Nøkkelforskjellen mellom synteny og kollinearitet er at synteny er den fysiske samlokaliseringen av genetiske loci på samme kromosom i arter, mens kollinearitet er fysisk samlokalisering av genetiske loci på samme kromosom i forskjellige arter som bevarer samme ordre.
Synteny og collinearity er to begreper som brukes om hverandre i genomikk. Begge begrepene beskriver genlokaliseringsmønstrene på kromosomer i forskjellige arter. Disse relaterte genarrangementene blant taxaene er verdifull informasjon når man utleder delte aner til gener. Synteny refererer til fysisk samlokalisering av genetiske loci på samme kromosom i arter. Kollinearitet refererer til fysisk samlokalisering av genetiske loci på samme kromosom i forskjellige arter som bevarer samme rekkefølge. Derfor er det en form for synteny.
Hva er Synteny?
Hos forskjellige arter er det et sett med gener plassert på samme kromosom. Og denne fysiske samlokaliseringen av gener på samme kromosom i forskjellige arter er kjent som synteny. Dessuten finnes disse genene svært nær hverandre på et enkelt kromosom. Rekkefølgen på genene er kanskje ikke nødvendigvis den samme. Men lokaliseringen av gener nær hverandre på det samme kromosomet finner sted i synteny. Derfor beskriver synteny hovedsakelig distribusjonsmønsteret til gener på et kromosom. Disse mønstrene for samlokalisering av gen indikerer forhold mellom forskjellige arter og deres utvikling. Synteny kan imidlertid bli forstyrret på grunn av kromosomale omorganiseringer som translokasjoner, inversjon og kromosomfusjon, etc. duplikasjoner, tap og ulik homolog rekombinasjon.
Figur 01: Synteny
Det antas at alle koblede gener er syntetiske. Imidlertid er ikke alle syntetiske gener nødvendigvis koblet sammen. De har vanlige kromosomsekvenser. Mennesker har mange syntetiske gener med andre pattedyr. Dessuten har mange frokostblandinger syntetiske gener.
Hva er kollinearitet?
Kolinearitet er en mer spesifikk form for synteny der et sett med gener er lokalisert på samme kromosom av forskjellige arter i samme rekkefølge som i forfedreartene. Derfor, hvis det er et avvik fra kollinearitet, vil det være en mer pålitelig fylogenetisk karakter siden kollinearitet forklarer geners felles opphav.
Figur 02: Kolinearitet
Multiway collinearity analyse gir mye mer pålitelig informasjon om de beslektede artene og deres fylogeni.
Hva er likhetene mellom Synteny og Collinearity?
- I både synteny og collinearitet er et sett med loci i to forskjellige arter plassert på samme kromosom.
- Disse termene beskriver den fysiske samlokaliseringen av genetiske loci på samme kromosom.
- Kolinearitet er en mer spesifikk form for synteni.
- Noen ganger brukes begge begrepene om hverandre i genomikk.
- Hvis to regioner har kolinearitet, er de åpenbart syntetiske.
- De er nyttige for å utlede fylogeni.
Hva er forskjellen mellom Synteny og Collinearity?
Synteny og collinearity er to begreper som brukes om hverandre i genomikk. Synteny refererer til fysisk samlokalisering av et sett med gener i samme kromosom i forskjellige arter. Kollinearitet er en form for synteni der settet med gener er samlokalisert i samme rekkefølge blant de forskjellige artene. Derfor er dette nøkkelforskjellen mellom synteny og collinearity.
Sammendrag – Synteny vs Collinearity
Begrepene synteny og collinearity refererer til et sett med gener som er lokalisert på samme kromosom hos forskjellige arter. Faktisk er disse genene samlokalisert i samme kromosom hos forskjellige arter. Synteny beskriver den fysiske samlokaliseringen av settgener på samme kromosom i forskjellige arter, mens kollinearitet er en mer spesifikk form for synteny der settet med gener er samlokalisert i samme rekkefølge. Dermed oppsummerer dette forskjellen mellom synteny og collinearity.
