolving gel av en SDS-PAGE-teknikk er en høykonsentrert polyakrylamidgel som plasseres på toppen av lavkonsentrert stablingsgel. Separasjonsgelen inneholder en høy mengde polyakrylamid (10%). pH-verdien til denne gelen opprettholdes som pH=8,8, som er et høyere pH-nivå enn for stablingsgelen.
Figur 02: A Gel Electrophoresis Apparatus
Når proteinmolekylene når separeringsgelen, bremses migreringen av disse molekylene fordi separeringsgelen er en høykonsentrasjonsgel med liten porestørrelse som kan fungere som en betydelig barriere for bevegelsen av proteinmolekylene. Denne nedbremsingen gjør at de andre proteinene migrerer sakte for å fange opp, noe som resulterer i et sm alt, konsentrert bånd mellom de to gelene.
Hva er forholdet mellom Stacking Gel og Separating Gel?
Både Stacking Gel- og Separing Gel-typene brukes i samme apparat
Hva er forskjellen mellom Stacking Gel og Separating Gel?
Stable Gel vs Separating Gel |
|
| Stacking gel er en lavkonsentrert polyakrylamidgel som plasseres på toppen av mer konsentrert oppløsningsgel (separerende gel) i SDS-PAGE-teknikk. | Separerende gel eller oppløsningsgel av en SDS-PAGE-teknikk er en høykonsentrert polyakrylamidgel som plasseres på toppen av en lavkonsentrert stablingsgel. |
| Plassering | |
| Stablegelen plasseres på den løsende (separerende) gelen. | Separerende gel plasseres på bunnen av beholderen som brukes til gelelektroforese. |
| Konsentrasjon | |
| Konsentrasjonen av stablegel er høy. | Konsentrasjonen av separerende gel er lav. |
| Polyakrylamid-innhold | |
| Stablegel inneholder omtrent 7 % polyakrylamid. | Separerende gel inneholder omtrent 10 % polyakrylamid. |
| pH | |
| Ph til stablingsgelen er 6,8. | pH-verdien til separeringsgelen er 8,8. |
| porestørrelse | |
| Store porestørrelser finnes i stablingsgel. | Små porestørrelser er tilstede i separerende gel. |
| Oppløsning | |
| Stablegel gir bedre oppløsning. | Separerende gel gir dårlig oppløsning. |
Sammendrag – Stacking Gel vs Separating Gel
Stablegel og separeringsgel er to typer polyakrylamidgeler som brukes for å få bedre separasjon av proteinmolekyler i en gitt prøve. Forskjellen mellom stablingsgelen og separeringsgelen er at pH på stablingsgelen er 6,8, mens pH til separeringsgelen er 8,8.
