Nøkkelforskjellen mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering er at ved sukrosegradient-ultrasentrifugering brukes en kontinuerlig sukrosegradient, mens ved sukrosepute-ultrasentrifugering brukes en diskontinuerlig sukrosegradient.
Sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering er to lignende typer teknikker som brukes for å skille spesifikke typer makromolekyler. I begge teknikkene brukes en sukrosetetthetsgradient. Men ved ultrasentrifugering av sukrosegradient brukes en kontinuerlig tetthetsgradient, mens ved ultrasentrifugering med sukrosepute brukes en diskontinuerlig tetthetsgradient.
Hva er sukrosegradientultrasentrifugering?
Sukrosegradient ultrasentrifugering er en teknikk som kan brukes til å fraksjonere makromolekyler som DNA, RNA og proteiner. Det er flere trinn i denne teknikken. De er sukrosegradientpreparering, sentrifugering, separasjon og eluering. Gradientforberedelse er nøkkeltrinnet i denne teknikken. I denne teknikken legges prøven som inneholder makromolekyler av forskjellige størrelser på overflaten av en sukrosegradientkolonne. Ved sentrifugering sedimenterer makromolekyler av forskjellige størrelser gjennom sukrosegradientkolonnen med forskjellige hastigheter. Sedimentering avhenger av flere faktorer, inkludert sentrifugeringskraft, størrelsesform og tetthet av makromolekyler, tetthet og viskositet til gradienten. På slutten av sentrifugeringen blir makromolekyler romlig separert av tetthet. Større makromolekyler (makromolekyler med høy tetthet) sedimenterer mot bunnen. Lettere (lav-densitet makromolekyler) forblir på toppen av gradienten. Derfor skiller molekylene seg som forskjellige bånd. Deretter bør båndene separeres, og rensingen av det spesifikke makromolekylet fra sukrose må gjøres.
Figur 01: Sukrosegradient-ultrasentrifugering
På applikasjonssiden er denne metoden mye brukt for fraksjonering av DNA-molekyler. Sukrosegradient ultrasentrifugering brukes ofte for å karakterisere proteinkompleksets størrelse og sammensetning. Dessuten brukes denne teknikken for delvis rensing av mRNA.
Hva er Sucrose Cushion Ultrasentrifugering?
Sukrosepute-ultrasentrifugering er en annen teknikk som muliggjør fraksjonering av makromolekyler. I motsetning til ultrasentrifugering med sukrosetetthetsgradient, bruker sukrosepute-ultrasentrifugering en diskontinuerlig tetthetsgradient. Sukrosekonsentrasjonen øker fra topp til bunn i diskrete trinn. I denne teknikken oppnås separasjon ved å plassere det klarede ekstraktet på toppen av et lite volum av en sukroseløsning i et sentrifugerør, den såk alte sukroseputen. Dette gir bedre separasjon ved høyhastighets sentrifugering. Når molekylene skilles som et bånd mellom sukroseputen, kan det hvite båndet samles og renses. Dessuten kan urenheter fjernes ytterligere ved å bruke sukroseputemetoden. Sukroseputemetoden gjør at 60-70 % av røret kan fylles med prøven. Derfor gjør sukroseputemetoden det mulig å behandle et større volum av prøven.
Hva er likhetene mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering?
- Sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering er to teknikker som brukes til å skille en blanding av makromolekyler.
- I begge metodene brukes en sukrosegradient.
- Sentrifugering er et trinn i begge metodene.
- Molekylene sedimenterer som et bånd eller sone i hver metode.
Hva er forskjellen mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering?
Sukrosegradientultrasentrifugering er en teknikk som bruker en kontinuerlig sukrosegradient i sentrifugerøret mens sukrosepute-ultrasentrifugering er en teknikk som bruker en diskontinuerlig sukrosegradient. Dermed er dette nøkkelforskjellen mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering.
I tillegg tillater sukrosepute-ultrasentrifugering at et større volum av prøven kan behandles, mens sukrosegradient-ultrasentrifugering gjør at et relativt lavt volum av prøven kan behandles.
Infografikk nedenfor viser flere forskjeller mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering.
Sammendrag – Sukrosegradient vs Sucrose Cushion Ultrasentrifugering
Sukrosegradient ultrasentrifugering separerer makromolekyler ved å bruke en kontinuerlig sukrosegradient. I kontrast bruker sukrosepute-ultrasentrifugering en diskontinuerlig sukrosegradient for å skille spesifikk type partikler i en blanding. Så dette er nøkkelforskjellen mellom sukrosegradient og sukrosepute-ultrasentrifugering. Sukroseputemetoden tillater oppsamling av morfologisk intakte partikler siden den ikke forårsaker mekanisk stress, i motsetning til sukrosegradient-ultrasentrifugering, som knuser molekyler til bunnen av røret. Dessuten lar sukrosepute-ultrasentrifugering et større volum av prøven behandles enn sukrosegradient-ultrasentrifugering.
