Nøkkelforskjellen mellom radioaktive og ikke-radioaktive prober er at radioaktive prober er enkelttrådede DNA- eller RNA-sekvenser som er merket med radioaktive isotoper, mens ikke-radioaktive prober er enkelttrådet DNA- eller RNA-sekvenser som er merket med en kjemisk merkelapp eller et fluorescerende merke.
Nukleinsyrehybridisering er en viktig teknikk innen molekylærbiologi, spesielt i mikrobiell diagnose. Det hjelper å identifisere eller oppdage en bestemt nukleinsyresekvens. I denne teknikken blir nukleinsyrer festet til en fast overflate og hybridisert med en probe. En sonde er et fragment av DNA eller RNA som er komplementær til en sekvens av interesse. Hvis målsekvensen er tilstede i prøven, vil proben hybridisere med den og gjøre den påvisbar. Det er to typer sonder som radioaktive og ikke-radioaktive sonder. Derfor kan vi merke probene med et radioaktivt merke eller et fluorescerende merke.
Hva er radioaktive sonder?
Radioaktive prober er enkelttrådede DNA- eller RNA-fragmenter med en radioaktiv merkelapp. Radioisotoper brukes til å fremstille radioaktive sonder. Radioisotoper 32P, 33P og 35S brukes ofte i merking av prober. Dessuten brukes radioisotoper 3H og 1251 også i mindre grad ved merking av prober. Men de brukes til spesifikke bruksområder. Blant forskjellige radioisotoper er 32P den mest brukte isotopen for merking av radioaktive prober.
Radioaktive prober gir høyere grad av pålitelighet og spesifisitet. Derfor gir de maksimal følsomhet og tillater nøyaktig kvantifisering av målsekvenser. Det er imidlertid flere ulemper forbundet med radioaktive sonder. De har kort halveringstid. Dessuten er de farlige og produksjon, bruk og avhending er problematisk ved håndtering. I tillegg er klargjøring av radioaktiv sonde en kostbar prosess. På grunn av sikkerhetsproblemene og kostnadene brukes derfor ikke radioaktive sonder som ikke-radioaktive sonder i dag.
Hva er ikke-radioaktive sonder?
Ikke-radioaktive prober er den andre typen prober som er kjemisk merket. Digoksigenin er en ikke-radioaktiv probe, som er en antistoffbasert markør. Digoksigeninprober er spesifikke og følsomme. Biotin er et annet merke som brukes i ikke-radioaktiv probepreparat. Biotin/Streptavidin og Digoxigenin/Antistoffdeteksjonssystemer er de mest brukte ikke-radioaktive probene i hybridisering. Videre er pepperrotperoksidasesystem et annet ikke-radioaktivt probesystem. Når disse ikke-radioaktive probene er hybridisert med målsekvensene, kan de påvises via autoradiografi eller andre avbildningsteknikker.
Figur 01: Hybridisering med ikke-radioaktive sonder
Ikke-radioaktive prober brukes oftere i nukleinsyrehybridisering enn radioaktive prober. Dette er fordi ikke-radioaktive sonder ikke er forbundet med farlige materialer. Videre krever ikke-radioaktive deteksjonsmetoder kortere eksponeringstider for å oppdage hybridiseringssignalet. Imidlertid er trinnene involvert i DNA-hybridisering med ikke-radioaktive prober vanligvis kjedelige og tidkrevende. Dessuten er kommersielt tilgjengelige løsninger dyre.
Hva er likhetene mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder?
- Radioaktive og ikke-radioaktive prober er to typer prober som brukes i nukleinsyrehybridisering.
- De forenkler deteksjonen av målsekvenser i prøven.
- Begge typer sonder er like følsomme og spesifikke.
Hva er forskjellen mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder?
Radioaktive prober er de enkelttrådede DNA- eller RNA-sekvensene merket med radioaktive isotoper, mens ikke-radioaktive prober er de enkelttrådete DNA- eller RNA-sekvensene merket med en kjemisk merkelapp. Så dette er nøkkelforskjellen mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder. Radioaktive isotoper er også farlige. Derfor er radioaktive sonder betydelig farlige, mens ikke-radioaktive sonder ikke er farlige.
En annen forskjell mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder er dessuten deres ulemper. Korte halveringstider og farene forbundet med produksjon, bruk og deponering er ulempene ved bruk av radioaktive sonder. På den annen side er trinnene involvert i DNA-hybridisering med ikke-radioaktive prober vanligvis kjedelige og tidkrevende.
Infografikken nedenfor viser flere sammenligninger relatert til forskjellen mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder.
Sammendrag – Radioaktive vs ikke-radioaktive sonder
En probe er et fragment av DNA eller RNA som inneholder en nukleotidsekvens som er komplementær til sekvensen av interesse. For å påvise målsekvensen kan probene merkes radioaktivt, fluorescerende eller kjemisk. Prober bindes med komplementære sekvenser i prøven. Radioaktive prober er merket med radioaktive isotoper mens ikke-radioaktive prober er merket med biotin, digoksigenin eller pepperrotperoksidase. Dermed er dette hovedforskjellen mellom radioaktive og ikke-radioaktive sonder.
